公社群聊Q&A整理：2016.11.27 04 ~ 2016.11.29 23 Concate - 计算化学公社

2016.11.27 03:53:03
Q:
S原子周围为什么有4个极值点是不是只需要考虑最小的就可以
A:
一方面可能数值精度原因（格点间距不够小之类），一方面可能实际就这样。如果怀疑，作个分子表面静电势填色图一看就知道。
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2016.11.27 04:00:36
Q:
老师，我用Multiwfn计算Shannon aromaticity时得到的结果全都是0。
不同结果计算结果都是0，
[图片]
A:
显然就应该是0，几个CP特征都相同
Q:
我的不是标准的芳香环，
比如我算环戊二稀，也是这种结果，
A:
BCP的特征都相同这个指标就是0，仔细看原文，或者手册里对此指标的介绍
你选的每个BCP的值在屏幕上都给了
Q:
我正在看那篇文献，也对照手册看了。实际上BCP是不同的，只是程序给出了相同的结果，我才觉得不对的。
A:
输入文件发来
Q:
[图片] 【吐槽】玄空分享文件 20:16:15
"1.fchk" 下载
A:
[图片]
[图片]
明明很正常
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2016.11.27 05:07:00
Q:
[图片]请问老师，结构优化完以后无虚频，但是平动数值貌似有点大，这样是结构没收敛吗？
A:
不大
Q:
数值大概是多少算大啊？
A:
几十
Q:
好的，谢谢老师
A:
而且这不对应平动，而是转动
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2016.11.27 05:24:14
Q:
[图片]我看文献的这句话说CT 和 Rybberg 激发态用具有长程校正的泛函。我想问一下：什么是Rybberg激发态呢？我谷歌了Rybberg态是基于Rybberg方程的原子或者分子的电子激发态，Rybberg energy是不是就是在电子激发态上的结构具有的能量呢？谢谢老师
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.11.27 06:23:57
Q:
有人计算过原子轨道能级吗
HOMO LUMO吗？
还是要所有
所有
这个要怎么算呢？
那就优化
A:
算个原子，输出文件里就有轨道能级
优化作甚
Q:
如果是局域化轨道要怎么算？
谢谢各位老师
A:
算what？
Q:
比如Boys定域轨道
谢谢谢谢
A:
你要产生定域化轨道，在高斯里最省事做法是pop=saveNLMO让NBO模块产生NLMO自然定域化轨道。
虽然高斯自己也能产生boys定域化轨道但并不好用
对一个原子做单点计算
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2016.11.27 09:05:39
Q:
[图片]用VMD，此图中虚线的颜色如何调整，如变为绿色；虚线粗细调整方法？
A:
[图片]
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2016.11.27 16:47:19
Q:
各位前辈请问一下，化学键的Laplacian键级变化0.02是一个很大的变化量吗？
谢谢老师回复。
A:
看相对变化大小
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2016.11.27 17:41:08
Q:
请问构像搜索,40个原子,有12个可以变动的键,用avogadro显示有10000个构像,用molclus多久能给出结果呢?是不是需要固定一些原子才有可能找出合理构像
不知道能不能解决问题. 看openbabel也有confomer search功能. 如果100多个原子的配合物更困难.感觉构像这东西,靠经验的比较多
请教一下Molclus的原理是不是这样的:
1 跑很高温度的MD,然后轨迹文件保存的频率要高些
2 然后分析MD后段能量较低的部分,得出能量最低的数个XYZ, 明显不合理的XYZ不要.
3 然后QM计算这几个结构的单点能. 单点能低的结构再用来优化结构计算.
A:
靠动力学来用molclus，没法说多长时间能给出结果，只能说轨迹越长、帧数越多，得到最稳定构象的可能性越大
用molclus同样能做扫描方式的构象搜索，用gentor工具，完全没必要把每个能旋转的键都指定成要扫描的键，五六个要扫描的键一般已足够
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2016.11.27 17:41:30
Q:
老师，您好！25号我问您这个问题怎么解决，您说去chk用g09e.01算，现在问题解决了。我想问问这是为什么？（原本用g09d算）[图片]
输出文件没报错，但读取不了振动情况数据
[图片]应该不是@米豆豆
A:
程序bug
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2016.11.27 18:18:19
Q:
[图片] 老师这里已经设置了，为什么还有锯齿？[图片]
A:
设完了关了VMD重新绘图
换更新VMD版本
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2016.11.27 18:49:38
Q:
老师，考察两个或三个原子间的成键，计算电荷布居数，并直观反映出来，是要进行ELF盆分析吗？
A:
姑且算是
绘图才直观
Q:
[图片]嗯，就是这种图@Sobereva
[图片]要想产生这种图，是在哪个模块下呢
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
这跟盆分析是两码事
以及
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
Q:
哦，这也是算ELF电子定域性分析，然后利用Chimera着色显示不同的等值面？
A:
multiwfn直接就能绘制等值面
要效果再好点再导出ELF格点数据用VMD或chimera绘制
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2016.11.27 19:19:36
Q:
老师，遇到这种都不收敛的该如何是好？[图片][图片][图片]
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.11.27 19:27:48
Q:
[图片] 这样的有机结构，如果做优化，选用什么方法和基组比较合适？我发现量化做的越多，约开始纠结了，这是不是病啊！
A:
B3LYP或M062X，6-311G*
Q:
谢谢
如果接着做吸收光谱呢
A:
一样
Q:
如果接着做超极化率呢
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
恩，你的帖子都拜读过，但是选择的时候还是纠结
A:
这种体系，aug-cc-pVTZ(-f,-d)算超极化率很划算
Q:
如果体系再大一倍呢？（接上其他的给、吸电子基）
A:
Sadlej POL
Q:
算第一超极化率：推荐用Sadlej HYPOL（CPL,297,391），是专门给计算超极化率优化的。2016年提出的R-ORP（IJQC,116,1084）也特别适合计算超极化率，大小和aug-cc-pVDZ差不多，但计算第一超极化率精度经作者测试达到>=d-aug-cc-pVDZ的水准，故适合中、大体系第一超极化率计算，不过目前只对H、C、N、O、F有定义，而且可靠性没有被广泛测试。
你这段话我一直在看，看了无数次，哈哈
Sadlej POL和Sadlej HYPOL（CPL,297,391）是不一样的，是吧？
A:
我刚才说的是我根据大量实际测试总结的最新结论
不一样，HYPOL比POL大太多了
各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义
http://sobereva.com/345
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2016.11.27 19:38:26
Q:
因为体系可能大一倍，所以不好用6-311G*，我先用M062X/6-31G*优化再说，可否？@Sobereva
A:
6-311G*比6-31G*贵不了太多
6-31G*也可接受
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2016.11.27 19:44:55
