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标题: 求助：怎么将packmol的pdb文件转化成正确的lammpsdata文件 [打印本页]

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Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-21 22:45
标题: 求助：怎么将packmol的pdb文件转化成正确的lammpsdata文件
本帖最后由 WUIDHAU 于 2025-11-21 22:46 编辑

我是一名初学者，我使用packmol构建了一份过氧化氢水溶液，其中的h2o.pdb h2o2.pdb是在ms里画的导出的，packmol的inp文件内容如下
tolerance 2.0filetype pdb
output model_box.pdb
structure H2O.pdb
number 200
inside box 3.0 3.0 3.0  22.0 22.0 27.0
end structure
structure H2O2.pdb
number 10
inside box 3.0 3.0 3.0  22.0 22.0 27.0
end structure
之后我使用vmd的topo命令生成了一份data，文件的表头如下
LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.7 on Fri Nov 21 19:11:22 +0800 2025
640 atoms
430 bonds
0 angles
0 dihedrals
0 impropers
2 atom types
1 bond types
0 angle types
0 dihedral types
0 improper types
-0.500000 25  xlo xhi
-0.500000 25  ylo yhi
-0.500000 30  zlo zhi
# Pair Coeffs
#
# 1  H
# 2  O
# Bond Coeffs
#
# 1
Masses
1 1.007940 # H
2 15.999400 # O
Atoms # full

这样的话我感觉很奇怪，1是键角信息全无，2是过氧化氢和水的氧氢原子被识别为同一种，我感觉会出问题，求助以下该怎么解决这个问题
另外我的我是使用此data进行模拟时，总是qeq无法平衡，即使放大范围也不行，以下是我的势函数和能量最小化代码及势函数文件，文件取自一篇文献，文献做的是过氧化氢水溶液抛光cu的
pair_style reaxff NULL
pair_coeff * * cu.txt  C H O Cu
fix 101 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1.0e-6 reaxff
min_style          cg
minimize          1e-10 1e-12 10000 10000
能请大佬看看问题吗

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