标题: 求助gromacs中用posre的问题，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错 [打印本页] 作者Author: wyw1 时间: 2025-11-27 20:16 标题: 求助gromacs中用posre的问题，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错 我现在想要把一部分重链给限制住，然后我已经把我想限制的原子写在posre.itp中了。我进行em和nvt后，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错，请大家帮我看看我这两个mdp文件写的有没有问题，为什么会出现这样的结构性问题。然后top是这么写的; include the position restraint file for the frozen atoms
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
; Include topology for ions
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
Protein in water
[ molecules ]
; Compound #mols
Protein_chain_A 1
SOL 75806
NA 236
CL 218