Q:
[图片]老师，这种内存好多都没用上，是电脑没有配置对吗？
%mem=12GB
%nprocshared=12，已经用了这种命令了
A:
程序没理由把你分配的内存都占满，懂得基本算法自己写过程序就知道为什么
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2016.11.27 19:53:05
Q:
老师，周末愉快。
有个问题请教您，气相做了低级别的结构优化，打算再使用更大的基组计算单点。
与此同时我还想考虑一下溶剂的影响，有必要再在溶剂里再优化一下结构吗，或是把气相优化好的结构只在溶剂中使用大基组+smd模型计算溶剂中的单点就好了？
A:
有没有必要在溶液下优化视体系而定。普通中性有机分子没必要，局部带显著净电荷的最好溶液下也优化
对
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2016.11.27 20:30:52
Q:
那如果S1和T1归属不一致呢？
A:
只要都是同一对轨道贡献的就可以
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2016.11.27 20:35:07
Q:
Multiwfn程序,这个程序不用安装吗？
A:
仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.11.27 21:56:55
Q:
请问是否在任何情况下，总可以把激发能分解为轨道能、库伦排斥能和电子交换能（交换积分）？
只是单重态的交换积分为正，三重态的交换积分为负？
A:
算是吧，但是牵扯到很多轨道的时候不好解释
交换积分本身总是正的
Q:
哦哦，表达不严谨。
应该是对于三重态，其能量中要减去交换积分
为何对于单重激发态，交换积分会让体系能量增加？
A:
看这里的推导
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=188。
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2016.11.27 22:34:44
Q:
smd和pcm模型的差别是什么？
A:
[图片]
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2016.11.27 22:38:10
Q:
PCM应该是对激发态这种非平衡时的计算误差很大
A:
没这回事。在PCM基础上考虑非平衡溶剂效应就完了
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2016.11.27 22:39:44
Q:
弱弱的问基函数的数目是不是不能少于体系的空间轨道数
在使用变分法时候
A:
体系的轨道数本身就是无限的，实际计算时有多少基函数就能给出多少个MO
只能说至少也不能少于占据轨道数，否则连占据轨道都描述不全了
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2016.11.27 22:45:08
Q:
[图片]
老师这是没收敛的原因吗
A:
格式不对
不要乱用“没收敛”一词
Q:
哪个地方不对呢
是template那块吗
A:
说不清楚就上传输入文件
Q:
[图片]
A:
你拿高斯直接运行的这个文件？
Q:
不是，是mol
A:
不要随便把程序名简写
Q:
哦哦好的
A:
标题上面怎么能空两行，明显不合规矩
Q:
那我改改再试试
老师忘记告诉您了，高斯09的window s32位的，设置那些核数(4核)和内存(1500 MB)能对吗？
A:
对
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2016.11.27 23:03:30
Q:
[图片]
我怎么就没发现错误呢？
A:
CHCl3写法不对
test完全多余
chloroform
Q:
CHCl3在03里是不是能认？
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2016.11.27 23:05:39
Q:
我在使用calcall的时候考虑到Tddft没有二阶解析导数，之后我想用cis+calcall优化结构这样可以吗老师
A:
按手册里写
就看人家接不接受CIS的优化精度了
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2016.11.27 23:38:35
Q:
请问，初学量子化学，接触拉曼，有入门的资料吗？
A:
看exploring书
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2016.11.28 00:22:45
Q:
用ORCA做双杂化算某银配合物的单点，对应C、H、O、N 的 def2-QZVPP，Ag有什么精度相仿的赝势基组么？
A:
就用def2-QZVPP呗，对银就是赝势基组
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2016.11.28 00:31:54
Q:
[图片]我想做一个二面角的扫描，但是出现了这个问题，求助？会是我设置了虚原子而且共线所导致的吗
A:
如果有虚原子，扫描定义的原子不能有虚原子
Q:
[图片]那我想扫描这个分子那两个平面的二面角该怎么办呢
A:
[图片]
Q:
我一开始也是这样的但在激发态扫描会变成这样[图片]
另一个平面往上偏了
A:
激发态本来就容易变形，实际是什么样就是什么样。
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2016.11.28 00:38:02
Q:
[图片]老师们我想问一下单点能计算时出现L502错误并且收敛失败该怎么解决？试过用iop(1/8=1)和SCFCON=5
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
[图片]
A:
仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
你写的关键词3/4都是无意义还有害的
Q:
？
3/4？
A:
关键词的>75%
仔细看博文，初学者少些垃圾关键词、不懂干什么的关键词
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
298那个贴错了，是这个
没有其它任何“解决办法”
能考虑的只有我说的那两条
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2016.11.28 00:41:42
Q:
老师求问一下在opt的时候一个质子会自动迁移，如何得到未迁移的结构？
A:
优化时候用约束，固定质子和重原子的键长
Q:
这样我试过，但是其他键的键长被拉长了
A:
有时候不希望出现的迁移是没有考虑溶剂环境所致，用隐式溶剂模型就完了
Q:
就是opt再加smd？同时？
A:
y
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2016.11.28 01:08:27
Q:
[图片]老师，这和我刚刚用的SCFcon=5有什么区别吗？
[表情]
A:
5太低，6可以接受
OA:
默认是6
A:
默认是8。不清楚就不要轻易回复
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2016.11.28 01:29:47
Q:
大家好，我最近算激发态几何优化的时候发现输出文件总是很慢，看了输出文件大篇幅都是这样的
[图片]
看起来像是结构不合理所以波函数好像不太合适？这种情况应该怎么解决呢？
A:
贴关键词
Q:
好的，稍等
# M06/gen pseudo=read guess=read geom=check td opt=(gdiis,newton) IOP(9/40=4)
之前没有gdiis和newton，也是这样的情况，我本以为是不是几何优化方面有没有问题，加了之后还是这样
A:
换相似基组再试
newton完全多余
Q:
基态分子和激发态分子的电荷和自选多重度这里都写的0 1
A:
或者换泛函
都是数值巧合因素所致
Q:
看来可能是方法的问题了？……
A:
数值巧合，跟理论没必然关系
Q:
明白了，多谢老师
A:
也可以稍微重新摆摆初始结构试图绕过巧合
Q:
好的，我有一个小问题，那个输出文件中的
Davidson failed to converge within maximum sub-space dimensions.
