标题: Gromacs对蛋白质pdb最后C端的PRO报错，无法生成拓扑结构 [打印本页] 作者Author: WaterMirror 时间: 2025-11-29 21:07 标题: Gromacs对蛋白质pdb最后C端的PRO报错，无法生成拓扑结构 尊敬的各位老师好:
我想用GMX的pdb2gmx命令，给出蛋白质结构的拓扑文件:
$ gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -p topol.top -o protein.gro
我蛋白质C端最后一个残基是PRO，我选择的是amber力场，AMBER99SB-ILDN。但是输入以上命令后，GMX提示报错:
Fatal error:
Atom OXT in residue PRO 293 was not found in rtp entry PRO with 14 atoms
while sorting atoms.
我手动将最后的293号C端的PRO手动改成PROC，但是GMX好像也没法识别:
Fatal error:
Residue 'PROC' not found in residue topology database