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标题: gaussian显式水模型下计算QM/MM是否可以使用隐式溶剂模型 [打印本页]

作者
Author: Muby 时间: 2025-11-28 17:06
标题: gaussian显式水模型下计算QM/MM是否可以使用隐式溶剂模型
各位老师好！
我在计算一个蛋白体系下的特定氨基酸残基对色素的激发能作用关系(氢键作用)，其中，由于我要计算多帧(动态蛋白环境)的数据，此外色素的电荷量为-1(环境所致，对该阴离子体系且要计算多帧的情况下，很难用更高的基组或者弥散基组)，故使用cam-b3lyp/6-31g下的QM/MM(考虑20埃内的MM)。其中，我已经将显式水以及无关氨基酸残基作为MM静电嵌入处理。但在计算中有时候会出现如下激发能相近的情况，难以决断
Excited State 1:    Singlet-?Sym 2.6591 eV  466.26 nm  f=0.5682  <S**2>=0.000
Excited State 2:    Singlet-?Sym 2.8451 eV  435.78 nm  f=0.4503  <S**2>=0.000
而我在使用PCM之后，它是收敛到一个激发态
Excited State 1:    Singlet-?Sym 2.6552 eV  466.95 nm  f=1.1434  <S**2>=0.000
不过我在使用PCM(或者SMD)之后，会不会涉嫌重复屏蔽，会影响到我计算的特定氨基酸残基与色素的氢键作用本质的判定。此外，我上述的操作有没有什么可以优化的地方吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-29 05:52
6-31G完全不能用，极化函数都没有完全是胡算。如果部分原子带有显著的负电荷（如ADCH原子电荷算出来比-0.7更负），强烈建议给这些原子带上弥散。算垃圾数据还不如不算

描述要严谨。Gaussian根本不支持QM/MM。ONIOM(QM:MM)与QM/MM有本质的不同。

北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）极为详细讲ONIOM的部分说了溶剂模型怎么考虑。存在MM描述的低层的情况下，PCM的孔洞应当对整个体系定义，默认情况就是如此，此时不会重复考虑溶剂效应
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作者
Author: Huschein 时间: 2025-12-2 04:13
个人经验是隐式溶剂模型会让势能面有很多噪声而且非常难收敛这个问题对于越大的体系越明显既然已经QMMM 就干脆把水也建模进去然后外层MM区可以直接freeze 不建议再加隐式溶剂

作者
Author: Muby 时间: 2025-12-2 22:15

sobereva 发表于 2025-11-29 05:52
6-31G完全不能用，极化函数都没有完全是胡算。如果部分原子带有显著的负电荷（如ADCH原子电荷算出来比-0.7 ...

受教了，谢谢sob老师！

作者
Author: Muby 时间: 2025-12-2 22:18

Huschein 发表于 2025-12-2 04:13
个人经验是隐式溶剂模型会让势能面有很多噪声而且非常难收敛这个问题对于越大的体系越明显既然已经QMMM ...

谢谢您！

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