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标题: 求助：关于做Gromacs小分子拓扑RESP电荷和力场参数时的Gaussian关键词选择 [打印本页]

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Author: crush 时间: 2025-11-26 16:05
标题: 求助：关于做Gromacs小分子拓扑RESP电荷和力场参数时的Gaussian关键词选择
本帖最后由 crush 于 2025-11-26 16:03 编辑

背景：量子化学小白，研究体系是蛋白+普通有机小分子动力学模拟，现在想做一下质量较好的小分子拓扑文件。
小分子电荷采用sob老师的RESP计算教程3.1，力场参考sob老师的sobtop教程例3 “产生苯甲酸甲酯的拓扑和gro文件：bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的“

在上面两个sob老师的教程中，计算RESP电荷时，小分子优化用的Gaussian关键词为图1；基于Hessian计算小分子bond和angle参数用的Gaussian关键词为图2；
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（图2是将sobtop程序下examples\Methyl_benzoate\Methyl_benzoate.fchk文件用gview打开得到的）

两次用的泛函方法不同，请问我能不能使用下面这些关键词，一次性同时优化分子结构和频率计算，然后将fchk文件分别交给Multiwfn和sobtop计算RESP电荷和力场参数呢？

# opt freq rwb97xd/6-311++g(d,p) scrf=(iefpcm, solvent=water)

复制代码

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Author: KazusaT 时间: 2025-11-26 22:26
你能接受浪费一部分时间的话就可以。

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Author: sobereva 时间: 2025-11-27 03:56
你图1里6-311G**适合做opt freq，给Multiwfn算RESP电荷用略糙（基组档次偏低），这是为什么下文的脚本里算单点用的是def2-TZVP
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

6-311++G(d,p)带弥散根本没必要，尤其是给氢加的弥散，完全浪费时间。例子文件里fchk是这个级别下产生的并不代表推荐所有情况都用这个，本来sobtop主页上也没推荐用这个基组。

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Author: crush 时间: 2025-11-27 10:47

sobereva 发表于 2025-11-27 03:56
你图1里6-311G**适合做opt freq，给Multiwfn算RESP电荷用略糙（基组档次偏低），这是为什么下文的脚本里算 ...

好的，谢谢sob老师，那我就不加弥散了。
还有想问一下老师，在做opt+freq时，用 b3lyp 还是 rwb97xd 两个区别大吗，哪个方法更合适呢？

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Author: crush 时间: 2025-11-27 10:51

KazusaT 发表于 2025-11-26 22:26
你能接受浪费一部分时间的话就可以。

哈哈谢谢，对我来说方法合理正确，多花一点时间也是值得的

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Author: SharkYYX2025 时间: 2025-11-27 14:12
优化用B3LYP或者WB97XD取决于分子具体结构。可以参考这个
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 http://sobereva.com/557
单个多巴胺的话，用B3LYP-D3BJ在当前合适

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Author: crush 时间: 2025-11-27 16:35

SharkYYX2025 发表于 2025-11-27 14:12
优化用B3LYP或者WB97XD取决于分子具体结构。可以参考这个
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何 ...

好的，谢谢您！我的就是普通有机小分子，看来B3LYP还是合适的

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