Restart with updated initial guess:
究竟指的是什么意思呢？
A:
几句话说不清楚，你看看davidson迭代的基本原理就懂了
Q:
好的，另外您说的巧合，是由什么原因产生的呢？如果解释起来太麻烦的话，应该去了解哪方面的信息呢？
A:
抽象来说就是，davidson迭代通过特定方式构造子空间来快速求解TDDFT方程的最低的几个根，通常扩大子空间维度到足够大就能让被研究的态的能量都收敛，但当前到了默认的子空间维度上限还没收敛，所以重启子空间构造过程
数值巧合一般很难从物理角度说明原因，都是数值运算、数值算法上的一些错综复杂难以描述的事
Q:
……唔嗯，好的，非常感谢老师您的回答，我还是去找书看看吧
A:
往往只有开发者才能从程序员角度给你很有用的建议
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2016.11.28 01:53:32
Q:
DFT里的哪个泛函算键能准确些，sob老师
A:
非双杂化的就是M06-2X
Q:
CHO体系6-31G*够用吗？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.11.28 02:04:48
Q:
△SCF是什么个意思呢？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.11.28 02:36:57
Q:
[图片]B3LYP是DFT的关键词，既然DFT计算牵扯到积分格点，那为什么B3LYP解决不收敛用int=ultrafine奏效低呢？@Sobereva
A:
B3LYP用默认的fine已经够了，不想明尼苏达系列泛函那样对积分格点很敏感
Q:
fine到untrafine，计算量有多少提升呢.。社长大人.。
ultra
A:
多巴胺（C8H11NO2），TZVP基组，275基函数，473 GTF
G09 E.01，计算单点/受力/频率耗时（秒）
M06-2X：37/42/214
M06-2X int=ultrafine：51/57/436
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2016.11.28 02:53:52
Q:
请问老师，高斯09可以计算离子半径吗，命令行是什么啊@Sobereva
A:
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2016.11.28 02:55:03
Q:
请问高斯的 TD-DFT 还不能优化激发态的过渡态吗？
A:
当然能
Q:
[图片]那社长这是什么问题？应该怎么改呢？
A:
[图片]
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2016.11.28 03:10:19
Q:
TS法寻找过渡态，设定的初猜在输入文件哪里体现呢
A:
体现在初猜坐标啊
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2016.11.28 04:01:13
Q:
有个问题，实验上测band gap 靠谱吗？
分子的gap，如果要实验测得话，也就只能用吸收光谱，或者发射光谱了.. 单问题是这些数值都不一样..
固体的gap 测定不是更没谱了.。
OA:
Gap仿佛有很多定义。。。
Q:
我看算固体的，总是纠结和实验比，问题是实验测的也不靠谱啊.。
A:
吸收和发射谱本来就不一样，optical gap是可以测准的
fundamental gap靠IP和EA定义，是可以测得很准的
Q:
IP 和EA可以很准.但是计算就没谱了.。
A:
IP、EA计算也能算得很准
Q:
IP和分子计算电离能一个性质.. 计算光电子能谱.要算准很困难.
