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标题: GROMACS 2024.4支持CUDA 13.0的gpu嗎？ [打印本页]

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-12-3 09:02
标题: GROMACS 2024.4支持CUDA 13.0的gpu嗎？
如题，小白前两天在ubuntu 24.04从cuda 12更新到了cuda 13.0，并安装了toolkit和driver，这时候发现运行任何gmx指令会产生报错gmx: error while loading shared libraries: libcufft.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory. 然后我删除原来的build文件夹，按照官网的流程cmake之后build时，build一步还是始终产生报错。
cmake选项（不加后面那些额外的flag会更早地产生其他的报错）：
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCMAKE_POSITION_INDEPENDENT_CODE=ON -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fPIC" -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DGMXAPI=OFF

build -j 16后的报错
[ 93%] Linking CXX shared library ../../lib/libgromacs.so
/usr/bin/ld: CMakeFiles/libgromacs.dir/nbnxm/cuda/libgromacs_generated_nbnxm_cuda.cu.o: in function Nbnxm::gpu_launch_kernel_pruneonly(NbnxmGpu*, gmx::InteractionLocality, int)': tmpxft_001ec855_00000000-6_nbnxm_cuda.cudafe1.cpp:(.text+0x2640): undefined reference to void nbnxn_kernel_prune_cuda<false>(NBAtomDataGpu, NBParamGpu, Nbnxm::gpu_plist, int)'
/usr/bin/ld: CMakeFiles/libgromacs.dir/nbnxm/cuda/libgromacs_generated_nbnxm_cuda.cu.o: relocation R_X86_64_PC32 against undefined hidden symbol `_Z23nbnxn_kernel_prune_cudaILb0EEv13NBAtomDataGpu10NBParamGpuN5Nbnxm9gpu_plistEi' can not be used when making a shared object
/usr/bin/ld: final link failed: bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:34957: lib/libgromacs.so.9.0.0] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4353: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2

gpu为4070 Ti S

因为之前的研究都在2024.4下进行，而且租用的服务器也是2024.4，为了防止产生兼容性问题我之前特意从2025.2降到2024.4的，也希望继续用2024.4，请问是2024.4太老了兼容不了cuda 13.0吗？还是我的操作存在问题？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-3 09:07
Toolkit可以同时有多版本的，跑gmx环境变量是正确的CUDA toolkit就好。

Driver新版能兼容老版本toolkit。

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-12-3 09:15

student0618 发表于 2025-12-3 09:07
Toolkit可以同时有多版本的，跑gmx环境变量是正确的CUDA toolkit就好。

Driver新版能兼容老版本toolkit ...

我怀疑其实之前的运行不了就是toolkit的问题，后面我在build的时候重装过一次toolkit……
但是现在终究是build不起来怎么办:(

作者
Author: snljty2 时间: 2025-12-3 09:26
感觉是CUDA 13的问题，2024.6（几乎）默认的编译参数，遇到过类似的问题，显卡驱动不用动，再装一个CUDA 12.9，cmake用-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.9应该能编译过去。

作者
Author: KKaKK 时间: 2025-12-3 15:14
我的rocky linux 10安装的是CUDA 13.0，用2024.6也无法编译，可能得用2025的版本

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-12-3 16:02
估计得降cuda版本或者再安装一个cuda了吧

作者
Author: Huschein 时间: 2025-12-4 08:20
其实都可以的 GMX没有用很多新的或者远古CUDA特性所以不会出现大问题我记得是在他一个cmake检查文件里面直接把检查注释掉或者加上CUDA 13.0就可以直接编译

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-4 11:26

dodobird1 发表于 2025-12-3 16:02
估计得降cuda版本或者再安装一个cuda了吧

可能我说得不够清楚，不用降整个系统的cuda，加装一个cuda12 跑gmx时环境变量指向它就好。

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-12-4 11:34

student0618 发表于 2025-12-4 11:26
可能我说得不够清楚，不用降整个系统的cuda，加装一个cuda12 跑gmx时环境变量指向它就好。

okok知道了
nvcc和toolkit不需要一起降吧

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