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标题: GMX中伞式拉伸后生成的pullx文件存在的问题 [打印本页]

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Author: chenmoya 时间: 2025-11-20 22:56
标题: GMX中伞式拉伸后生成的pullx文件存在的问题
各位老师好，我想咨询一下，我设置窗口（0.15nm）进行伞形采样，发现生成的pullx.xvg发生变化，从19.8628nm（提取 SMD的20200帧进行1ns的伞形采样）到-19.8708nm（提取 SMD的20350帧进行1ns的伞形采样），可视化后看不是结构的问题，pullx应该是继续增加的趋势，所以我怀疑是周期性的问题，因此我将20350帧后的其他关键帧包括20350帧均加了盒子的长度，使其变成正值，后提取修正后的pullx.xvg文件，运行命令gmx wham -it tpr-files.dat -ix pullx-fit-files.dat -o pmf.xvg -hist hist.xvg -unit kCal，得到的pmf文件第二列数据均显示“nan”，因此想咨询各位老师我尝试的方法是不是存在哪些细节没有注意到，或者有没有其他解决方法，感谢各位老师。

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