A:
固体的band gap也可以测准，要不然像诸如J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 1198−1203这种比较计算和实验band gap的测试也没法搞了
Q:
非得上后HF方法.。
但是固体里没法优化激发态..怎么就算准了呢.。
A:
算band gap并不需要优化激发态
需明确具体哪种gap，有三种定义
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2016.11.28 04:31:55
Q:
老师请问优化完事之后看键级找输出文件的哪一项啊？有的人在论文里写上键级，这个键级代表什么意思呢？
请问这个键级能说明什么问题呢
OA:
搜索bond order没有呢
Q:
就是命令里面要有NBO的命令才能找到bond order 对吗
那是优化好之后输出文件里怎么找到呢
那是输进wfn格式吗
OA:
[图片] 好像要NBO才行
Q:
[图片]输入文件里红色部分代表什么意思
A:
用multiwfn算键级，手册4.9节有例子
这里有常用键级介绍
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
才不是用什么NBO
用multiwfn先看此文以及手册的例子和相关博文，别乱猜
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.11.28 05:21:58
Q:
论坛的google搜索能用吗
A:
不试就问？
Q:
我试了，出现了提示让我购买一起艾斯很抱歉老师，我不会啊
[图片]
A:
[图片]
[图片]
[图片]
明明很正常
管它作甚
Q:
估计是我浏览器不行
A:
不是浏览器的事
点google搜索不就完了
常识、尝试、动脑
Q:
不行啊[图片]
A:
用IE
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2016.11.28 05:31:46
Q:
老师我想问一下，如果理论上与实验光谱峰的位置对上了，但是理论计算得到的光谱振子强度与实验光谱强度对不上。这是什么原因呢？谢谢老师啦！
A:
形状能看出相近就行
强度比激发能更难算准
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2016.11.28 05:53:13
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：对于过渡金属配合物的某个分子轨道能不能看出是配体给金属电子还是金属给配体电子？
A:
做CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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2016.11.28 06:18:15
Q:
公社里面的威望值有什么作用
A:
看新人必读
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2016.11.28 06:40:28
Q:
sobereva老师，我算相互作用能。一个配合物中含两个相同的二价铜离子，我写分子电荷和自旋多重度是4 1吗？
A:
也可以是4 3，比较能量
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2016.11.28 06:57:10
Q:
请教一个问题，一块金板，金原子之间，有金属键对吧，到哪里能找到这种金属键的力场参数呢？
A:
J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281–17290
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2016.11.28 13:36:37
Q:
请教sob老师 MultiWfn程序里面BCP点的能量密度如何计算？（Cremer-Kraka criteria）以及输出的能量密度的单位是什么？谢谢
A:
单位都是a.u.，这点屏幕上有提示
你考察某个点的所有信息的时候里面就已经包含了能量密度，仔细看就能找到
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2016.11.28 14:53:36
Q:
[图片]
网上看到这句,是不是错误的.总共就分配4GB吧
A:
图中完全错误，4GB是所有线程共用的
真是严重误人子弟的资料
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2016.11.28 18:09:12
Q:
[图片]老师，VMD中加键以后，出现绿色的标识怎么去掉？ @SET
A:
graphics-labels里面去掉
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2016.11.28 19:08:29
Q:
请问再模拟计算紫外光谱图的时候用 gaussion计算，还是用multiwf计算？用multiwf计算的时候能不能同时计算多个啊？
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 不要把程序名拼错
multiwfn不是计算光谱图的，而是基于高斯输出的电子激发程序绘制光谱图的，仔细看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.11.28 20:13:12
Q:
[图片]
ORCA的SCF中这种情况的意思是不是完全重新构建一遍fock矩阵，防止incremental fock的误差累积太大？是不是正常得？
A:
是
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2016.11.28 20:55:22
Q:
Sob，参加过培训的报gmx 班多少钱
1400？1800？
A:
目前还没考虑优惠计划
Q:
那好，多谢
A:
教师不会高于1400
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2016.11.28 21:05:05
Q:
用PCM优化结构，因为是离子液体溶剂，所以选择了ionic选项并输入了离子离子强度Dism=xx，此时溶剂模型变成了non-isotropic，Gaussian运行后提示错误Energy gradients not available for non-isotropic IEFPCM. 这样的话就无法对离子特性的溶剂模型OPT了么？
A:
是
Q:
这样的话，离子液体溶剂不选择ionic，是不是计算模型就很差了，还是差别不大？有其它解决方案吗？我查了些文献还没有找到有用的信息。
A:
不会差多大
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2016.11.28 22:33:33
Q:
sob老师，镧系金属配合物，配体有150个原子，还有一个镧系离子，开壳层体系。我只有16核，64g内存，想用posthf的话，能行么？
A:
MP2如果用ORCA没问题，更高级后HF没戏
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2016.11.28 22:37:47
Q:
能量密度的a.u.具体是多少呢？比如Hartree什么？我没能在手册里看到参考文献
A:
a.u.是单位制，对于能量显然是Hartree
长度单位是bohr，因此能量密度则是Hartree/bohr^3
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2016.11.28 22:48:07
Q:
请问，Spin Density是对每个轨道空间波函数的平方*自旋函数的平方值再求和得到的吗
A:
可以基于轨道计算也可以基于密度矩阵计算。基于轨道计算的话，用此式
[图片]
加和只循环alpha轨道，就得到了alpha密度。然后再类似得到beta密度。一相减就是自旋密度
Q:
谢谢SOB
密度矩阵对角化后得到的是自然轨道。那基于密度矩阵的话是怎么体现alpha和Beta呢？
基于密度矩阵得到自旋密度
A:
密度矩阵也分alpha密度矩阵和beta密度矩阵
如果只有总密度矩阵就没法得到自旋密度
Q:
高斯里的POP=SpinNatrualOrbita得到自旋自然轨道应该是基于轨道的了吧。
A:
高斯内部计算自旋密度、自旋布居都是基于密度矩阵的
multiwfn是基于轨道算的
用这个关键词高斯才能把后HF的自旋自然轨道输出到波函数文件里，从而能够在Multiwfn里也分析自旋密度、计算自旋布居
Q:
明白了。谢谢
我用非标准路径计算路径的话，基组什么的还用在坐标后面再写吗？
按说计算一切信息都包括在LINK调用路径里了。。。
A:
基组可以直接写基组名，也可以用IOp指定
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:12:11
Q:
[图片]
请问用VMD打开电子密度差的gaussian cube文件后，等值面的Isovalue的单位是electron/angstrom^3还是electron/bohr^3 ？
A:
electron/bohr^3
Q:
取决于你生成cube文件的程序存储的什么单位的数值
gaussian cube的内置单位都是bohr吧？
我不确定VMD会不会转换单位
A:
VMD不会转换
cube格式本身没有明确定义用什么单位，但高斯和Multiwfn产生的cube文件都是用原子单位
Q:
高斯的输入原子坐标是埃吗
A:
是，也可以用units关键词指定是什么单位
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:12:11
Q:
请问一下大佬们，用dft方法优化好过渡态的结构也用IRC确认过之后，再用cbs-qb3计算找到的过渡态的能量，这个时候关键词里要加opt=ts吗？还是关键词只写一个cbsqb3就可以了？
计算cbs-qb3能量的输入结构是dft优化验证好的
A:
得有opt=ts，不然又自动优化到极小点去了
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:17:41
Q:
%chk=Fe-L1-O2-M1-quartet-scan-to-M2-p7-scan-to-1.8.chk
%mem=2000MB
%nprocshared=16
#NONSTD
1/7=-1,14=-1,18=120,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5,116=-2,124=31/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,6=6,38=6/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/7=-1,14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5,82=7,124=31/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,6=6,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
1/7=-1,14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-6);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Title Card Required
2 4
坐标部分
没有再写基组信息。
但是报错了，说 End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /home/chenh/prog/g09-D01/g09/l301.exe at Mon Nov 28 15:05:45 2016.
