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标题: VMD周期边界出现断键 [打印本页]

作者
Author: asss 时间: 2025-11-28 14:42
标题: VMD周期边界出现断键
在使用vmd查看轨迹构型时出现成键胡乱现象，参考sob老师写的《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》后成功使用双图层或重新判断连接关系并改写内存里的连接关系列表在文本窗口输入mol bondsrecalc all; topo retypebonds解决成键胡乱现象。但发现周期边界处出现断键，后又尝试gmx trjconv -f .xtc -s .gro -o .xtc -pbc mol，修改轨迹保持分子完整性但并没什么效果。
想请问各位老师：
1.这种现象正常吗以及我的做法有什么问题吗？2.周期边界未成键现象会对计算有什么影响吗?
3.在packmol构建盒子时add_box_sides 1.2对这种现象是否有影响？
4.vmd中如何实现MS-Display Style-Style中Default和in-cell两种模式

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作者
Author: 乐平 时间: 2025-11-28 17:22
老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（VMD, GaussView, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学键，只是显示的连接方式而已。说得更极端一些，根本就没有“化学键”这种物质！“化学键”不是可测量的物理量。

最最本质上是原子间的距离。任何图形显示软件都是通过原子间的距离来“判断是否连接，显示'化学键' 而已”。

VDM 里，CPK 显示模式，如果第一帧如果没有连上，那么后续所有帧都不会连。

如果你想统计键长，写脚本。

作者
Author: asss 时间: 2025-11-28 17:43

乐平发表于 2025-11-28 17:22
老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（VMD, GaussView, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学 ...

谢谢大佬

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-28 20:57
trjconv -pbc mol处理后的轨迹再跑trjconv -dump 0 输出gro或pdb来给vmd

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