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标题: 求助Gaussian计算钠离子与溶剂分子配位，结果中碳氧双键变为“三键” [打印本页]

作者
Author: bard_skd 时间: 2025-11-21 16:49
标题: 求助Gaussian计算钠离子与溶剂分子配位，结果中碳氧双键变为“三键”
如图所示（测试条件已附上），中心的碳氧键都发生了变化，
1. 是因为GaussView判断成键有问题引起的，还是我的计算过程有问题呢？

2. 如无问题，该结果是否可行，如有问题，应该如何修改呢？
3. 未设置溶剂环境，请问是否需要设置？（看网上教程里大多都不设置）

恳请大佬帮忙看看，小白不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-22 01:16
那叫计算设置，不叫测试条件

没必然问题。仔细看此文，了解GaussView是怎么判断成键关系的
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

是否需要考虑溶剂环境当然取决于你要研究什么实际情况，不交代这点只能问算命的
认真看此文了解常识
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

提问时不要用诸如“看网上教程里大多都不设置”这种描述，谁也不知道你看的所谓的教程和你的情况是否有可比性，以及那些乱七八糟的教程是否是坑爹的（网上很多教程都是坑爹的，作者自己都一知半解，以讹传讹。参考《谈谈学量子化学如何正确地入门》http://sobereva.com/355）

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-11-22 09:46
仅仅只是可视化软件的默认设定带来的问题。但如果让我来计算的话，我肯定会让钠离子的配位数至少为3。

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2025-11-22 15:39
要研究的问题一定要交代清楚。在溶液中，Na+的配位形态有很多种，有时以一种为主，有时几种的比例接近。要进行测试计算的

作者
Author: bard_skd 时间: 2025-11-22 16:32

sobereva 发表于 2025-11-22 01:16
那叫计算设置，不叫测试条件

没必然问题。仔细看此文，了解GaussView是怎么判断成键关系的

好的，谢谢sob老师！因为需要导出图片，如果想让成键关系正常显示，该如何设置呢（我按照站里教程在custom bonding parameters手动修改C/O单、双、三键最大键长判定范围，但很难同时满足使得全部正常显示）

作者
Author: bard_skd 时间: 2025-11-22 16:34
本帖最后由 bard_skd 于 2025-11-22 16:43 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2025-11-22 09:46
仅仅只是可视化软件的默认设定带来的问题。但如果让我来计算的话，我肯定会让钠离子的配位数至少为3。

好的谢谢大佬~麻烦再问下钠离子配位数为何要至少为3啊，该如何设置呢

因为需要导出图片，如果想让成键关系正常显示，该如何设置呢（我按照站里教程在custom bonding parameters手动修改了C/O单、双、三键最大键长判定范围，但没办法同时满足所有C/O键正常显示）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-23 01:01

bard_skd 发表于 2025-11-22 16:32
好的，谢谢sob老师！因为需要导出图片，如果想让成键关系正常显示，该如何设置呢（我按照站里教程在custo ...

自己用修改成键关系的功能自己一个个改成想要的

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-11-24 11:36

bard_skd 发表于 2025-11-22 16:34
好的谢谢大佬~麻烦再问下钠离子配位数为何要至少为3啊，该如何设置呢

因为需要导出图片，如果想让成键 ...

经验之谈，对于含碱金属离子的体系，如果碱金属离子的配位数过低的话，几何优化出来的结构容易扭曲。另外说一下，对于钾离子，我一般会让它的配位数至少为4。

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