我的这个非标准路径是先用关键词写的运行后拷贝的log文件里的路径，然后在7/30=1/1,2,3,16;
后面加了一行 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;目的是让每一步优化都做SCF波函数分析，得到mulliken电荷和自旋布局。读的chk是拷贝的一个正常结束的作业
%chk=Fe-L1-O2-M1-quartet-scan-to-M2-p7-scan-to-1.8.chk
%mem=2000MB
%nprocshared=16
#NONSTD
1/7=-1,14=-1,18=120,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5,116=-2,124=31/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,6=6,38=6/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/7=-1,14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5,82=7,124=31/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,6=6,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
1/7=-1,14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-6);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Title Card Required
2 4
坐标部分
没有再写基组信息。但是报错了，说 End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /home/chenh/prog/g09-D01/g09/l301.exe at Mon Nov 28 15:05:45 2016.
我的这个非标准路径是先用关键词写的运行后拷贝的log文件里的路径，然后在7/30=1/1,2,3,16;
后面加了一行 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;目的是让每一步优化都做SCF波函数分析，得到mulliken电荷和自旋布局。读的chk是拷贝的一个正常结束的作业
用关键词写的gjf运行后就没报错。
关键词是：“opt=(modredundant,loose) b3lyp/gen guess=read nosymm empiricaldispersion=gd3 iop(5/6=6)”
A:
IOp对应于gen的话还是得在输入文件里再写额外基组定义
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:17:55
Q:
大宝博士，动力学的班的通知什么时候出来？
A:
初级班结束后很快就出来，暂定1月18日
Q:
好的谢谢
[图片]
/鼓掌
李大博士神补刀
上完了就可以回家咯
[表情]20号好不好？
A:
可以这里表决一下自己希望的第一日的时间，范围在1月14~22日之间
Q:
太早不好，因为实在是找不到请假的理由
A:
培训是3天
Q:
27号过年啊
我以为还是五天
我希望19或者20两天开始
A:
太早我也来不及准备完ppt
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:25:52
Q:
好的谢谢！
[图片]
请教老师一个问题,我用g09优化HNO3,在12步时,H原子可以转过来,可是用NWCHEM却转不过来
都是b3lyp/cc-pvtz
不知道什么原因,优化NO3-时也是,结果不一致.高斯都得到平面型的结构,可以nwchem优化不是平面的结构.
我的起始结构都不是平面型的,离最终优化结构相差较远.高斯感觉每一步能量振动比较大,能得到全局最小点.NWCHEM很容易落到局部最小点. 方法和基组都完全一样,都没有加对称性方面的关键词.不知道怎么回事
A:
两种程序用的优化算法不一样，高斯的优化算法是所有量化程序里最稳健的，而且一些很微小的没什么意义的势垒在优化过程中也能越过去
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:33:24
Q:
Gaussian 09 D01 是不是默认不计算Mulliken电荷了？
[图片]
从Gaussview里打开文件后看电荷居然是灰色的
输出文件里倒是有
就是不能用GaussView显示
不知道怎么调出来
嗯，我试试
A:
gview不认D.01的Mulliken电荷输出格式
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:50:09
Q:
Sob老师，计算中用到了sobMECP，请问引用文献里面怎么写？
A:
Tian Lu, sobMECP program, http://sobereva.com/286 [accessed 日期]
----------------------------------------------------
2016.11.28 23:50:58
Q:
老师，multiwfn计算esp很吃力，还有一个计算一半就自动退出了（大概50个原子），有没有什么好办法？@Sobereva
A:
看手册4.12.7节，借用cubegen计算表面顶点静电势数据
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:05:56
Q:
请问：ADF中的周期性计算适用于晶体物质吗？
A:
适合
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:08:31
Q:
老师，请问我想在高斯计算结果中查找 ∆H ∆G，怎么查找，计算结果中的能量就是 ∆G 吗？拿 ∆H 怎么查找
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:09:29
Q:
[图片]
问个问题啊。。这种图用什么画比较好？
A:
origin
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:26:01
Q:
老师，请问计算活化能用△U（0）行不行呀？
A:
用自由能垒
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:26:43
Q:
各位老师，请问这种图[图片]的contour value is 0.020 eau-3.这个单位是否写错了？
A:
不规范
Q:
老师，单位如何写？
A:
a.u.
