计算化学公社

标题: AICD已正常安装，但是运行不了文件 [打印本页]

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-22 22:16
标题: AICD已正常安装，但是运行不了文件
本帖最后由 dengyh 于 2025-11-27 22:18 编辑

各位老师好，我根据使用AICD 2.0绘制磁感应电流图 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元在Ubuntu上已安装AICD软件，在用户目录的.bashrc文件里添加AICD的路径，AICD也在Windows系统安装好Povray渲染器，使用的化合物例子是引用的Sobereva老师博文中的例子，但是在AICD -m 4 -b 1 0 0 -pov azulene.out导出感应电流图中，出现如下错误
cat: /home/hpc/Public/AICD-2.0.0/VERSION: No such file or directoryThe povray template file /home/hpc/Public/AICD-2.0.0/povray-AICD-templates/RenderMich-4.4.pov can not be read.
请教各位是我安装ACID软件有问题还是需要在哪里设置一下，谢谢大家

新回复：老师，您好，五个AICD导出的文件已上传在附件中，另外下面的是AICD运行出现的最开始和最后部分的文字信息：
atei azulene.out wird bearbeitet.
rufe jetzt AICDcube auf

1. Dateienpaar: azulene.icd40000 und azulene.pdb

Molek�linformationen:
6 0 0 -0 -4.7319
6 0 0 2.3924 -3.6113
6 0 0 3.0122 -1.0431
6 0 -0 -2.3924 -3.6113
6 0 0 1.4173 1.0488
6 0 -0 -3.0122 -1.0431
6 0 -0 -1.4173 1.0488
1 0 0 -0 -6.7898
1 0 0 3.9854 -4.9114
1 0 0 5.0267 -0.61227
1 0 -0 -3.9854 -4.9114
1 0 -0 -5.0267 -0.61227
6 0 0 2.1732 3.5943
1 0 0 4.1139 4.2481
6 0 0 0 5.1193
1 0 0 0 7.1696
6 0 -0 -2.1732 3.5943
1 0 -0 -4.1139 4.2481

39032 = 17 * 41 * 56
Grenzen:
-0.073938 <= Isotropie <= 0.073938
0 <= Anisotropie <= 1.0011
-2.273 <= X <= 2.273
-5.4656 <= Y <= 5.4656
-7.2428 <= Z <= 7.6225

Cube-file wird geschrieben. Bitte warten.

1. Input-file: azulene.icd40000
39032 = 17 * 41 * 56
Grenzen:
-0.0739378 <= Isotropie <= 0.0739378
0 <= Anisotropie <= 1.0011
-2.27303 <= X <= 2.27303
-5.46564 <= Y <= 5.46564
-7.2428 <= Z <= 7.62247

Punkte auf der Isooberfl�che
Z = 0
.................

Es wurden 2923 Pfeile generiert.
Davon zeigen 1431 in die Isooberfl�che hinein (48.9566%).

Mittelwert der Pfeill�nge: 4.58043
Pfeilstatistik:
0 0 0 0 3 0 1 2 3 8 6 2900
Dreiecke werden generiert. Bitte warten.
Povray-input wird geschrieben. Bitte warten.
Bildgrenzen:
0 <= Isotropie <= 0
0.05 <= Anisotropie <= 0.05
-1.86602 <= X <= 1.86602
-5.16427 <= Y <= 5.16427
-6.70224 <= Z <= 7.25834

producing azulene.pov

Welcome to PovChem! This is version 1.00. For general
instructions see http://ludwig.scs.uiuc.edu/~paul/Manual.html

Read configuration file "/home/dengyh/AICD-2.0.0/povray-AICD-templates/povchem.cfg".
Read periodic table "/home/dengyh/AICD-2.0.0/povray-AICD-templates/periodic.tab".

Found 18 atoms...
...loaded into memory.
Wrote 18 spheres...
...and read 38 bonds into memory.

