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标题: 求助：左氧氟沙星优化分子结构一直运算也没有结果，求原因以及解决方法。 [打印本页]

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-2 22:18
标题: 求助：左氧氟沙星优化分子结构一直运算也没有结果，求原因以及解决方法。
本帖最后由 SamShen 于 2025-12-3 15:17 编辑

求助：纯新手，左氧氟沙星优化分子结构，使用了# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity，结果运算到如图所示就没有后续了，没有报错也没有其他反应，就是一直运算也没有结果，请问是什么原因？应该怎么处理呢？（程序和图片见附件）（已经按照大家的指导改了建模，甚至还用大佬给出的建模来算优化，但还是出现了同样的问题）

作者
Author: wal 时间: 2025-12-2 22:22
这建模是灾难需要检查

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-2 22:38

wal 发表于 2025-12-2 22:22
这建模是灾难需要检查

啊。。。感谢感谢，这个是我修改好多次优化后弄得，有好几次算一半给关了，可能弄乱了，我改一改，感谢！

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-2 23:21
我改完了，但还是如图运作到这一步没有后续了，求助！（下面是我改完的程序）
%chk=D:\SCX\zuoyangfushaxing-opt.chk
# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

zuoyangfushaxing-opt

0 2
C                -0.25123270 -0.62278659 0.38744395
C                1.08962902 -0.20370509 0.45919949
C                1.39904239 1.12829477 0.15559686
C                0.38463467 2.08115882 0.00925992
C                -0.95469769 1.68361954 0.07364100
C                -1.27136455 0.32910503 0.23666598
H                0.63260808 3.10891330 -0.15526845
F                -1.93917584 2.60146035 -0.03012503
O                -0.60454140 -2.01027962 0.45016192
N                2.14581630 -1.16013708 0.88145824
C                2.85805293 1.51847550 -0.02685887
O                3.20062847 2.71571180 -0.20829248
C                3.48782649 -0.86850360 0.31062355
H                4.17209213 -1.67761306 0.16235851
C                3.88321600 0.39079390 -0.00943535
C                5.35540056 0.67578762 -0.36012121
O                5.76554046 2.00293468 -0.69980440
O                6.19746083 -0.25926912 -0.34773589
C                -3.51546643 0.98529970 0.78104693
C                -3.10304962 -0.41379361 -1.12537518
C                -4.98891564 0.53775537 0.79087730
H                -3.41083408 1.85440259 0.16573834
H                -3.20595537 1.21550214 1.77907206
C                -4.57647808 -0.86120938 -1.11573273
H                -2.99822645 0.45539869 -1.74052136
H                -2.49351072 -1.20214952 -1.51501350
H                -5.59854848 1.32603701 1.18056986
H                -5.09355641 -0.33141178 1.40609230
H                -4.88590086 -1.09116247 -2.11384246
H                -4.68114968 -1.73041427 -0.50061524
N                -2.67797731 -0.09780448 0.24583975
N                -5.41406073 0.22169029 -0.58036396
H                -5.31626939 1.03406926 -1.15526017
C                -6.82052247 -0.20569847 -0.57116345
H                -6.92507382 -1.07490713 0.04399005
H                -7.43028944 0.58249181 -0.18151319
H                -7.12993563 -0.43580640 -1.56927900
H                6.68021395 2.13194933 -0.43847009
C                0.37759506 -2.82709906 1.09455684
H                0.12646463 -3.85405602 0.92976482
H                0.39784551 -2.62922763 2.14591141
C                1.76270601 -2.52410815 0.49994387
H                2.48512757 -3.20687393 0.89601410
C                1.71036442 -2.66904204 -1.03235609
H                0.99123308 -1.98432274 -1.43102794
H                2.67423570 -2.45382322 -1.44413765
H                1.42924415 -3.66967466 -1.28655489

