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标题: 想请教一下电解液模拟快照怎么画？ [打印本页]

作者
Author: aipacino 时间: 2025-11-21 15:38
标题: 想请教一下电解液模拟快照怎么画？
如下如所示，我想画这样的Li离子周围配位的用球棍模型，然后离得较远的分子化成灰色的线条，我应该用什么软件如何实现？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-21 21:34
本帖最后由 student0618 于 2025-11-21 21:43 编辑

VMD的话：

Representation一个选 same residue as (within 3.5 of name Li)
这个3.5换配位键长，Li换离子的原子名，drawing method选CPK。

开新Representation，选 not same residue as (within 3.5 of name Li)
而Drawing method改Lines，color 用color ID 选silver或gray。

同样再显示盒子的话，vmd的tcl console 输入pbc box后回车，vmd main那边Display选 orthographic

作者
Author: aipacino 时间: 2025-11-22 10:38

student0618 发表于 2025-11-21 21:34
VMD的话：

Representation一个选 same residue as (within 3.5 of name Li)

感谢老师回复！我现在画出来是下面这个样子，还有几个地方想改进一下：
1. 示例图里的lines显示的分子感觉有点透明度，但是我对我的lines选择透明度后没有什么变化，（material里面进一步修改也没有变化），不知道怎么回事？
2. 示例图的原子颜色感觉很美观，我想模仿只能一个一个改吗，他这个有没有一套颜色模板？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-22 19:50

aipacino 发表于 2025-11-22 10:38
感谢老师回复！我现在画出来是下面这个样子，还有几个地方想改进一下：
1. 示例图里的lines显示的分子感 ...

Display render mode 先换 GLSL

1. 想颜色浅些可以用Silver。透明的话line要换Licorice ，radius用例如0.1。
2. graphics - color 那边 name - C 的颜色改一改。Representation的Materials也可以调整一下

作者
Author: yuzc 时间: 2025-12-15 16:53
配色方案可以参考我这套祖传的：
复制到vmd.rc里
#RASPA style
#iraspa C
color change rgb 106 0.6 0.6 0.6
#iraspa N
color change rgb 107 0.5 0.5 0.75
#iraspa O
color change rgb 108 1.0 0.45 0.45
################################################
color change rgb 101 1.00 1.00 1.00
color change rgb 102 0.85 1.00 1.00
color change rgb 103 0.80 0.50 1.00
color change rgb 104 0.76 1.00 0.00
color change rgb 105 1.00 0.71 0.71
#color change rgb 106 0.56 0.56 0.56  #jmol C
#color change rgb 107 0.19 0.31 0.97  #jmol N
#color change rgb 108 1.00 0.05 0.05  #jmol O
color change rgb 109 0.56 0.88 0.31
color change rgb 110 0.70 0.89 0.96
color change rgb 111 0.67 0.36 0.95
color change rgb 112 0.54 1.00 0.00
color change rgb 113 0.75 0.65 0.65
color change rgb 114 0.94 0.78 0.63
color change rgb 115 1.00 0.50 0.00
color change rgb 116 1.00 1.00 0.19
color change rgb 117 0.12 0.94 0.12
color change rgb 118 0.50 0.82 0.89
color change rgb 119 0.56 0.25 0.83
color change rgb 120 0.24 1.00 0.00
color change rgb 121 0.90 0.90 0.90
color change rgb 122 0.75 0.76 0.78
color change rgb 123 0.65 0.65 0.67
color change rgb 124 0.54 0.60 0.78
color change rgb 125 0.61 0.48 0.78
color change rgb 126 0.88 0.40 0.20
color change rgb 127 0.94 0.56 0.63
color change rgb 128 0.31 0.82 0.31
color change rgb 129 0.78 0.50 0.20
color change rgb 130 0.49 0.50 0.69
color change rgb 131 0.76 0.56 0.56
color change rgb 132 0.40 0.56 0.56
color change rgb 133 0.74 0.50 0.89
color change rgb 134 1.00 0.63 0.00
color change rgb 135 0.65 0.16 0.16
color change rgb 136 0.36 0.72 0.82
color change rgb 137 0.44 0.18 0.69
color change rgb 138 0.00 1.00 0.00
color change rgb 139 0.58 1.00 1.00
color change rgb 140 0.58 0.88 0.88
color change rgb 141 0.45 0.76 0.79
color change rgb 142 0.33 0.71 0.71
color change rgb 143 0.23 0.62 0.62
color change rgb 144 0.14 0.56 0.56
color change rgb 145 0.04 0.49 0.55
color change rgb 146 0.00 0.41 0.52
color change rgb 147 0.75 0.75 0.75
color change rgb 148 1.00 0.85 0.56
color change rgb 149 0.65 0.46 0.45
color change rgb 150 0.40 0.50 0.50
color change rgb 151 0.62 0.39 0.71
color change rgb 152 0.83 0.48 0.00
color change rgb 153 0.58 0.00 0.58
color change rgb 154 0.26 0.62 0.69
color change rgb 155 0.34 0.09 0.56
color change rgb 156 0.00 0.79 0.00
color change rgb 157 0.44 0.83 1.00
color change rgb 158 1.00 1.00 0.78
color change rgb 159 0.85 1.00 0.78
color change rgb 160 0.78 1.00 0.78
color change rgb 161 0.64 1.00 0.78
color change rgb 162 0.56 1.00 0.78
color change rgb 163 0.38 1.00 0.78
color change rgb 164 0.27 1.00 0.78
color change rgb 165 0.19 1.00 0.78
color change rgb 166 0.12 1.00 0.78
color change rgb 167 0.00 1.00 0.61
color change rgb 168 0.00 0.90 0.46
color change rgb 169 0.00 0.83 0.32
color change rgb 170 0.00 0.75 0.22
color change rgb 171 0.00 0.67 0.14
color change rgb 172 0.30 0.76 1.00
color change rgb 173 0.30 0.65 1.00
color change rgb 174 0.13 0.58 0.84
color change rgb 175 0.15 0.49 0.67
color change rgb 176 0.15 0.40 0.59
color change rgb 177 0.09 0.33 0.53
color change rgb 178 0.82 0.82 0.88
color change rgb 179 1.00 0.82 0.14
color change rgb 180 0.72 0.72 0.82
color change rgb 181 0.65 0.33 0.30
color change rgb 182 0.34 0.35 0.38
color change rgb 183 0.62 0.31 0.71
color change rgb 184 0.67 0.36 0.00
color change rgb 185 0.46 0.31 0.27
color change rgb 186 0.26 0.51 0.59
color change rgb 187 0.26 0.00 0.40
color change rgb 188 0.00 0.49 0.00
color change rgb 189 0.44 0.67 0.98
color change rgb 190 0.00 0.73 1.00
color change rgb 191 0.00 0.63 1.00
color change rgb 192 0.00 0.56 1.00
color change rgb 193 0.00 0.50 1.00
color change rgb 194 0.00 0.42 1.00
color change rgb 195 0.33 0.36 0.95

