公社群聊Q&A整理：2016.11.25 04 ~ 2016.11.27 04 Concate - 计算化学公社

2016.11.25 03:23:15
Q:
老师用MOPAC计算出能量最低的构象，然后可不可以把这个能量最低的认为是进行高斯优化的最合适的结构，这个结构用高斯进一步优化完就是最优的结构
A:
毕竟不同级别下算出来的能量高低顺序往往不同，所以不要只取MOPAC能量最低的那一个，应该取最低的一批
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2016.11.25 03:26:17
Q:
molclus构象[图片]和能量排完之后的顺序[图片]不对应呢，怎么才能找到能量最低的对应生成的哪一个呢[图片]
[图片]
A:
仔细看molclus的帖子，里面很详细
Q:
恩恩好的老师
A:
甭管这些中间文件，只看isostat排序后的
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2016.11.25 04:40:53
Q:
0.0撤回了一条消息
A:
估计8成可信
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2016.11.25 04:58:58
Q:
老师，激发态的transition density能用gaussview做出来么？
A:
不能说激发态的跃迁密度，跃迁密度是基态到激发态之间的
Multiwfn才能画，看手册4.18.1节的例子
Q:
那么它和electron difference density或者（charge difference density）有什么区别么？
A:
两码事，区别大了。基础知识看手册3.21节
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2016.11.25 05:23:28
Q:
请问Sobereva老师，用pop=nboread分析Wiberg bond index时，输出结果有using SCF density/Alpha spin orbitals/Beta spin orbitals三个不同部分，用哪一部分结果靠谱一些呢？如果想确定某个原子的自旋量子数，又应该用哪一部分的数据呢？@Sobereva
A:
第一次输出的
没法说自旋量子数，那叫自旋布居，看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2016.11.25 05:25:33
Q:
*!心梦じ☆撤回了一条消息
老师这是怎么回事呢
A:
不用管，不是报错
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2016.11.25 05:39:11
Q:
请问sob老师：五十个原子左右的体系（包含两个金属原子），可以在高斯单机里面转化为wfn文件吗？会不会因为体系算的很慢导致算不了？@Sobereva
A:
可以
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2016.11.25 05:49:46
Q:
老师，算G的时候我用一般方法算，为什么这个不用矫正因子，而U和H得用，老师能不能讲解一下，我没大搞懂
[图片]
想讲究就用
好的，我以为这个不能用呢！谢谢
这是什么资料？？
请问？
A:
科音量子化学培训班的讲义
Q:
( ⊙ o ⊙ )啊！
哪有卖的么，我刚入门不久
A:
不卖，参加培训班才能得到纸质版
此文有相关信息
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
在哪能参加培训？
A:
博文里写了细节
明年还会有量化初级班和基础班
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2016.11.25 05:54:58
Q:
老师请问[图片]为啥我用multiwfn的时候没有15也没有后面5这个操作呢
A:
版本太老
Q:
喔版本问题呀，才在官网下载了两个月多
A:
新版本肯定是你操作不对
Q:
就是载入.fch文件然后按照提示来的
A:
笔误，把第一步7去掉，直接进主功能15
Q:
Hirshfeld呢
7不是进入布局分析么，去掉可以么
A:
直接进15
Q:
15是Fuzzy atomic space analysis
A:
y
Q:
那Hirshfeld呢
A:
Becke和Hirshfeld计算自旋布居都是用主功能15
Q:
喔喔，手册上写的操作步骤是不是主要要是算charge啊
没说population
A:
计算原子电荷是做布居分析目的之一
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2016.11.25 06:03:20
Q:
[图片]请问社长这是什么原因啊
A:
确保scratch目录存在，而且有读写权限
如果.inp文件没法在那里正确生成就会这样
Q:
我是按照您手册上的设置 chmod 750 -R*
不行么
A:
你看看能否在那个scratch目录下创建一个新文件
Q:
[图片]可以
A:
那就怪咯
Q:
是的，因为我以前装gaussian从来没遇到这种问题
A:
GAUSS_SCRDIR换个位置再试试
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2016.11.25 06:29:28
Q:
Sob老师，我用ts寻找过渡态出现一种错误，l103，这个错误怎么改过渡态结构呢，有没有针对计算结果的各种错误的解释和方法
A:
看具体报错提示
改过渡态初猜关键靠化学直觉
Q:
老师不太会看输入结果的报错[emoji]，有没有讲解输出结果文件的
A:
从末尾往前看
...详细讲解这个只有在科音的量化培训班上
Q:
输出文件的哪一块可以看具体报错呢
[图片]
老师，是这部分吗
A:
说不清楚就上传输出文件
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2016.11.25 06:33:53
Q:
[图片]
我是将Multiwfn在桌面上创建快捷方式，将桌面上的文件直接拖到这个快捷方式上，可直接打开，但保存目录还是Multiwfn.exe所在目录，而不是桌面？
A:
既然这样就这样呗
Q:
如果能够将当前目录设置成桌面，那就更方便了
A:
你就直接把multiwfn.exe放桌面呗
Q:
我也试过，可惜的是我电脑说缺失这个
[图片]
弄了半天没弄好，就放弃了
A:
把.dll文件放到系统搜索.dll的路径，比如Windows\SysWOW64
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2016.11.25 06:38:20
Q:
请问科音的基础班大概是明年什么时候呢？迫不及待想报名了。。。
先把时间空出来
A:
时间没定
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2016.11.25 06:53:53
Q:
[图片]
老师我知道这个结构一个单元的电荷
怎么把它应用到整个分子
36个单元，但是序号不是规律的
A:
也许用得上
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332
但序号不规律就不好弄了
Q:
老师我能不能这样做，把整个分子分成9个部分，分别在做QMMM，取所有QM部分的电荷整合在一起，这样就没有序号的问题了，这种想法可行吗
A:
这么做不优雅，宁可费点劲也应该把重复单元的电荷统一了
该编程就编程
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2016.11.25 07:02:10
Q:
老师，对体系加上自旋计算，对赝势有啥要求吗？为啥我加上自旋后，能带前后几乎没有变化@Sobereva
A:
你可以到计算化学公社第一性原理板块问
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2016.11.25 07:09:44
