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标题: 有没有手搓一些比较特别的对接结构模型的软件工具推荐 [打印本页]

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Author: tomwong4253 时间: 2025-11-25 15:56
标题: 有没有手搓一些比较特别的对接结构模型的软件工具推荐
如题，手头有个高分子链和α螺旋多肽之间的相互作用模拟。猜测大概率是高分子链像绳子绕在棍子上一样绕在α螺旋多肽上，这种构象有没有哪个软件能手搓出来模拟一下的？求教
一般的柔性半柔性对接出的构象没有这么花哨的，模拟时容易解离。
（暂不需要考虑这种构象现实是否存在，如果建模时能简单考虑下vdW半径最好）

作者
Author: Peng14 时间: 2025-11-25 16:01
可以试试社长在 http://sobereva.com/594 中推荐的Avogadro，但如果分子太大还是会很卡

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Author: tomwong4253 时间: 2025-11-25 16:58

Peng14 发表于 2025-11-25 16:01
可以试试社长在 http://sobereva.com/594 中推荐的Avogadro，但如果分子太大还是会很卡

谢谢我试一下

作者
Author: Serious 时间: 2025-11-26 02:35
本帖最后由 Serious 于 2025-11-26 02:58 编辑

1）要搞对接麻烦。简单弄个起始构象的话，"LLM Is All You Need"。
比如，准备一个α螺旋和聚合物PEG。把需求扔给LLM。得到代码后，迭代测试修改。最终效果如图：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
Input: a_helix_aligned_to_z.pdb (从5CWA.pdb截了一段); peg91.pdb (AMBER_tleap弄的)
Output: a_helix_aligned_to_z_FINAL.pdb; fitted_polymer_on_helix_RELAXED.pdb
Usage:

python 1_test.py

复制代码

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Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-11-26 09:38
试试看HADDOCK3 https://www.bonvinlab.org/software/haddock3/ ，B站上有视频教程。

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Author: student0618 时间: 2025-11-26 13:21
除了楼上的最快最简单的方法以外，讲究的话可以用增强采样。不过柔性聚合物要采样足够需要很长的时间，模拟出来已经是一篇文章了。

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