#Element
color Element H  101
color Element He 102
color Element Li 103
color Element Be 104
color Element B  105
color Element C  106
color Element N  107
color Element O  108
color Element F  109
color Element Ne 110
color Element Na 111
color Element Mg 112
color Element Al 113
color Element Si 114
color Element P  115
color Element S  116
color Element Cl 117
color Element Ar 118
color Element K  119
color Element Ca 120
color Element Sc 121
color Element Ti 122
color Element V  123
color Element Cr 124
color Element Mn 125
color Element Fe 126
color Element Co 127
color Element Ni 128
color Element Cu 129
color Element Zn 130
color Element Ga 131
color Element Ge 132
color Element As 133
color Element Se 134
color Element Br 135
color Element Kr 136
color Element Rb 137
color Element Sr 138
color Element Y  139
color Element Zr 140
color Element Nb 141
color Element Mo 142
color Element Tc 143
color Element Ru 144
color Element Rh 145
color Element Pd 146
color Element Ag 147
color Element Cd 148
color Element In 149
color Element Sn 150
color Element Sb 151
color Element Te 152
color Element I  153
color Element Xe 154
color Element Cs 155
color Element Ba 156
color Element La 157
color Element Ce 158
color Element Pr 159
color Element Nd 160
color Element Pm 161
color Element Sm 162
color Element Eu 163
color Element Gd 164
color Element Tb 165
color Element Dy 166
color Element Ho 167
color Element Er 168
color Element Tm 169
color Element Yb 170
color Element Lu 171
color Element Hf 172
color Element Ta 173
color Element W  174
color Element Re 175
color Element Os 176
color Element Ir 177
color Element Pt 178
color Element Au 179
color Element Hg 180
color Element Tl 181
color Element Pb 182
color Element Bi 183
color Element Po 184
color Element At 185
color Element Rn 186
color Element Fr 187
color Element Ra 188
color Element Ac 189
color Element Th 190
color Element Pa 191
color Element U  192
color Element Np 193
color Element Pu 194
color Element Am 195

#Name
color Name H  101
color Name O  108
color Name N  107
color Name C  106
color Name S  116
color Name P  115
#color Name L  103
#color Name F  109

#Type
color Type H  101
color Type O  108
color Type N  107
color Type C  106
color Type S  116
color Type P  115
#color Type L  103
#color Type F  109

color change rgb 201 0.78 0.78 0.78
color change rgb 202 0.08 0.35 1.00
color change rgb 203 0.00 0.86 0.86
color change rgb 204 0.90 0.04 0.04
color change rgb 205 0.90 0.90 0.00
color change rgb 206 0.00 0.86 0.86
color change rgb 207 0.90 0.04 0.04
color change rgb 208 0.92 0.92 0.92
color change rgb 209 0.51 0.51 0.82
color change rgb 210 0.06 0.51 0.06
color change rgb 211 0.06 0.51 0.06
color change rgb 212 0.08 0.35 1.00
color change rgb 213 0.90 0.90 0.00
color change rgb 214 0.20 0.20 0.67
color change rgb 215 0.86 0.59 0.51
color change rgb 216 0.98 0.59 0.00
color change rgb 217 0.98 0.59 0.00
color change rgb 218 0.71 0.35 0.71
color change rgb 219 0.20 0.20 0.67
color change rgb 220 0.06 0.51 0.06
color change rgb 221 1.00 0.41 0.71
color change rgb 222 1.00 0.41 0.71

#Resname
color Resname ALA 201
color Resname ARG 202
color Resname ASN 203
color Resname ASP 204
color Resname CYS 205
color Resname GLN 206
color Resname GLU 207
color Resname GLY 208
color Resname HIS 209
color Resname ILE 210
color Resname LEU 211
color Resname LYS 212
color Resname MET 213
color Resname PHE 214
color Resname PRO 215
color Resname SER 216
color Resname THR 217
color Resname TRP 218
color Resname TYR 219
color Resname VAL 220

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