Q:
我有cube格式的ELF文件，想在multiwfn里面作图，看它电子局域的情况，不知如何去做，麻烦老师指教一下下。
A:
你的ELF的cube文件怎么来的？
Q:
我用pwscf计算就可以的到这个。
得到这个文件，在vesta里面可以显示，就是不能标记原子。
A:
elf[图片]
Q:
我想multiwfn能不能画这个图。
A:
你要作什么图？平面图？等值面图？
Q:
等值面图
A:
载入Multiwfn，进主功能0就能看到等值面图
或者用gview、VMD、chemcraft等都能显示
Q:
选0的话，是三维图。
A:
就是等值面图啊
等值面图还能不是三维的
Q:
能做到沿着固定方向切面之后，再显示二维图吗？
我想显示0 1 0 面的ELF图像。
A:
尝试chemcraft，显示等值面+截面比较方便
这里有图例
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
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2016.11.25 07:13:55
Q:
老师，这一句一节得到的cluster.xyz改名为traj.xyz作为这次的输入结构。之前您说的取能量低的一批，cluster数量感觉有点多，是不是我自己可以把cluster里面的一些能量相对高的删掉呢
A:
可
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2016.11.25 07:58:44
Q:
老师，请问您在博文谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算中给出了溶剂环境下溶质自由能的计算方法。那么在溶剂环境下与溶质发生相互作用的物质如溶液中的石墨烯以及形成的复合物的自由能也按与计算溶质自由能一样的方法进行计算吗？
A:
是
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2016.11.25 15:23:36
Q:
老师，请问在溶剂环境下计算垂直electron affinity，是直接用分子和负一价离子的单点能相减，还是计算出二者的自由能再相减。我看到explore书中在给出electron affinity定义（未考虑溶剂化效应）时给的是单点能相减。
A:
垂直的用单点相减，绝热的用焓相减，没有用自由能相减的
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2016.11.25 16:24:22
Q:
请问我算出的过渡态，比上一个中间体能量低，是正常么？？
是的
过渡态前的那个中间体对吧？
A:
徒如果电子能量比上一个中间体低，这个过渡态一定不是直接连通这个中间体
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2016.11.25 17:15:10
Q:
请问我用Multiwfn作AIM拓扑分析图时出现下图[图片]出现键鞍点，但是为什么没有与绿色原子连接起来？谢谢
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
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2016.11.25 17:41:03
Q:
各位老师，win下安装openmpi1.6.2有啥讲究么我死活弄不进去
A:
就傻瓜式安装就能装上
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2016.11.25 17:44:52
Q:
初学者，他是算HOMO,LUMO的，请问这张图a），b）能说明什么问题吗？[图片]
感觉LUMO变化不大，HOMO变化好大
这个HOMO，LUMO变化只能看出对总体影响很大吗？能不能具体到会影响到什么性能吗？
OA:
他们的能量差不是带隙吗？
我的那个图，能看出HOMO,LUMO,是非共平面吗？
Q:
您说的这个轨道知识，在哪可以看到吗？我不是太清楚
还有从n-pi 跃迁变成pi-pi跃迁，对性能会有什么影响吗？
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.11.25 17:47:25
Q:
老师明年有没有量子化学培训班的计划考虑参加一下
A:
培训预告在www.keinsci.com首页都写着
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2016.11.25 18:00:42
Q:
老师，我可以用b3lyp/6-311+G**水平下的频率校正因子用在b3lyp/6-311++G**上吗？我没能找到b3lyp/6-311++G**水平下的频率校正因子。
A:
可以
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2016.11.25 18:01:12
Q:
请问如何通过振动频率得到震动能？
A:
找本像样的量化书诸如levine的，看谐振子部分自然就明白了
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2016.11.25 18:08:39
Q:
我不知道双电子积分的默认精度是多少但是int=acc2e=12有必要么？
A:
int=acc2e=12仅对于使用了大量弥散函数（6-311+G**这都不算，而诸如HYPOL、aug-pcseg-2这种算）才有必要，否则对大体系SCF往往很难收敛
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2016.11.25 18:20:09
Q:
sob老师您好！我在用高斯09将一个优化好的构型的log文件转化成wfn文件，但是把gjf拖进单机高斯里面就会马上L1错误，我检查了好久也没查出来是哪里的错误。您可以帮我看看嘛？gjf文件我上传至群文件里。谢谢！
A:
高斯根本不支持tzp这种鬼畜写法
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2016.11.25 18:30:12
Q:
老师，为何键鞍点找不对呢[图片]
A:
--------Markdown Markdown--------
那叫键临界点不叫键鞍点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
因为你用了赝势
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2016.11.25 18:31:18
Q:
各位老师，我在设置oniom模型方法的时候，低层使用UFF方法的时候，总是出现L103.exe错误，但是低层设成PM6半经验方法，就能算的畅通无阻。之前文献报道的都是UFF方法，请问我是否能用PM6方法算？体系为分子筛簇，低层含H,O,Si。
A:
看具体报错，不要说l几几几
可以
Q:
谢谢老师，报错信息是这样的……[图片]
A:
你做冻结设定了么？
Q:
是的
低层全都固定了
A:
把low layer原子都冻住来优化，可能出现NRF ne Abs NRFX的提示。解决方法是：
同时冻结Link atom连接的High Layer里的原子，或者取消冻结Link atoms
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3671
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2016.11.25 18:32:20
Q:
社长，网上不是说直接点击安装就可以看到在C：\program files有一个MPI的文件夹么
但是我得没有
A:
64位系统在C:\Program Files (x86)\OpenMPI_v1.6.2-x64
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2016.11.25 18:34:38
