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标题: 求助packmol填充聚合物长链，输出文件盒子尺寸不对+聚合物链不在盒子内部 [打印本页]

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Author: shiyuanfan 时间: 2025-11-22 00:44
标题: 求助packmol填充聚合物长链，输出文件盒子尺寸不对+聚合物链不在盒子内部
本帖最后由 shiyuanfan 于 2025-11-22 20:31 编辑

各位老师，我想用packmol把64聚合物的peo长链填充到盒子中，但是操作后发现输出文件盒子尺寸不对（设置的是600 30 30，得到的是227.97 22.56 27.64），而且聚合物链不在盒子内部，请问问题出在哪了
附件是我的packmol input.itp文件、被填充分子的pdb文件与输出结构文件

如下两张图是输出文件的盒子信息和vmd显示图像

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Author: shiyuanfan 时间: 2025-11-22 00:45
本帖最后由 shiyuanfan 于 2025-11-22 20:32 编辑

如下两张图是输出文件的盒子信息和vmd显示图像

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Author: sobereva 时间: 2025-11-22 01:27
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

你都明确设了inside box 0 0 0 600 30 30这么大（而且明显过大）的盒子，而VMD显示的盒子是从(0,0,0)开始的、盒子尺寸是基于单分子xyz上下限确定的，当然可能分子在VMD显示的盒子外头

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Author: shiyuanfan 时间: 2025-11-22 20:36

sobereva 发表于 2025-11-22 01:27
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这 ...

抱歉卢老师，已修改原帖，把回帖内容添加进去了。再请问一下，packmol是如果设置的盒过大，可以自动调整盒子大小吗；VMD显示在盒子外部，是不是也不会影响模拟过程？非常感谢卢老师！

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Author: sobereva 时间: 2025-11-23 01:00

shiyuanfan 发表于 2025-11-22 20:36
抱歉卢老师，已修改原帖，把回帖内容添加进去了。再请问一下，packmol是如果设置的盒过大，可以自动调整 ...

当前盒子并没有过大。反倒还明显不够大，会导致聚合物与其周期镜像作用上

不影响模拟过程。先搞清楚什么叫PBC

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Author: shiyuanfan 时间: 2025-11-24 12:33

sobereva 发表于 2025-11-23 01:00
当前盒子并没有过大。反倒还明显不够大，会导致聚合物与其周期镜像作用上

不影响模拟过程。先搞清楚什 ...

明白了，谢谢卢老师

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