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标题: 求助：自己计算18碳环ICSS_ZZ值与原文偏差过大 [打印本页]

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Author: Tub 时间: 2025-11-26 14:20
标题: 求助：自己计算18碳环ICSS_ZZ值与原文偏差过大
本帖最后由 Tub 于 2025-12-9 17:07 编辑

各位老师们好，最近看了sob老师发表于ChemRxiv的18碳环文章，在学习芳香性研究的过程中遇到了两个问题：
第一个问题：18碳环原文中提到ICSS_ZZ(0)的值为25.7，ICSS_ZZ(1)的值为23.7(图1)而18碳环等电子体B6N6C6独特的芳香性：揭示碳原子桥联硼-氮对电子离域的关键影响此博文中给出了C18,C6B6N6,B9N9的NICS_ZZ(0)值(见图2)，其中C18NICS_ZZ(0)的total值为-37.4，某个点的ICSS值应该等同于相应点NICS的负值，但是ICSS_ZZ(0)25.7与37.4(取正后)相差有些大吧？两篇文章都使用的wb97xd/def2tzvp进行C18进行的结构优化，为什么数据不同且相差很大呢？
第二个问题：基于第一个问题，我用两种方法计算了C18的ICSS_ZZ(0)和(1)值和苯的ICSS_ZZ(0)和(1)想重现数据，计算结果见图3。方法1：通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性，方法2：基于Gaussian的NMR=CSGT任务得到各个轨道对NICS贡献的方法，此外还用Giao代替CSGT做测试，结果与CSGT所得ICSS_ZZ相差无几。 C18使用sob老师ChemRxiv的18碳环补充材料中已经优化过的原子坐标作为输入文件，苯通过GaussView建模，经过wb97xd/def2tzvp进行opt+freq后作为输入文件。两种方法均在同一计算水平下进行：wb97xd/def2tzvp。两种方法计算结果表明苯的ICSS_ZZ(0)为16.96和17.49，接近原文中的16.1，ICSS_ZZ(1)=30.25和30.98，接近原文中的29.9，但是C18环的ICSS_ZZ(0)=37.5和38.03接近的是图2中的37.4（取正后），依旧与图1原文中25.7相差很大。无法再现出图1中的值。请问图1中ICSS_ZZ(0)=25.7和ICSS_ZZ(1)=23.7是如何计算得出的呢？
我的具体操作如下：

方法1:本人按照通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性此博文的操作在wb97xd/def2tzvp的水平下得出了C18与苯的ICSS_ZZ.cub，(输入文件已附上，cub文件上传到网盘中)，每个输入文件计算8000个点的屏蔽张量，生成Gaussian输入文件（共27个），在wb97xd/def2tzvp水平计算，计算完导入log文件后，选5: ZZ component，得到C18ICSS_ZZ.cub,iuserfunc改为-1,随后在主界面中寻找几何中心选100，再选21，选1-18，几何中心坐标为（0,0,0），在主功能1里输入（0,0,0）、（0,0,1）单位为埃，将输出的User-defined real space function取负值后得出，计算出的C18ICSSZZ_(0)=38.03，与图2total取正后数值相近，C18ICSSZZ_(1)=34.76，原文中的值：分别为25.7，23.7。可见与图1原文有很大偏差。苯的操作同理。

方法2：按照基于Gaussian的NMR=CSGT任务得到各个轨道对NICS贡献的方法，分别计算了C18和苯的NICS_ZZ(0)与(1),（输入文件与结果文件已附上）还分别计算了C18NICS_ZZ(0)π-in、π-out和σ+core电子的贡献，
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C18与苯的.cub文件链接：通过网盘分享的文件：C18，苯
链接: https://pan.baidu.com/s/1ls-F7DdmY9rlp57lFqqGxA?pwd=im21 提取码: im21
非常感谢各位老师愿意抽出时间给予指正

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-27 13:10
ChemRxiv上的那篇，以及其中部分数据整理后发表到Carbon, 165, 468 (2020)文中的ICSS图、ICSS_ZZ(0)和ICSS_ZZ(1)数据有误。那些是wB97XD/def2-TZVP优化的结构下用LC-wPBE/6-31+G*（而非用wB97XD/def2-TZVP）算出来的，数据弄错了。《18碳环等电子体B6N6C6独特的芳香性：揭示碳原子桥联硼-氮对电子离域的关键影响》那篇的数据是对的

作者
Author: Tub 时间: 2025-11-27 20:57

sobereva 发表于 2025-11-27 13:10
ChemRxiv上的那篇，以及其中部分数据整理后发表到Carbon, 165, 468 (2020)文中的ICSS图、ICSS_ZZ(0)和ICSS_ ...

非常感谢sob老师花费宝贵时间解答，祝您生活愉快。

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