Q:
a.u.这个是能量能单位。我问的是做这个图时，我们用Gaussview，要选取的那个contour value值
A:
“a.u.这个是能量能单位”完全错误！
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:33:18
Q:
各位老师，请教一个问题：
我在文献中看到这样一句话How does a surrounding solvent change the intrinsic (gas-phase)conformational preferences? gaussian计算中，默认的环境条件是气相，也可以设置成液相。按照文献中的说法，气相条件下化合物的构象是其固有构象，一般我们用的化学品都是固相的（或者说晶体，不知道这样说是否恰当），那么计算这时的构象时就应该选择默认条件。
我的问题是：这种情况下，固相和气相中物质的构象是相同的？还是限于计算的原因我们只能这么算？
谢谢老师！
A:
肯定有区别，特别是柔性分子，柔性变量会受到与相邻分子相互作用的影响
对于刚性体系可以基本当成和气相一样
----------------------------------------------------
2016.11.29 00:58:07
Q:
[图片]老师有没有办法把GV 的ESP与multiwfn产生的极值点弄到一起？在两个软件上截图再PS好像不太严谨@Sobereva
A:
没有办法
直接用Multiwfn+VMD绘制极值点+表面填色图就完了
----------------------------------------------------
2016.11.29 01:09:19
Q:
老师，请问NBO计算的二阶微扰能E(2)可以比较分子间氢键的强弱吗？（不是比较反应总能，单比较某一个氢键强弱）
A:
不能
原因这里提了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
好的
谢谢老师
那如果想通过计算比较氢键强弱应该用什么去对比？
A:
能量，以及博文里说的方法
----------------------------------------------------
2016.11.29 01:47:57
Q:
[图片]
请问老师，我如何能让，上层的石墨烯，和下面基底的晶格完全对应，而不是这样的错开
在此之前，我的石墨烯和NB分别是优化好的。
我用MS放在一起，晶格对应放着的优化，结果优化出来这样的。
我想问，我怎么设置输入文件，才能让优化以后，晶格不错位呢？
A:
建立石墨烯的工具一般可以设置C-C键长，把键长设大点，能和BN环对上，然后放在BN上
Q:
这样优化，他就不串位置了？
A:
除非B/N与C有直接成键作用束缚住，否则整体优化完该串还是得串
Q:
。。。。。。恩，谢谢老师。我设置了虚键，但是还是串了。。。。。。
A:
量化计算又不看你怎么设的连接关系。用UFF优化时才见效
----------------------------------------------------
2016.11.29 01:59:09
Q:
老师，晚上好。Multiwfn做的能量分解，用于研究氢键弱相互作用足够了不？如果发论文的话
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:11:19
Q:
sob老师，分子动力学的程序和计算方法都有什么？
A:
看里面的例子
幻灯片：分子动力学方法和程序简介
http://sobereva.com/242
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:25:21
Q:
各位好，请问NBO计算二阶稳定化能的时候，用的是mp2/aug-cc-pvdz，为什么有的体系算出来的数值非常大，是因为加了弥散的原因么？如果一定要这个方法和基组去做的话，请问有什么办法可以解决这个问题
A:
1 MP2根本得不到E2，你得到的是HF级别的E2而已，因为你没加density关键词
2 是不是弥散的事何不测试？一般与此无关，用不用弥散不影响NBO结果，所以用了也白用，纯属浪费时间
3 怀疑是NBO问题的话尝试更新的版本
4 NBO由于理论方法的局限性，很多数据根本没什么意义，甚至有严重误导性，非要去理解、解释的话只会被坑
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:26:15
Q:
问一下我把fch文件导到Multiwfn中怎么就闪退了
A:
输入的路径不对或文件有毛病
Q:
[图片]输完2之后一回车就闪退了
A:
fch哪能用来绘制光谱图？博文、手册里都没这么说过
认真看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
不能把我刚把chk文件用高斯转成fch的
A:
仔细看我的回复
你说的是“导入”，明明没有正确描述你的问题
Q:
[图片]老师这些文件类型在哪找
A:
RTFM
fch怎么生成之前已经告诉过你
绘制光谱图用什么文件博文里说得很清楚
Q:
上面那些文件具体的教程用到的时候都有
http://sobereva.com/
【链接】思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二
fch我会
博文里都有介绍
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:26:15
Q:
wfn文件在Multiwfn中选择4平面图看1的电子密度的结果与NBO中计算得到的37文件的结果做平面图是一样的吗，与NPA电荷有可比性吗
A:
37记录的是NBO轨道，没法用来绘制总电子密度图
Q:
是用31文件然后选37文件
我的本意是想把NPA电荷图形化
A:
电荷怎么可能图形化？
Q:
电场
不是电场是是电子密度
说话有点乱了
A:
到底什么...