Q:
请教老师：tzp基组在高斯里面应该怎么写呢？谢谢！@Sobereva
A:
甭用这种非主流基组
非要用看原文弄清楚是怎么定义的
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2016.11.25 18:35:15
Q:
请问静电势图中的能量数据可以用multiwfn软件计算出来吗？[图片]
A:
Herit 可以
做定量分子表面分析，相应位置会有分子表面ESP极大点，读取数据就完了
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2016.11.25 18:37:12
Q:
[图片]老师，你这里是说用MP2/MP4方法必须用density关键词才能在fchk文件输出我们要的波函数文件？
A:
你不加density关键词，在wfn/fch里输出的是HF轨道
加了density关键词在wfn里输出的是MPn的自然轨道，但fch里还是HF轨道
用手册第四章开头的做法做额外一步才能把MPn的自然轨道存到fch里
wfn/fch里存的什么轨道，multiwfn分析的就是什么波函数
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2016.11.25 18:46:33
Q:
老师好，我在五元环上加 H自由基，有过渡态存在，经计算后能量低于，五元环和氢自由基的能量。这中过渡态低于前面的中间体可以么？
A:
徒从过渡态走IRC，再把末端进行优化，得到的才是这个过渡态直接连通的中间体
Q:
老师那我这个前端到过渡态这个过程，前段能量高于过渡态，这个可以么？
A:
明显忽略了过渡态直接连通的中间体，干嘛不找出来
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2016.11.25 18:49:40
Q:
酸的软硬在量子化学方法上可以用什么实现
A:
[图片]
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2016.11.25 18:56:28
Q:
大博士，怎么CCL的邮件提出的问题越来越水了……
A:
虽然有水的，但也有大牛的高端讨论，毕竟不能禁止菜鸟提问
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2016.11.25 19:04:49
Q:
各位老师好，请教一个问题，在高斯中，加电场的条件下优化结构，除了加nosymm，是否还必须加opt=z-matrix？
A:
不加
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2016.11.25 19:26:04
Q:
老师，请问一下高斯总是出现这种报错应该怎么处理
[图片]
A:
opt=cartesian
Q:
[图片]
请问，这种能量变化，是不是已经很小了？
A:
y
Q:
老师问一下这个问题：[图片]
A:
Sobereva(190258442) 11:27:05
opt=cartesian
Q:
还有就是我发现优化后对初始结构改变非常大，我主要做频率分析，这样对后面频率分析的准确性有没有影响呢？
A:
该怎么变就怎么变啊
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2016.11.25 19:31:01
Q:
老师，对算出来的过渡态进行IRC分析，reverse和forward都正常结束，reverse可以回到吸附态，而forward却和过渡态差不多，基本没变，是怎么回事
A:
如果走几个点就停了，数值问题
如果走了挺多步才停，而且再优化后也没变多少，说明本来就那样
Q:
老师，数值问题是什么，怎么解决
A:
老生常谈，每周发数遍
[图片]
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2016.11.25 20:19:40
Q:
老师，请问windows系统下的高斯，计算时电脑配置再好是不是速度依然很慢
A:
没这回事
这话说得太糙
Q:
也就是windows在高配置的电脑上依然能快起来是吗
还是糙/抠鼻
A:
看高斯是32bit的还是64bit的，前者对内存、CPU核数和硬盘的限制很大
同一个程序，同样的编译器编译的windows和linux版本，本质上并不会有多大速度差异
Q:
老师你微博上传的高斯09D1是多少位的啊
A:
我才不用微博！
网上的g09 windows版全是32位，linux版全是64bit
Q:
嗯嗯好的老师
windows主要是系统自己占用了比较多的资源吧。我用了很久的windows版的64位的g09，感觉也还行，运算的时候不影响上网玩，[表情]
老师我可以这样理解吗，我在网上下载的高斯32位的，不管配置多好的电脑，还是会由于软件的问题，速度快不了对吗
32位的我记得内存只能用2G？但是可能是以前了，现在不知道。
A:
如今服务器的内存都很大，windows占的那点忽略不计
Q:
那你的64位是购买的，还是在网上下载的呢
A:
姑且可这么说
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2016.11.25 20:29:56
Q:
如果都是64位版，win版比linux版比较有优势吗？
A:
性能大同小异
Q:
那orca也一样么？
A:
是
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2016.11.25 20:53:25
Q:
老师，您好，请教个问题：高斯能做静电势esp扫描吗，就是双原子分子esp随核间距的变化，
A:
具体怎么考察ESP？哪个位置的ESP？
Q:
esp分布
A:
undefined
怎么表征分布？不说这个根本没法告诉你具体怎么做
Q:
[图片]
像这样的，不过不加场
A:
对不同核间距的结构分别做计算得到波函数文件，放到multiwfn里用主功能3依次作曲线图
嫌手动操作麻烦就写脚本实现
Q:
如果一个个算的话，有什么简单方法能实现批量产生高斯输入文件，因为只改变了坐标，比如某个原子增加0.1A，其他都不变
A:
看第5节例子
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
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2016.11.25 21:20:15
Q:
老师，有个问题想向您请教一下。我优化一个苯稠环结构，如果优化到较高阶的D2h点群，总是出现虚频，若根据虚频的振动模式，优化到C2h点群，做频率分析则无虚频，此时一个碳原子向平面外偏了一些（与约稠环平面的二面角约0.3度），是说明这种情况可能更稳定（能量确实低了零点几千焦每摩尔）吗？总感觉这种情况的出现与自己的常识有些不符。
A:
如果模型合理、计算级别合理，这说明平面不是极小点
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2016.11.25 21:50:40
Q:
老师，下面这个式子对不对啊? 反应的活化能=(过度态的电子能量+△H(0→T)+ZPE)－(反应物的电子能量+△H(0→T)+ZPE )
A:
确切来说这叫活化焓
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
仔细看里头的注释
Q:
老师，计算反应的能或势垒不是这样算么？
老师，计算反应的活化能或势垒不是这样算么？
A:
用自由能垒
Q:
好的，谢谢老师！
反应的活化能=(过度态的电子能量+△G(0→T)+ZPE)－(反应物的电子能量+△G(0→T)+ZPE )，老师这样对了么？
A:
对
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2016.11.25 21:51:20
Q:
老师，我现在用gromacs平衡一个生物体系，nvt，npt都要做吗？怎么选择呢？谢谢
还是只做其中一个就可以
