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标题: 求助用gromacs计算AMP吸收CO2的RDF分布后半段从1.5逐渐减低到1 [打印本页]

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Author: yy2525 时间: 2025-11-21 14:51
标题: 求助用gromacs计算AMP吸收CO2的RDF分布后半段从1.5逐渐减低到1
本帖最后由 yy2525 于 2025-11-21 14:54 编辑

各位老师下午好，我刚接触GROMACS计算，在计算AMP(2-氨基-2甲基-1-丙醇）的水溶液吸收CO2的分子动力学模拟，在完成生产模拟后计算得到的AMP的N原子与CO2的C原子的RDF径向分布函数出图很奇怪，我的图波动很大，最后虽然到1了，但是后半部分不平，波动很大，和其他类似文献的图很不一样，我不知道是哪里出了问题，还请各位老师指教，谢谢。
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我得到的AMP的N原子与CO2的C原子的径向分布类似文献中的RDF分布

我在计算时用的是gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp的主力场文件，在计算时沿 x、y 和 z 方向，使用周期性边界条件来构成体系统。盒子是3.2nm的立方体，其中AMP分子60个，水分子780个，CO2分子120个，为了消除构型中可能发生的坐标碰撞，一开始使用最速下降法，直到原子间达到100 kJ·mol−1·nm−1以下的最大力。然后，系统在 NVT 系综下平衡 500 ps，温度为 303 K，与实验溶解条件一致。接下来是在 NPT 系综下进行 10 ns 模拟以平衡溶剂。然后，在去除约束的 NPT 系综中进行 50 ns 的生产运行，时间步长为 2 fs。为了计算长程静电相互作用，使用粒子网格Ewald求和，静电和VDW相互作用的截止半径为1.2 nm。通过速度重新缩放将温度保持在 303 K，并在 Parrinello−Rahman 算法下将压力耦合保持在 1 bar。使用 LINCS 算法固定所有含氢共价键。每 10 皮秒收集一次原子坐标、速度和能量。基于最后 100 ns 轨迹分析了相互作用能量和径向分布函数 (RDF) 计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-22 01:11
光给个mdp信息不充分。起码给个最终的结构文件让别人了解你的模型是什么样的

-DPOSRES=0这种写法莫名其妙
没事别写fourierspacing = 0.16

说清楚CO2用的力场，如果用ATB上的绝对不行。应当用专门的CO2力场。

并且参考
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

作者
Author: yy2525 时间: 2025-11-24 12:48
好的谢谢老师，这是我的结构文件，我检查的时候发现我的分子出现了团聚，但是实际的反应过程中不会出现这个问题，我用的CO2的力场就是在ATB网站上下载的，会是这个原因引起的吗，如过不是，后面我要怎么调整才能让它不团聚呢？我看到文献中一般用的是EPM2模型，这个模型可以用在Gromos力场中吗

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