Q:
电子密度
A:
电子密度直接用.wfn/.wfx/.fch文件绘制就完了，和NBO文件完全无关
Q:
就是NPA电荷显示有个原子的负电荷比另一个高，我想看看他周围的电子密度是什么样子的
A:
.37文件的目的仅用于看NBO轨道
没法靠这种方式考察
Q:
比如F苯，靠F这一侧会不会带更多的F电荷，在电子密度上能看出来吗
A:
电子密度图几乎什么也看不出来
只有做AIM分析、布居分析、考察电子密度拉普拉斯函数、密度差图之类方式，才能从电子密度分布中分析出对化学上有意义的信息来
光是作个电子密度图什么有用的信息也得不到，因为都是从原子核处呈指数型下降的趋势，什么体系都大同小异，图形上区别不出什么来
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:26:15
Q:
计算化学公社论坛有关于零点能校正的文章吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:28:39
Q:
oniom方法算能垒，不加零点能校正能垒在3kcal/mol左右，这个时候，需要做BSSE矫正吗？
A:
能垒跟BSSE完全扯不上关系
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:45:40
Q:
各位大神，用高斯优化时一直出现scf=IntRep要怎么弄啊
老师，我用高斯优化时一直出现scf=IntRep要怎么解决啊
A:
上传输出文件
Q:
[图片] 老师，您看一下，谢谢
A:
就按它说的加上SCF=intrep重算啊
----------------------------------------------------
2016.11.29 03:55:10
Q:
老师，请问，零点能校正后的能量是不是等于（ ONIOM: extrapolated energy ） + （zero-point correction 来自频率计算输出文件）？
A:
y
Q:
# freq=modelmodes oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)
[图片]
老师，这里的
Sum of electronic and zero-point Energies
指的仅仅是QM区的能量加上零点能校正吧？
A:
应该是整体的ZPE
错了，如果是这部分，而且是算model区域的话，那只是model区域的ZPE
如果是整体只输出一次，就是整体的
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:04:32
Q:
请问老师公社输入用户和密码总是错误阿里云也要手机验证是什么情况
A:
仔细看文档，里面强调了用客户端
用户名和密码绝对没错
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:22:35
Q:
amber中可以冻结原子吗，有没有人知道啊
A:
手册里搜belly
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:23:55
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：Multiwfn做电荷分解分析(CDA)适用于过渡金属配合物的过渡态吗？适用于它的IRC的各个点吗？
A:
配合物很适合。是否适合IRC看具体情况，如果反应过程不会影响片段划分方式的话应该能用
Q:
[图片]前辈您好！这样过程的IRC适合吗？
这个过程的过渡态我找见了
A:
不适合
Q:
sob前辈您好！如果只研究等式左边应该可以吧？片段1和2的电荷自旋多重度为2,0；-2,0对吗？
A:
左边的可以。自旋多重度显然不可能为0。
片段电子态的设定有一定任意性，可参考群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》的讨论
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:35:47
Q:
大家知不知道哪里有amber的培训班啊，我有一个同学想要去参加
A:
amber先自行照着官网上的练习做一遍，上手比较容易
没有几个程序像amber这样提供这么好的在线教程
至于靠谱的amber培训班就别指望有了
Q:
GMX的培训不可以移植到AMBER吗？
可能是某个关键词影响了Multiwfn的判断，你可以把里面的红外数据都提取出来，用Multiwfn或者Origin作图
A:
gmx培训的理论基础部分可以移植到amber，不过如果办amber培训，我肯定侧重于突出amber能做但gmx不能做的部分，所以绝大部分幻灯片还得重新做。
另外amber用户也就gmx的几分之一，开amber培训没什么市场，所以也没兴趣开
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:38:23
Q:
老师，
有个问题，我用 freq=modelmodes oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) 算出来的 Sum of electronic and zero-point Energies 是 -937.224849 Hartree。然后我用更大的基组 6-311+g(d,p) 算单点，算出来的 ONIOM: extrapolated energy 是 -2217.833494524543，加上零点能校正也有－2160多。怎么会相差这么多？
A:
不同基组下结果没有可比性
而且要比应该比相同输出项
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:42:15
Q:
[图片]
sob老师，文献中说的COSMO模型，请问埃高斯里怎么写呢
直接scrf=（cosmo，solvent=***）？
A:
没事甭用COSMO，非要用就scrf=COSMO
----------------------------------------------------
2016.11.29 04:45:04
Q:
老师，晚上好。
Mayer能量分解使用这个APEX4程序计算出来的好像不准啊，看了您的博文：《Mayer能量分解及APEX4程序使用简介》。
所以我想直接使用Multiwfn做氢键作用的能量分解，不知道老师有更好的建议吗？
A:
没什么建议。APEX4那个不常用
要专门做能量分解就用GAMESS-US、PSI4之类，Multiwfn + DFT-D3只能做简单能量分解
----------------------------------------------------
2016.11.29 05:42:25
Q:
sob老师您好，请问什么软件可以计算出一个分子的介电常数
谢谢您，那请问我的是有机小分子，高斯能算吗
A:
做分子动力学可以得到介电常数
----------------------------------------------------
2016.11.29 06:00:44
Q:
*!海上琴音撤回了一条消息
[图片]我想请教一下各位前辈我的参数是否设置的有问题，我想冻结130-1857号残基，我这边老是运行不了啊
嗯嗯，谢谢老师
[图片]
群主，我这个冻结原子的参数是不是哪里出了问题啊
A:
都发了四遍了，别再发了
现在太忙没时间看，自行来回试试就知道
仔细看所有输出信息、报错提示分析原因
----------------------------------------------------
2016.11.29 06:08:43
Q:
话说sob老师为什么这么喜欢隐式声明。。。
OA：
隐式声明是传统FORTRAN语言预先定义且无须通过类型声明语句对变量类型进行定义，习惯称为I-N规则。I-N规则规定：在程序中，凡是变量名以字母I、J、K、L、M、N、i、j、k、l、m、n开头的变量被默认为整型变量，以其他字母开头的变量被默认为实型变量。
Q:
我倒觉得inplicit none大法好~嘿嘿
OA:
implicit none现在随手写上去~
Q:
虽然后来就没有再这上面栽过跟头
先写上inplicit none
然后变量随用随定义
Q:
健哥大法好
OA:
这也太。。了吧。。。
A:
隐式声明多方便，我现在根本懒得自己声明
Q:
方便是方便
不过，会有小麻烦
A:
不会的，是你还没用习惯
Q:
一直用implicit none
----------------------------------------------------
2016.11.29 07:34:18
Q:
谢谢老师。
我已经使用了M062X-D3BJ计算了能量后，还需要使用DFT-3+Multiwfn做能量分解吗？
这两种方法GAMESS-US、PSI4好实现吗？
A:
做不做随你，但这种方式做能量分解，泛函不能是M06-2X，而必须是B3LYP这样完全描述不了色散的泛函
会用那两个程序的话好实现，但如果不熟的话，甚至GAMESS-US的编译都能难倒一大批人