1 2 1.5 6 1.5 9 1.0
2 3 1.5 10 1.0
3 4 1.5 11 1.0
4 5 1.5 7 1.0
5 6 1.5 8 1.0
6 31 1.0
7
8
9 39 1.0
10 13 1.0 42 1.0
11 12 2.0 15 1.0
12
13 14 1.0 15 2.0
14
15 16 1.0
16 17 1.0 18 2.0
17 38 1.0
18
19 21 1.0 22 1.0 23 1.0 31 1.0
20 24 1.0 25 1.0 26 1.0 31 1.0
21 27 1.0 28 1.0 32 1.0
22
23
24 29 1.0 30 1.0 32 1.0
25
26
27
28
29
30
31
32 33 1.0 34 1.0
33
34 35 1.0 36 1.0 37 1.0
35
36
37
38
39 40 1.0 41 1.0 42 1.0
40
41
42 43 1.0 44 1.0
43
44 45 1.0 46 1.0 47 1.0
45
46
47

作者
Author: wcy鱼饵 时间: 2025-12-2 23:40

SamShen 发表于 2025-12-2 23:21
我改完了，但还是如图运作到这一步没有后续了，求助！（下面是我改完的程序）
%chk=D:\SCX\zuoyangfushaxi ...

32号的N有问题另外可以检查一下自旋多重度一般正常的中性体系建模出来为1，不然就是加氢少氢或者其他原子的成键方式有问题

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2025-12-3 00:37
现在32号N上头多一个H。如果不是特意做成这样的话，我给你删了。这是xtb优化过的，已经转成fch和gjf，可以拿gview打开另存为，然后继续优化
这种复杂结构可以考虑拿chemdraw画，画错了会提醒你，然后保存mol再拿gview打开
(, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 12:19
啊，太感谢了，我查了半天眼花了没看出来。。。感谢大家

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 13:30

wcy鱼饵发表于 2025-12-2 23:40
32号的N有问题另外可以检查一下自旋多重度一般正常的中性体系建模出来为1，不然就是加氢少氢或者其他 ...

感谢指导！

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 15:08
求助：已经按照大家的指导改了建模，甚至还用大佬给出的建模来算优化，但还是出现了同样的问题。【大哭】（用的程序和运行的结果图我放到一楼更新了）

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 15:08

SharkYYX2025 发表于 2025-12-3 00:37
现在32号N上头多一个H。如果不是特意做成这样的话，我给你删了。这是xtb优化过的，已经转成fch和gjf，可以 ...

求助：已经按照您的指导改了建模，甚至还用您给出的建模来算优化和振动频率，但还是出现了同样的问题。【大哭】（用的程序和运行的结果图我放到一楼更新了）

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 15:09

wcy鱼饵发表于 2025-12-2 23:40
32号的N有问题另外可以检查一下自旋多重度一般正常的中性体系建模出来为1，不然就是加氢少氢或者其他 ...

求助：已经按照您的指导改了建模，甚至还用楼下帮助者给出的建模来算优化和振动频率，但还是出现了同样的问题。【大哭】（用的程序和运行的结果图我放到一楼更新了）

作者
Author: wcy鱼饵 时间: 2025-12-3 15:12

SamShen 发表于 2025-12-3 15:09
求助：已经按照您的指导改了建模，甚至还用楼下帮助者给出的建模来算优化和振动频率，但还是出现了同样的 ...

可以给一下你的报错信息和输入文件吗

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-3 15:19

wcy鱼饵发表于 2025-12-3 15:12
可以给一下你的报错信息和输入文件吗

问题在于没有报错信息就是在这一步一直运行没有后续，输入文件和程序运行的最后显示部分我更新在一楼了，回复这里我发不了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-12-3 16:22

SamShen 发表于 2025-12-3 15:19
问题在于没有报错信息就是在这一步一直运行没有后续，输入文件和程序运行的最后显示部分我更新在一楼了， ...

