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标题: 长链烷烃取代菲啰啉分子，烷烃取代基构象只能选择zig-zag型吗 [打印本页]

作者
Author: zhangby 时间: 2025-11-26 16:36
标题: 长链烷烃取代菲啰啉分子，烷烃取代基构象只能选择zig-zag型吗
图1是辛基取代菲啰啉的构象，结构优化是在正辛醇的隐式模型下进行的，请问各位老师：
1. 这个辛基取代基的分子链可以考虑图1所示的折叠构象吗？
2. 一般多长的烷烃链才会考虑链的折叠构象呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-11-26 17:26
这种问题靠构象搜索确定，不要靠猜。参见https://www.koushare.com/live/details/48291

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-27 03:49
这是最典型的需要做构象搜索的情况
推荐用Molclus，看：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

鉴于可旋转的键不多，需要考虑的只有7个，优先推荐用gentor+molclus的构象搜索方式。用confab+molclus亦可

作者
Author: zhangby 时间: 2025-11-27 11:34

wzkchem5 发表于 2025-11-26 17:26
这种问题靠构象搜索确定，不要靠猜。参见https://www.koushare.com/live/details/48291

好的，谢谢王老师

作者
Author: zhangby 时间: 2025-11-27 11:35

sobereva 发表于 2025-11-27 03:49
这是最典型的需要做构象搜索的情况
推荐用Molclus，看：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.kei ...

明白了，谢谢卢老师

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