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标题: cpptraj如何实现将多帧输出为多个pdb文件 [打印本页]

作者
Author: Muby 时间: 2025-11-27 23:45
标题: cpptraj如何实现将多帧输出为多个pdb文件
各位老师好，我需要提取轨迹中多帧的pdb文件。而日常小轨迹是使用下述用cpptraj运行的代码，再用mdanalysis将保存了所有帧的pdb文件拆分成多个pdb文件，但如下，当我要保存10000帧下每一帧的pdb文件，需要花费极长时间进行分解，因此，我想请问可以在cpptraj文件处即实现分解吗？

parm a.prmtop
trajin b.nc 1 10000 1
strip :Na+,Cl-,Mg,Mg2+
autoimage
trajout ensemble.pdb pdb

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-27 23:55
手册 cpptraj 下 trajout 的 Options for pdb format 找 multi (Amber 25 手册第749页)

multi Each frame will be written to a separate file with the frame # appended to <filename>.

作者
Author: Muby 时间: 2025-11-28 16:32

student0618 发表于 2025-11-27 23:55
手册 cpptraj 下 trajout 的 Options for pdb format 找 multi (Amber 25 手册第749页)

好！谢谢您！

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