程序仍然在运行吗（也就是任务管理器能看到计算进程吗）？注意不是g09w.exe，是l***.exe，***是某个数字。程序的cpu和内存占用情况如何？

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2025-12-3 16:23
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2025-12-3 16:31 编辑

仔细看此文解决方法：Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 http://sobereva.com/439
谈谈弥散函数和“月份”基组 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://sobereva.com/119

如果你是卡在L502这一步，可能是算的太慢。是win版吗？可以描述一下你用的核数和电脑性能。win版gaussian速度非常不给力，和玩具一样。我试了下（拿性能差的轻薄办公本，4核心，64W-G16RevA.03），在下一步没算完之前，显示框里头就是半天一动不动，看起来像是卡住了，其实未必，就是算太慢了。如果出错会报错停止，而不是卡着不动。我看这个原子数拿win版算已经有点吃力了。我把你这个结构弥散函数去掉然后做opt，拿笔记本电脑计算还是极慢的。可以考虑换Linux版，配上服务器或者超算平台 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
也有可能是这个09版本太老，有什么未知bug，可以考虑更新一下其他版本。
可以看看out文件，有没有写在哪一步终止。没写的话估计不是报错，就是算太慢了。
可以把计算关键词保留，算个甲烷或者苯，看看是这个分子的问题还是电脑的问题。或者，把分子结构保留，拿半经验方法算下，看看能不能正常运行结束。这样排除一下是哪方面问题。下面，半经验这个我拿win版算了下，几分钟结束，如果这个也不能正确算出来，那是电脑的原因

#p opt freq pm6d3

复制代码

然后建议目录不要有中文和空格，建议不要装到C盘。（虽然也不是不能用，我电脑就一个盘，只能装在C盘了）

作者
Author: 牧生 时间: 2025-12-3 18:48
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

用orca在b97-3c级别下优化了一下，花了4分钟。你非要用gaussian优化，直接用这个结构就行。

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-4 16:51

SharkYYX2025 发表于 2025-12-3 16:23
仔细看此文解决方法：Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 http://sobereva.com/439
谈谈弥散函数和“ ...

感谢感谢！根据综合分析来看，应该就是算的太慢了。目前正在考虑弄个新电脑。

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-4 16:54

wzkchem5 发表于 2025-12-3 16:22
程序仍然在运行吗（也就是任务管理器能看到计算进程吗）？注意不是g09w.exe，是l***.exe，***是某个数字 ...

是的是的，一直在运行，帖子里大佬给的程序卡在了I502，我自己的建模运行时候卡在了I302。内存和和CPU不太清楚，但是既然我能一边运算一边上网搜视频看到底是哪一步出问题一边看帖子下面大佬们的回复想来没啥问题。

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-4 17:07

牧生发表于 2025-12-3 18:48
用orca在b97-3c级别下优化了一下，花了4分钟。你非要用gaussian优化，直接用这个结构就行。

感谢感谢！太厉害了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-12-4 21:56

SamShen 发表于 2025-12-4 16:54
是的是的，一直在运行，帖子里大佬给的程序卡在了I502，我自己的建模运行时候卡在了I302。内存和和CPU不 ...

那是小写L，表示link的意思。不是大写I
任务管理器里怎么看CPU和内存占用你都不会？即使不会，问AI你总会问，这是任何一个AI都能告诉你正确答案、绝无可能答错的问题。你跑程序不影响上网，只意味着没把你的CPU、内存占满，但是不能分辨是占了一部分还是完全没占。需要判断的是CPU占用是不是为0或很小，如果是，意味着计算因为CPU以外的原因卡了，例如硬盘读写

作者
Author: SamShen 时间: 2025-12-7 23:19

wzkchem5 发表于 2025-12-4 21:56
那是小写L，表示link的意思。不是大写I
任务管理器里怎么看CPU和内存占用你都不会？即使不会，问AI你总 ...

好的，感谢感谢，我确认了下，确实在一直运行，我试着换ORCA试试，再不行就用远程平台连吧，感谢诸位的帮助！

作者
Author: PLwang 时间: 2026-1-2 14:35
后续的问题我觉得纯粹是电脑跑太慢了，有点条件的最好用服务器跑
你这个分子也不算小分子了，用6-31G(D,P)的基组跑，笔记本受不了的话是很正常的。

作者
Author: SamShen 时间: 2026-1-3 20:39

PLwang 发表于 2026-1-2 14:35
后续的问题我觉得纯粹是电脑跑太慢了，有点条件的最好用服务器跑
你这个分子也不算小分子了，用6-31G(D,P) ...

感谢，感谢！是这样的，现在我找了服务器跑程序，问题已经解决了。感谢各位的指导！

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