Wrote 0 single, 19 double, 0 triple, 0 higher order, and 0 hydrogen bonds.

azulene.inc created.
Writing color and atom definitions...
Writing bond definitions...
Pov header azulene.pov created.

modifying azulene.pov to azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.Molekuel.pov
malloc(): corrupted top size
/home/dengyh/AICD-2.0.0/AICD: line 656: 159329 Aborted (core dumped) $Animation $inputbasename.pdb $Atom1 $Atom2 $Atom3 < "$RenderMich" > $Pov_RenderMich_pov
Replacing Camera Postion to \<0, 0, -250\>
Inserting #version directive in RenderMich.pov
calling Replace_Pov_Filenames azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.Isoober.inc
calling Replace_Pov_Filenames azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.Molekuel.inc
calling Replace_Pov_Filenames azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.Molekuel.pov
calling Replace_Pov_Filenames azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.RenderMich.pov
calling Replace_Pov_Filenames azulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.Rotate.inc

Call PovRay manually with the following commandline:

povray +FN +iazulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.RenderMich.pov +oazulene_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.png /home/dengyh/AICD-2.0.0/povray-AICD-templates/AICD-pov.ini -P -W1024 -H768
我用新的linux系统成功导出来五个文件，这里的是我合成的晶体结构进行的AICD计算，使用命令是AICD -p 80000 -pov -b 0 0 1 -m 4 3-Tp6Ph3-aicd2.out。渲染图片如下，就是渲染出来结构太多，环电流也比较乱。想请教各位老师，是我用AICD导出文件的命令行有问题吗，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-23 02:17
若能正常产生povray输入文件就不用管提示

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-23 09:20

sobereva 发表于 2025-11-23 02:17
若能正常产生povray输入文件就不用管提示

老师，您好，我再次尝试了导出povray文件，还是不能正常导出，我的AICD安装在了alias AICD=/mnt/c/Users/Public/jsinp/AICD-2/AICD-2.0.0/AICD，是不是得安装在home下的文件夹中，我的Gaussian文件就是安装在/home/dengyh/software/Gaussian/g16下，可以正常运行，但是我在输入AICD运行时可以正常弹出AICD界面
  AICD-
USAGE:
AICD  {OPTION}... <FILE>...
OPTIONS:
-h, --help: display short help       --longhelp: display a manlike help
-o r: Optimization limit (0.015)       -l r: Limit (Isovalue) (0.026)
-b r r r: Magnetic field (0 0 1)       -p n: Number of gridpoints (40000)
-pov: Produce Povray input files       -runpov: PovRay direkt starten
-s: smoothly graphical representation -nk: nokeep, delete Povray files
-res x y: Resolution of povray image -rot: Rotation vector for povray
-cam x y z: povray camera position
-nostd: Gaussian job without symmetry adaption, IOP=(2/15=1)
-m n: molecule view in povray output
   1: single view, surface only       2: single view, surface + vector
   3: multi view, surface only       4: multi view, surface + vectors

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-23 10:36

dengyh 发表于 2025-11-23 09:20
老师，您好，我再次尝试了导出povray文件，还是不能正常导出，我的AICD安装在了alias AICD=/mnt/c/Users/ ...

一楼提到的/home/hpc/Public/路径和三楼提到的/home/dengyh/路径是在同一台机器、同一个系统上吗？看三楼说的AICD安装的/mnt/c/Users/路径，是不是在个人Windows电脑用了WSL/WSL2内的Ubuntu作为Linux系统？这种细节必须交代清楚。

如果没有别的Linux系统而就是要用WSL/WSL2里的虚拟机的话，请给虚拟机分配足够大的硬盘空间，把含AICD在内的Linux软件装到虚拟机内的目录，如/home或者/opt之类，然后再在Linux里运行。

/mnt/c/是WSL/WSL2把Windows系统的C盘虚拟化产生的目录，由于环境不同，在Windows系统安装软件或创建文件然后试图在Linux里经由该目录运行软件、读写文件是大忌。这种新手易错点也是很多人不喜欢WSL/WSL2的原因之一。

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-24 09:19

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-23 10:36
一楼提到的/home/hpc/Public/路径和三楼提到的/home/dengyh/路径是在同一台机器、同一个系统上吗？看三楼 ...

老师，您好，我一楼提到的/home/hpc/Public/路径是出错弹出来的文本，我的真实AICD安装在/mnt/c/Users/路径，是在64核、256GB的windows服务器安装WSL2的Ubuntu作为Linux系统。Gaussian软件就是安装在WSL2的Linux系统，但是安装在/home/路径，可以正常运行，是不是AICD也应该安装在/home/路径才能正常运行。给虚拟机的内存和核数够大，谢谢老师的指导和答疑

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-24 11:02

dengyh 发表于 2025-11-24 09:19
老师，您好，我一楼提到的/home/hpc/Public/路径是出错弹出来的文本，我的真实AICD安装在/mnt/c/Users/路 ...

