计算化学公社

标题: 请教用CP2K计算吸附能的结果为正值 [打印本页]

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Author: 418086011 时间: 2025-11-22 05:11
标题: 请教用CP2K计算吸附能的结果为正值
本人使用CP2K计算在真空环境中，小分子在矿物表面的吸附能，结果却为正值。想请教各位问题出在哪里？
具体过程如下：1. 小分子和矿物的的复合结构在真空中优化, 计算级别为PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH, 开启DFT-D3(BJ)色散校正; 2. 将优化后的结构在TZV2P-MOLOPT-GTH级别+色散校正下计算能量E(AB)=-4185.06875 Ha, 小分子和矿物也在相同级别下计算能量E(A)=-441.79871 Ha, E(B)=-3743.33368 Ha; 3. 将复合物的整体能量与小分子和矿物的单独计算的能量相减得到吸附能Eads=E(AB)-E(A)-E(B),结果为正0.06364Ha.不知道问题出在哪里？附上能量计算的inp文件，希望帮忙解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-22 05:52
算单点仍使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH看看什么情况
并且确保SCF充分收敛了，也可以尝试加大CUTOFF和Z方向盒子尺寸看看

作者
Author: 418086011 时间: 2025-11-22 11:12

sobereva 发表于 2025-11-22 05:52
算单点仍使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH看看什么情况
并且确保SCF充分收敛了，也可以尝试加大CUTOFF和Z方向盒子尺 ...

谢谢卢老师回复。我将计算级别改成DZVP-MOLOPT-SR-GTH后又重新计算了一遍，结果仍然是正值0.0777Ha. 之后我又将cutoff增大到500，结果是0.0814Ha. 把Z方向从20埃增加到25埃之后，结果为0.0136Ha.很奇怪，结果全是正值。此外，不同的盒子尺寸得到的吸附能差别很大，不知道怎样的设置才是最合理的。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-23 01:03

418086011 发表于 2025-11-22 11:12
谢谢卢老师回复。我将计算级别改成DZVP-MOLOPT-SR-GTH后又重新计算了一遍，结果仍然是正值0.0777Ha. 之后 ...

做结果随Z尺寸的收敛性测试

作者
Author: 418086011 时间: 2025-11-23 01:11

sobereva 发表于 2025-11-23 01:03
做结果随Z尺寸的收敛性测试

谢谢！但是目前还不知道计算的吸附能都是正值是什么原因导致的？会不会在输入文件中有某个校正没有考虑进来？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-23 01:54

418086011 发表于 2025-11-23 01:11
谢谢！但是目前还不知道计算的吸附能都是正值是什么原因导致的？会不会在输入文件中有某个校正没有考虑进 ...

先把尺寸问题弄清楚了，之后再说其它的（几何优化收敛限、SCF收敛情况等，以及尝试PERIODIC的PSOLVER结合偶极校正）

作者
Author: Assiduitas 时间: 2025-11-24 09:26
请问楼主，这个是否和周期性有关系呢？看了3个输入文件，都使用的二维周期性XY。要不要考虑用三维周期性XYZ试试呢？

作者
Author: reid 时间: 2025-11-24 23:20
材料太薄了，应该至少3层；z轴真空有点小，至少27；让有机分子竖起来试试，即用羟基O与金属离子配位试试

作者
Author: 418086011 时间: 2025-11-25 06:23

Assiduitas 发表于 2025-11-24 09:26
请问楼主，这个是否和周期性有关系呢？看了3个输入文件，都使用的二维周期性XY。要不要考虑用三维周期性XYZ ...

感觉跟Z轴的尺寸有关系，这个体系没有考虑Z方向的周期性。

作者
Author: 418086011 时间: 2025-11-25 06:25

reid 发表于 2025-11-24 23:20
材料太薄了，应该至少3层；z轴真空有点小，至少27；让有机分子竖起来试试，即用羟基O与金属离子配位试试

待我做个收敛性测试。按理说不管竖着还是横着，能量相减应该都为负才对吧？

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