计算化学公社

标题: 用orca_2mkl处理omol25数据库中的gbw文件出现问题 [打印本页]

作者
Author: dfghjk 时间: 2025-11-25 21:50
标题: 用orca_2mkl处理omol25数据库中的gbw文件出现问题
本帖最后由 dfghjk 于 2025-11-26 10:49 编辑

最近刚接触orca，想要用orca_2mkl处理omol25数据库中数据的gbw文件(geom_orca6的geom_100004943_0_1，图上的是low_spin_23的)，然后就报错gbw文件的版本太旧了。今天试了orca6.1.0和5.0.1，都不可以。然后用6.1.0，在inp文件开头加了一行!RESCUE!，再跑了一遍，后续可以用orca_2mkl转换成modern文件。没放到服务器上跑，重跑一个用了27分钟，但是下载的数据有十万多，全部重跑不太现实，也还没确定是不是每个都这样。请问一下有什么解决办法吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-25 22:08
是从https://huggingface.co/facebook/OMol25/tree/main下载的数据集文件么？分享ORCA的.gbw文件就和分享Gaussian的.chk文件一样离谱，毕竟.gbw是ORCA私有二进制文件且不同版本对应不同格式，开发者在论坛表示过表示不希望用户乱碰.gbw文件，而应当用新版ORCA的json接口来导出导入波函数信息。
https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... &hilit=gbw+json
https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... &hilit=gbw+json
这么大的问题或许联系原文作者是最合适的，看论坛里有没有关系硬的大佬去沟通了……

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-26 06:34
那叫molden文件不叫modern文件
这种事直接问数据库的维护者问用的是ORCA什么版本，或者找发表这个数据库的原文（包括补充材料）看是什么版本算的，没必要自己折腾。非要自己鼓捣，就把ORCA从4开始到目前最新版本每一个小版本都凑齐了挨个试

作者
Author: dfghjk 时间: 2025-11-26 10:53

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-25 22:08
是从https://huggingface.co/facebook/OMol25/tree/main下载的数据集文件么？分享ORCA的.gbw文件就和分享Ga ...

谢谢，sob老师下面也说了去文章里找一找orca的版本，提到用的是6.0.0，我昨天用的6.1.0。再就是之前邮件联系数据库的负责人，给的我一个globus的链接，这个里面的内容和hugging face都是一样的吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-11-26 11:53

dfghjk 发表于 2025-11-26 10:53
谢谢，sob老师下面也说了去文章里找一找orca的版本，提到用的是6.0.0，我昨天用的6.1.0。再就是之前邮件 ...

这个链接是私密的不允许公开的吗？我看globus需要注册订阅才能访问，不像zenodo啊figshare啊github之类的开放下载，那我自然没法知道你看到的文件是什么样了。在hugging face放的应该是ai模型的检查点，不是训练集本身，我看错了。

话说下载该数据集是打算训练新的大模型么，这个数据规模哪怕是能顺利读取波函数文件也会花不少时间吧

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-11-26 14:48
完全没有必要重跑。搞清楚/问清楚对方使用具体哪一个ORCA版本做的计算，自己用对应版本的orca_2mkl就行了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)