M062X只能结合D3用，没法结合D3BJ
Q:
好的，谢谢老师的解答。
老师，优化使用的是m062x-d3，单点需要调整到m062x-D3BJ吗？
A:
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Sobereva(190258442) 23:36:23
M062X只能结合D3用，没法结合D3BJ
----------------------------------------------------
2016.11.29 07:36:55
Q:
老师，培训班是面授还是网络课程啊
A:
面授
绝对不搞网络、视频课程
Q:
近期在北京有培训吗
A:
关注www.keinsci.com
----------------------------------------------------
2016.11.29 07:52:50
Q:
老师计算弱相互作用运用M06-2X还需要进行D3校正吗？
请教Sob， G2(MP2,SVP), 关键词怎么写？
A:
没听说过，现在也没必要再用G2了，过时了
Q:
因为算的东西大
G3 跑不动
A:
可用可不用，用了稍微更准
对于pi-pi堆积则是建议用D3，因为M06-2X对此类问题有时描述不算很理想
有明显更划算的
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.29 08:39:05
Q:
sob前辈您好！这么晚打扰给您造成不便。想请教一下，做CDA，片段的结构一定用复合物的结构吗？不能优化一下吗？
A:
不能
Q:
谢谢您
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.29 10:04:52
Q:
请教老师，为何吸收光谱算出来的结果S1态为HOMO→LUMO+1的跃迁，且跃迁能量比HOMO→LUMO（S2态）的能量还低？[图片]
输入指令为：# PBE1PBE/TZVP TD(nstates=6,root=1) density scrf(smd,solvent=water)
A:
注意群共享里群规，字号不要超过12
Q:
不好意思，记住了
A:
轨道能量差只是TDDFT激发能的一阶近似，没有理由非得199->200的能量低于199->201
[图片]
Q:
谢谢老师，我好好理解消化一下
请问老师，从刚才的计算结果能否推断出最强发射光谱对应的是L→H，而非L+1→H？或者相反，推断出最强发射光谱是L+1→H，而非L→H？
A:
优化S1后再说
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.11.29 17:05:46
Q:
另外amber用户也就gmx的几分之一，开amber培训没什么市场，所以也没兴趣开
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造成这种现象的原因是什么啊？
在我看来，amber的缺点就是用CPU的话，速度太慢，但是GPU的使用可以弥补这个缺点。amber有一个引人注目的优点，就是可以跑QM/MM/MM.
A:
gmx速度快得多，常用的功能都有，还完全免费，拓扑文件格式比较灵活容易修改，很多额外的力场比如MARTINI都给了gmx格式的力场文件。所以amber日渐式微
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2016.11.29 17:27:51
Q:
老师，使用Multiwfn和Chimera做ELF分析，在Chimera中有两个键没有显示出来，可以自己画出来吗？谢谢！
[图片][图片]
A:
F 自己画呗。不区分等值面的颜色的话，用VMD方便得多，里面随便可以连键
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2016.11.29 17:35:20
Q:
动力学班是几天？
A:
3天
暂定在1月18日，3天
Q:
还是老地方嘛，安贞西里格林豪泰[emoji]
A:
y
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2016.11.29 17:39:31
Q:
[图片]请问各位老师，左边是我用MP2优化出的二聚体结构，右边是我换成b3lyp以后优化出的结构，有没有办法让b3lyp优化出的结构和mp2优化的结构一致？
没有虚频
A:
pi-pi堆积用B3LYP还不加色散校正完全搞笑，能优化出MP2的pi-pi堆积的结构才怪
B3LYP用ultrafine毫无意义
优化根本不需要考虑BSSE（除非连弥散都没加），由于没有解析梯度这使得优化极为耗时，而且你之后算频率也非得再用counterpoise，耗时高得吐血！
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2016.11.29 17:55:14
Q:
大家好！请问一下你们如何做conformational search? 我这边有个分子，需要找一找它有些什么能量较低的conformation. 先谢过！
米豆豆，连接地址不对了。文章名叫什么？我搜索一下
A:
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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2016.11.29 18:08:23
Q:
老师：您好！今天看到一篇文章，比较的是同分异构体的能量，请问这样比较的实际意义是什么呢？是稳定性吗？除了稳定性，还可以是什么呢？谢谢！
A:
稳定性
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2016.11.29 18:13:11
Q:
sob老师的讲义的多级矩那一节有个计算N2的气相四极矩，给出了XX,YY,ZZ这些值，这个该怎么算？哪里有这方面的资料呢？
A:
高斯输出文件就有啊，连同偶极矩一起输出
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2016.11.29 18:32:50
Q:
A:
严重警告一次！
本群内禁止未经群主允许发任何培训班的广告
尤其是小木虫相关的！
下次再发立即踢出本群
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2016.11.29 18:42:26
Q:
老师，我想请教一个问题：[图片]，这里187到188的轨道贡献率0.708**2/0.5>1，还有第二激发的轨道贡献为何是负值，谢谢老师
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.11.29 18:43:57
Q:
In a system of non-interacting electrons, the correlation exists only between particles of the same spin. Electrons of opposite spins are uncorrelated in both the ideal system and the mapped classical system.请问这句话怎么理解，为什么在没有相互作用的电子系统中，电子相关只存在于自旋相同的电子间，谢谢
A:
看A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed，介绍得很清楚
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2016.11.29 21:24:25
Q:
[图片]请问sob老师，上图讲义中，溶剂下的自由能是不是理解为Gsolv=（2）中的ZPE +（3）中的单点能E +（4）中的溶解自由能ΔGsolv，那么（2）中的热力学校正量到底是用对E的校正量ZPE还是对G的校正量？谢谢
A:
你既然算溶液下的自由能，当然用自由能热校正量，和ZPE完全无关
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2016.11.29 21:33:22
Q:
这个需要系统的学习生物吧？
A:
gmx培训班里讲解模拟生物大分子之前会先介绍一些相关基础，不至于那些没学过生化的人听不懂
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2016.11.29 22:08:26
Q:
请教一下，http://sobereva.com/68 研究弱相互作用，从晶体中抠出几个分子比较合适？还是研究哪部分就抠出那部分？
没有抠出的对其有没有影响？
A:
研究哪部分就抠出哪部分，可能对被研究问题造成影响的周边的分子也要考虑进来
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