A:
NPT即可
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2016.11.25 22:53:34
Q:
过渡态优化输入文件：#freq=noraman ub3lyp/6-31g opt=(ts,calcfc) scf=(maxcycle=300)
Title Card Required
1 1
输出文件报错： GOD GAVE US TWO ENDS... ONE TO SIT ON...
AND THE OTHER TO THINK WITH...
YOUR SUCCESS DEPENDS UPON WHICH END YOU
USE THE MOST...
IT'S A CASE OF HEADS YOU WIN TAILS YOU LOSE.
SOURCE UNKNOWN(IT'S JUST AS WELL.)
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/programs/g09/l9999.exe at Sun Nov 27 11:48:22 2016.
请问如何改正呢？
输入文件：#freq=noraman ub3lyp/6-31g opt=(ts,calcfc) scf=(maxcycle=300)
Title Card Required
1 1
输出文件报错：
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/programs/g09/l9999.exe at Sun Nov 27 11:48:22 2016.
请问怎么改正呢？
A:
# B3LYP/6-31G* opt(ts,noeigen,calcfc)
若还碰见9999
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
另外仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2016.11.25 22:56:28
Q:
老师，我在自己电脑上用32 位的windows高斯写好命令，通过下载一个软件知道ip地址后，能将自己电脑上的命令直接提交到服务器上的LINUX系统上运行吗？
A:
服务器开了SSH服务就可以用SSH登录提交
Q:
SSH所有服务器自己开吗还是有的服务器没这个功能
A:
linux都有SSH功能，服务没启动就自己启动，不会的google
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:04:39
Q:
老师，有个问题想请教您，所有体系第一个态Major contribs都是101%，我不知道哪里出错了？
[图片]
A:
没考虑去激发
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:22:48
Q:
[图片]
这篇TADF的论文使用了Multiwfn，不过没有提轨道组成是基于哪一种组成分析方法
A:
SCPA
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:27:30
Q:
请问下老师，A B 优化相互作用时，△E=E(AB)-E(A)-E(B);△E有没有可能为正值；当出现正值的话，怎么解释呢、
A:
正值就是在当前结构、当前级别下是互斥作用
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:31:45
Q:
请问基态C60的自旋多重度怎么求
A:
1
Q:
谢谢老师，如果c60带了一个负电荷，则多重度是不是就变为2了
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:34:26
Q:
Intel Xeon E5-268x2v4(2.5GHz/16c)/9.6GT/55ML3/2400
和
Intel Xeon E5-2600v4系列(2.5GHz/16c)/9.6GT/35ML3/2400
请问这两块CPU会差很多吗？
E5-268x2v4都没有见过
A:
非正式命名，甭管它
Q:
55ML3
这个是二级缓存吗
A:
peace 那是三缓
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2016.11.25 23:45:08
Q:
[图片]
请问高斯碰到这个问题是怎么回事
设置了24个核数，实际只用了11几个
A:
内存不够大所致
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:45:57
Q:
[图片]
我用MP2计算两分子相互作用，此错是什么原因呢？
A:
如果不是E01换E01
Q:
我用的g09d
好的，我换成e01 试试先。
OA：
内存不够大所致－－不是说我吧？
Q:
我原先用mp2/6-311+g(2df,2p)跑了一晚上，最后2T硬盘不够用。
OA:
改成mp2/6-311g(d,p), 跑2个小时就出上面的问题。
A:
不是说你
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2016.11.25 23:52:06
Q:
你的体系有多大？优化？我打算用mp2算一下单点能的，我的大概40-50原子不知能否算的动？
A:
没事甭用MP2
再被DFT虐了
早被DFT虐了
Q:
[图片]想用这里面的线性关系考察卤键的强度，不是说要保持和作者的计算方法和机组一致么？
A:
显然要
谁知道你是这个目的
----------------------------------------------------
2016.11.25 23:55:00
Q:
现在还有什么情况用MP2能比DFT好很多呢…
A:
(超)极化率
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:01:28
Q:
各位好，请教大家一个问题，我用gamess算NBO的时候，关键词是$NBO $end，可是结果并没有输出类似二阶项和原子NPA电荷之类的信息，请问如何加关键词才能输出这些信息？
A:
从哪看到这种写法的？
Q:
[图片]
A:
用高斯多好
不用管
Q:
用高斯的时候，我分子中只想要两个单元，可是默认出现了很多的单元用了关键词， $choose
Bond S 1 2
S 1 6
S 2 3
S 2 7
S 3 4
S 4 5
S 4 8
S 5 6
S 6 9
S 10 11
S 10 12
S 10 13
S 10 14
end
$end
可结果依然是很多个单元
A:
那也没必要用GAMESS啊
Q:
是的，是的，老师说的是对的
A:
输入格式不对而已，照着NBO手册鼓捣鼓捣就完了
Q:
请问老师可以指一下哪里出了问题么
不好啥意思
A:
手册里有CHOOSE例子
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:15:56
Q:
老师，一个反应的反应热是不就是生成物的焓减去反应物的焓？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:31:07
Q:
请问下老师，当算相互作用时，△E为正值，有没有可能是因为没有考虑D3矫正呢，在做了一段时间后发现有苯环，π-π作用，但是不想加D3重新算了
A:
原先什么泛函？
Q:
[图片]这是原先的输入
A:
B3LYP算pi-pi作用搞笑
文章能发表才怪
Q:
[图片]这是结构
sob老师有推荐没
加色散会使结构变化很大
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:39:58
Q:
我在计算气相中稳定构象时，从能量角度分析，用这两种MP2/6-311+g(d,p)和m062x/6-311+g(d.p)level算出C构象最稳定，但用b3lyp/6-311(3df,2p)和wb97xd/cc-pvtz level算出A构象最稳定；但要计算最稳定构象的红外频率，应该用哪种构象及相应的level?