专用于计算的64核256 GB的服务器直接dd抹了Windows装正经的物理Linux系统多好，又没有虚拟机带来的性能损失，又不会出现这种涉及宿主机系统的路径导致的环境冲突。物理Linux系统、vmware等虚拟机平台、WSL/WSL2是三种不同的概念，求助系统与软件相关问题时必须声明。

/home是用户的家目录，/opt是安装本地软件的目录，具体该把软件装哪里看有几个用户、如何管理用户权限。这些都是正经的Unix文件系统的原生路径，比WSL/WSL2特有的/mnt/c/这种把Windows的C盘虚拟成挂载硬盘产生的路径在环境上可靠多了，所以原生路径才适合装Linux软件。

/home/hpc/Public是AICD-2.0.0/AICD文件里的内容，查看AICD-2.0.0/Makefile可知，如果正确按博文所说进入AICD-2.0.0目录并输入make，则/home/hpc/Public应该被修改掉了。重新找合适的目录安装AICD再说，如果还是不能用、不确定make是否成功，那就把make输出的信息复制粘贴上来。

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-24 11:04

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-23 10:36
一楼提到的/home/hpc/Public/路径和三楼提到的/home/dengyh/路径是在同一台机器、同一个系统上吗？看三楼 ...

老师，您好，我把AICD安装在了/home/路径下，现在AICD可以正常运行和导出文件了，但是我用导出的5个文件用Pov-Ray渲染图片时，点击了打开RenderMich.pov后缀的那个文件，不出现图片，这是为什么，望您指点，谢谢。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-24 11:24

dengyh 发表于 2025-11-24 11:04
老师，您好，我把AICD安装在了/home/路径下，现在AICD可以正常运行和导出文件了，但是我用导出的5个文件 ...

如果已经把.pov文件移到Windows系统、在Windows系统安装了POV-Ray 3.7的话，单纯地双击.pov文件只是打开文件而非渲染图像，毕竟一堆关键参数都没指定。如果装了Windows Editor DLL、打开以后看到如下GUI的话，选一个分辨率然后点Run按钮才会渲染出图片。

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-24 14:27
本帖最后由 dengyh 于 2025-11-24 15:46 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-24 11:24
如果已经把.pov文件移到Windows系统、在Windows系统安装了POV-Ray 3.7的话，单纯地双击.pov文件只是打开 ...

老师，这五个文件都在同一文件夹中（图1所示），但是渲染结果在文件夹中有新生成的图片，但是是黑色的，没有画面（图2所示），这是什么原因呢，望您指教，谢谢

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-24 15:10
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-11-24 16:12 编辑

dengyh 发表于 2025-11-24 14:27
好的，我这就根据您给的方法去尝试，谢谢老师的指导。
老师，您好，我根据您给的方法尝试了，但是导出的 ...

用POV-Ray打开之前AICD产生的五个文件是否都移到Windows的同一个文件夹了（缺一不可）？是否出现Render completed的提示框（不过没渲染结束时应当显示灰白相间的格子），窗口的Messages栏有什么信息？

另外从AICD的提示来看这个.pov文件应该用1024x768的分辨率渲染，1920x1080不仅长宽比不合适且对于测试而言稍微大了点。

编辑：@dengyh 从后缀RenderMich.pov的文件是0 KB来看AICD并没有正常运行，所以POV-Ray发现渲染的场景是空的就报了个错No objects in scene。把原来的所有文件清除，在按博文重装AICD到合适的目录之后重新运行AICD生成相关文件，如果还是无法渲染的话打包压缩上传五个文件并贴出运行AICD时命令行输出的信息（包括stdout和stderr，如果太长就重定向至文本文件）

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-24 15:48

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-24 15:10
用POV-Ray打开之前AICD产生的五个文件是否都移到Windows的同一个文件夹了（缺一不可）？是否出现Render c ...

老师，我通过上面的界面提交了五个文件在同一文件夹中（图1），以及Messages的信息（图2），图片是有新生成，但是还是没有画面，黑色的（图1）

作者
Author: dengyh 时间: 2025-11-24 22:45

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-24 15:10
用POV-Ray打开之前AICD产生的五个文件是否都移到Windows的同一个文件夹了（缺一不可）？是否出现Render c ...

老师，您好，我将运行AICD时命令行输出的信息最开始的和最后的文本信息上传在最上面网页中，另外还有AICD导出的五个文件，望老师您多多指导，谢谢。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)