A:
算得动的情况，直接用热力学组合方法算自由能
当前基组搭配严重不合理
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:45:58
Q:
老师您好，做单点能计算没有加nosymm，之前优化的时候#p加了 nosymm，是不是对HF值没有影响？
A:
无影响
Q:
还有之前做pop=spinnatural，后需要输出pop=full，以及pop=nbo，加不加这个nosymm是不是都没有影响，nosymm只是影响了对称性？
谢谢您！！！！
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
嗯嗯，我看过了，但是具体操作的时候还是有些不放心，怕自己理解不到位
A:
朝向会影响分量。当用不用nosymm会影响朝向时分量显然不同
群共享里《分子轨道成分的计算》强调了这点
----------------------------------------------------
2016.11.26 00:58:30
Q:
老师，您好！想问一下，输出文件没有报错，但是用gaussview打开出现下面问题怎么解决？
[图片]
A:
上传输出文件
拿最后的结构，重算一下频率
并且为保险起见，删了之前的chk或者不用之前的chk
Q:
好
谢谢老师
[图片] 【潜水】☆ 分享文件 17:05:21
"Cu-Box-fred.log" 下载
老师，算过了，但是还是出现同样问题
A:
去掉%chk再算，还不行用g09 E.01
----------------------------------------------------
2016.11.26 01:12:10
Q:
老师，想买正版的高斯软件在哪里可以购买呢？
A:
高斯官网上有代理商列表
Q:
大约多少钱啊您知道吗
A:
高斯官网上有价格列表
仔细看过官网再问
----------------------------------------------------
2016.11.26 01:12:10
Q:
[图片]
这个培训班又出来了
哎
A:
点举报垃圾邮件
Q:
[图片]
[图片]
估计又是本群某位同志发的
A:
以后还会有更多这种公司
Q:
你们如果真心，培训资料可以出来比拼下
OA:
是的
Q:
因为科研的人，都在自己圈子里
人傻钱多速来
【链接】GROMACS快速入门网络课程-网易云课堂
http://study.163.com/course/introduction/1003245003.htm#/courseDetail
哎，其实sob这样，的确会得罪一批人的
有时候也为群主的安危担心@Sobereva
邮箱里这种七七八八培训班的广告超级多。。
做科研的，对社会了解都不躲
A:
那个网课似乎评价不怎么样（虽然是lammps的，但gmx的估计也差不多吧）
[图片]
[图片]
Q:
是的
[图片]
表示从没参加过这种培训班或网课。。。
大多数情况下看手册都管用了啊~~
我以前参加过一个fluent垃圾班
哎，一言难尽
A:
培训的价值就在于，讲出来手册里没讲的东西
----------------------------------------------------
2016.11.26 01:12:10
Q:
Sobereva老师，计算荧光时出现 Unable to match L and R vectors in BiOrth.如何解决。
A:
甭写nrscale。前者这里介绍了
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
Q:
好的，我学习一下，感谢老师
----------------------------------------------------
2016.11.26 01:23:20
Q:
老师，您好，我之前算过渡态出现l103错误，后来加了opt=cartesian，结果出现了l9999错误[emoji]，这个是不收敛吗，还有opt=cartesian是什么意思
A:
是
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
即用笛卡尔坐标优化
----------------------------------------------------
2016.11.26 01:41:48
Q:
[图片]
老师，这个图是表达什么意思
A:
实空间函数可以有不同的描述方式
----------------------------------------------------
2016.11.26 02:19:19
Q:
可以搞个网络培训，交钱给个视频入口，认IP的
视频的话，可以用手机拍下来，转发
A:
另一边的人可以录下来，而且无法控制参加人数（比如在投影上放映）
Q:
培训的价值在于找到有共同研究方向，一样研究手段的人，一起讨论学习共同进步。
这个point好
A:
这点我认为，对培训是次要，而对会议是主要
Q:
[表情]
开会肯定是最好的，但是也累/流泪
OA:
视频我不赞同
收费已经很低了，参加一次又怎样？
太容易“盗版”
做pua的，教教人搭讪都收费8000
各种行业都有骗子
屌丝太可怜，科研屌丝也是的
A:
在网上向我提议过视频课程的，估计都不下20人了
Q:
我不赞同
科音也要生存
生存就需要钱，虽然很低俗
1000元我觉得每个人都给得起吧
[图片]
这种培训，4天收费1万
都有大量的傻逼去
培训的那点钱，对一个公司来说，可能有些少。科音应该有其它经费支持。
sob这么有价值的培训收费1000还要怎么着
A:
哪有其它经费
Q:
做科研怎么可能赚大钱……
而且sob这种真心做科研的
还是收费多点好，
2000都不多
OA:
少人太多，乱
Q:
我就纳闷那些pua 的收费那么贵，怎么还有人去？
OA:
这和毒品贵，也有人吸，类似的道理吧
Q:
没啥好奇怪的，大保健一次还好几百呢，大保健做几次也够上一次培训班了
没啥奇怪的，林子大了什么鸟都有
贵=有价值，某些人的选择观点
这个肯定不对，贵的东西，价值不一定等于价格，如现阶段的房子，质量差，价格偏离价值，买的人还是成堆。
OA:
/赞经验丰富
Q:
贵的东西，对于买的人来说绝对有价值
外行如何选择内行专家，价格就是一个重要因素
你不买就/闭嘴
有钱人家不在乎多花4W
OA:
这种东西价格浮动得厉害，当然信息不对称也很重要
Q:
所以科音还是不要搞视频，靠口碑就可以了
是的，我们也只是，酒香不怕巷子深
搞视频以后就不用开班了
少了和学员见面的乐趣，没劲
每次培训都可以见到很多可爱的妹子[图片]
OA:
那也是别人的妹子和你毛线关系
[图片]
Q:
其实做GRE TOEFL等等留学课程培训的现在也有很多课程啊，依然有市场空间，不会存在由于有视频就花钱上课的情况。
OA:
欣赏一下也是可以的嘛
可爱的妹子们就是拿来欣赏的，说说话也挺开心啊，距离产生美
Q:
据为己有未必是件好事
我之前准备留学时就参加过这样的课程尽管我已经有那个视频但是还是愿意花钱去上课，很多人应该都有这想法。及时少数人由于实在囊中羞涩或者就是抠门..不愿意去上课，但是这些人上课之后还是愿意推荐给别人这门课程（如果课程真的好），所以录屏行为不会有太大的伤害。
A:
培训*绝对*不会有视频
Q:
可爱的妹子666
/鼓掌
OA:
对啊，每次给女孩子们签到的时候觉得好幸福
我参加15年暑假的培训班有一个影响特别深刻的妹子，没什么用
A:
一些商家、机构靠信息不对称牟取暴利，从商业角度来说无可厚非，但对于科研服务领域来说，是绝对不应该出现的。
Q:
/呲牙/呲牙
OA:
很多能在线视频的，或者还有一道有关把着(比如考证)，或者需要大量自身实践(比如某些亲子教育)，纯技术类的特别不适当搞视频
Q:
你就不怕那个妹子也在群里...
OA:
是不是照片上那个很卡哇伊的？哈哈？
Q:
科音是以学术为主的，弄付费视频什么的，感觉好商业化
OA:
不一定是视频付费啊
Q:
我们只想好好搞科研
OA:
依赖这词不好叫粘性。。
Q:
没那么多心思想这个
你看培训班的收费就知道了
纯粹是按照最低标准来的
我实验室15年暑假去北大上源资的VASP培训得3600呢，三天课
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:12:19
Q:
老师，对于弱相互作用，比如氢键卤键，原子间距离（O...I）远的反而比近的的键能大，这怎么解释？@Sobereva
A:
考虑：
是否充分合理地优化
键角的不同
能量计算级别的合理性
与之相连的其它结构的影响，导致实际上本来更强的作用也优化不到更近距离
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:18:38
Q:
casscf和是mcscf一回事吗？
感觉casscf和mrci很像
A:
casscf是MCSCF一种，还有RASSCF
MRCI是基于CASSCF波函数做CI
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:22:17
Q:
“我更推荐的是用Multiwfn的电子-空穴分析，效果和NTO类似，而且NTO不适用的情况（难以用单个NTO对儿描述的情况）依然适用“，sob老师，这里的难以用单个NTO对描述的情况能说的具体点吗？谢谢
A:
就是即便用了NTO，还是有好多个NTO跃迁有显著贡献，找不到主导的NTO对
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:27:40
Q:
[图片]请问sob老师，我把优化后的苯分子out文件用GV打开然后设置参数算频率，这时苯分子结构参数变了，该怎么解决？
A:
在gview里面对称化成D6h再优化，然后再用gview打开，再保存成输入文件，就不会这样
Q:
[图片]是勾选这里吗？
A:
已经是D6h了
Q:
这时我优化时候的输入文件
老师，这样就可以保证对称性不降低了吗？
A:
gview里对称化成实际点群，保存成的输入文件里的结构就不会有那么明显的数值精度问题
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:40:09
Q:
请问各位老师混合基组如何用英语表达
mixed basis
不用复数吗
A:
Mixed Basis Sets
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:45:07
Q:
哪位老师有学TCL语言的教程发给我一个，谢谢了
A:
群共享里 Tcl教程.pdf
----------------------------------------------------
2016.11.26 03:51:17
Q:
[图片]请问引离子4在B3LYP/6-31+g（d，p）下优化，为什么所有键都断了[图片]这是什么原因啊，老师@Sobereva
A:
初始结构不合理，或者那个东西在真空中本身就不存在
----------------------------------------------------
2016.11.26 04:37:08
Q:
[图片]老师，这里输入统计范围以后就自动退出什么情况？
A:
输入的命令格式不对之类
----------------------------------------------------
2016.11.26 04:49:37
Q:
请问一下amber16 在leap中 solvateBox的用法问题
[图片]
amber 16 是怎么用的sovlatebox
amber
A:
你用list命令，确认TIP3PBOX能够显示，如果显示不出来说明没正确载入力场库
Q:
我就是这样做的
然后提示那段话
在leap里面使用list 命令？
A:
y
Q:
[图片]
这样么？
A:
直接写list
Q:
[图片]
A:
没有TIP3PBOX这个unit当然加不了它
光进leap没用，还得载入力场库
Q:
我进入leap后 source leaprc.protein.ff14SB
这不是已经载入立场了？
A:
看屏幕提示
这才正常
[图片]
之后list
[图片]
Q:
[图片]
确实我这里没有这个TIP3PBOX
这是咋的？
A:
按我操作弄
Q:
[图片]
A:
14SB就完了何故protein.ff14SB
Q:
@Sobereva
[图片]
amber16里面是不是没有这个立场
A:
amber老变来变去，看最新版手册
----------------------------------------------------
2016.11.26 05:18:30
Q:
老师我想问一下发生电荷转移的重心 r 怎么算？@Sobereva
A:
看multiwfn手册4.18.3节的例子
----------------------------------------------------
2016.11.26 05:19:25
Q:
[图片]老师我已经问了作者[图片]这里对I是这样处理的，您可以加到以后的manual里
A:
roger
----------------------------------------------------
2016.11.26 05:23:26
Q:
DGDZVP，我还是第一次遇到，会比lanl08(d)好么？
A:
不会
只不过是个全原子基组而已
Q:
全原子怎么理解？
A:
全电子基组
----------------------------------------------------
2016.11.26 06:38:57
Q:
老师，我计划想通过分子轨道（涉及HOMO和LUMO能级）来说明一些化学问题（类比导带、价带，fermi level），想了解HOMO、LUNO能级的一些基础知识和能说明的问题。我从福井谦一的图解量子化学入手并辅助公社中的概念密度泛函相关内容。不知道这样入门是否有问题。而且不知道福井谦一的书中是否有现在看来是错误的想法。
A:
量化里都不兴前线轨道了，现在大多用概念密度泛函理论讨论
导带、价带，fermi level是对周期性体系而言的，分子轨道是对孤立体系而言的，不一码事
就看公社里概念密度泛函理论就够了
Q:
好的，谢谢老师。
把能带投影出态密度，不就和分子轨道对应起来了.。
A:
那算不上直接联系
----------------------------------------------------
2016.11.26 06:53:11
Q:
各位老师，B3LYP long range behavior，是用LX-b3lyp还是LC-b3lyp作关键词？
A:
缺乏上下文
Q:
Sobereva老师，是“the poor quality of the B3LYP long range behavior should be checked”
A:
比较和CAM-B3LYP等长程行为较好，或者wB97XD这样长程行为完全正确的泛函的结果差异
Q:
老师，关键词分别为 CAM-B3LYP 和 wB97XD,对吗？
A:
y
Q:
CAM-B3LYP 中间的 - 是要的还是不要的？
A:
问的功夫都试出来了
Q:
Long range corrected functionals 主要是用于有电荷转移的体系，TDDFT也需要考虑Long range corrected functionals ？
这东西文献和手册里都有
A:
电荷转移要说清楚是什么过程的电荷转移
对于TDDFT计算电子激发过程伴随电荷转移的情况，用长程校正或者长程具有高HF成份的泛函很重要
长程校正基础知识看
WIREs Comput Mol Sci 2013, 00: 1–16 doi: 10.1002/wcms.1178
----------------------------------------------------
2016.11.26 17:12:50
Q:
老师，我对含氧官能团羧基、羰基、羟基、甲氧基吸附多个水分子的体系进行AIM电子密度拓扑分析，发现其中形成了多个氢键，那我将估计的氢键键能求平均值来表征吸附1个水分子、2个水分子·等的过程中氢键强度的变化，不知道是否可以这样做，是否违背什么原理。
A:
那你还不如直接用常规方式算的相互作用能再除以氢键数呢
----------------------------------------------------
2016.11.26 17:41:01
Q:
请问老师，在用VMD绘制分子表面极值点的时候，极大点和极小点如何区分呢
[图片]，这里面的selected atoms 可以设置，但是我的极小点在氯上，输入chloride\chorine，vmd不认，carbon认，这是什么原因呢
A:
仔细看博文，极大点和极小点在pdb文件里用不同元素表示，selected atoms里设什么元素就显示什么类型极值点
----------------------------------------------------
2016.11.26 18:08:00
Q:
[图片]计算ONIOM时出现这种错误，怎么解决呀？谢谢
A:
限制设的不合理，尝试其它设法
----------------------------------------------------
2016.11.26 18:16:25
Q:
老师好，我在做不对称催化的理论计算发现加上弥散函数之后体系收敛变得比较困难，但由于体系中有比较多的弱相互作用，所以个人认为添加弥散函数还是很有必要的。请问对于这个收敛困难有什么解决的办法吗？比如 int=ultrafine 等关键词会不会有助于收敛？@Sobereva
我用3Zeta基组算过，发现和全部加上弥散之后的结构差别很大/衰
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.11.26 18:39:42
Q:
oniom(m062x/6-311+g(d,p):amber=hardfirst)=embed nosymm geom=connectivity
算个单点，不收敛，咋办捏？
A:
没问题。SCF不收敛就去掉弥散
----------------------------------------------------
2016.11.26 19:02:30
Q:
[图片][图片][图片] 老师，我算热力学数据出错了，但是当这个-NH2是其他基团的时候就没有问题，请问这是怎么回事呀？
A:
输入文件末尾多空两行
----------------------------------------------------
2016.11.26 19:53:56
Q:
计算电荷转移激发态时，TD-M06-2X是否也有不俗的表现？
A:
有
----------------------------------------------------
2016.11.26 20:17:19
Q:
[图片]老师这些白色的裂纹是我什么参数设置不合理么？@Sobereva
A:
http://sobereva.com/196
看第8节
----------------------------------------------------
2016.11.26 20:31:24
Q:
【传说】Sobereva(190258442) 2016/11/26 星期六上午 11:57:01
没问题。SCF不收敛就去掉弥散
============
可是，我的体系里涉及到一个氢负离子转移，这个氢可能带负电荷。去掉弥散合适吗？
A:
只给氢加弥散就够了
Q:
嗯，谢谢老师。
老师，设置了out=wfn
是在文件的最末尾写上wfn文件的路径吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.26 20:40:27
Q:
你好，想问一下，如何让蛋白的结合位点处，显示氨基酸残基，[图片][图片]
怎么让第一个图可以变成第二图，谢谢
A:
取决于你用什么程序。对于VMD，repsentation里设成licorice即可
----------------------------------------------------
2016.11.26 21:17:20
Q:
老师，看到一篇实验结合理论的文献，您觉得可靠性如何？
[图片]
研究的是氢键相互作用对反应的影响，使用了B3LYP/6311+G**级别的计算
A:
没什么问题
Q:
不用考虑D3BJ之类的校正吗？
A:
会有定量改进，不考虑也不至于明显错误
Q:
明白了，谢谢老师。
老师，像上面那张图，单独的两条能量折线图绘制在同一个图中用Origin可以做吗
直接chemdraw画
还是分别做一条然后PS加工一下
哦哦，好的，谢谢！
A:
可以
不要用chemdraw，根本不准
Q:
不准体现在哪里？
A:
横杠位置
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
把两套文本数据导入origin，分别作为两个图层绘制到一起就完了
----------------------------------------------------
2016.11.26 21:35:01
Q:
老师，说的“限制设的不合理，尝试其它设法”是什么意思？
A:
程序bug，或设得缺乏意义，程序没法恰当处理
Q:
程序没法恰当处理，要怎么处理？
A:
不都说了，调整限制方式
----------------------------------------------------
2016.11.26 21:51:29
Q:
老师，先优化，在坐标跑单点，后算频率，这个顺序可以么
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.26 22:21:09
Q:
老师，我想做一个有点讲究的人，氢键主导的体系，优化采用B3LYP-GD3BJ/6-31+G(d,p)级别优化了，有什么好的建议，下一步做一个什么级别的单点和频率计算呢？
A:
优化用D3别用D3BJ，因为高斯里D3BJ算频率有点问题，单点再用D3BJ
这种体系优化和频率计算我建议M062X/6-311G**，单点升到6-311+G**或更好的ma-TZVP
优化必须和频率一致
优化没必要加弥散
Q:
GH的全称是global hybrid GD呢
A:
grimme dispersion
----------------------------------------------------
2016.11.26 22:47:42
Q:
老师我在用oniom计算的时候体系中有Pt和Ir配合物 MM计算部分用什么力场比较合适呢老师谢谢
A:
UFF
没法说很合适，但能用的只有这个
----------------------------------------------------
2016.11.26 22:49:50
Q:
文中解释好像是优化构型得到的[图片]，但是优化T1构型时，能得到S1能量吗
A:
0 3 opt优化T1结构，在此结构下用0 1 TD(50-50)计算S1和T1能量求差
Q:
50-50和triplts有什么区别呢？
A:
RTFM
Q:
RTFM是什么，我也用到过50-50以及triplts，但并不明白是什么意思@白菜鸟
我也不知道啊，都适用于closed-shell体系
老师这是什么意思呢
A:
先google搜RTFM
----------------------------------------------------
2016.11.27 00:58:35
Q:
[图片]
老师，要是计算上面酯键断裂的能量怎么计算呢
A:
整体能量减断裂后片段的能量
Q:
单点吗？
A:
算键能用单点就可以
算解离能得优化片段
Q:
老师网上下载的Linux系统的高斯都是64位的吗？64位的linux的高斯是不是配置越高，运行的就越快，对核数和内存没限制呢？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.27 02:17:10
Q:
有哪位老师遇到过这种情况吗？
[图片]
A:
一般用NPT
Q:
老师，MS里面只有这个[表情]
A:
有盒子的体系就能用NPT
如果只是孤立分子就用NVT
----------------------------------------------------
2016.11.27 02:50:27
Q:
[图片]为什么我用高斯opt=modredundant冻结二面角最后的结构还是变呢
A:
写0.000无意义，初值是多少就冻在多少
----------------------------------------------------
2016.11.27 03:27:36
Q:
请问，如何将fchk文件改为fmu文件？
PED
A:
看相应程序的手册
----------------------------------------------------
2016.11.27 03:35:41
Q:
直接改属性就可以
A:
极大点对应sigma-hole特征（硫键的本质），极小点反映孤对电子
----------------------------------------------------
2016.11.27 03:49:31
Q:
请问如果电脑有四核八线程那么计算过程是选4核还是8核快呢
A:
需要实测
一般建议用4线程并行
----------------------------------------------------

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