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标题: 求助伞形采样中拉伸动力学中固定的设置 [打印本页]

作者
Author: wyw1 时间: 2025-12-3 14:08
标题: 求助伞形采样中拉伸动力学中固定的设置
title                = Pulling MD
integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 2500000 ; 5000 ps = 5 ns (根据需要调整)
nstxout                = 1000
nstvout                = 1000
nstenergy             = 1000
nstlog                = 1000
constraint_algorithm = lincs
constraints          = all-bonds
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype          = PME
rcoulomb             = 1.2
rvdw                   = 1.2
tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau_t                = 0.1
ref_t                = 300
pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype             = isotropic
tau_p                = 2.0
ref_p                = 1.0
compressibility       = 4.5e-5
pbc                   = xyz

; Pull code

pull                   = yes
pull_ngroups          = 2
pull_ncoords          = 1

; optionally give the group names
pull_group1_name       = Chain_B
pull_group2_name       = Chain_A

; coordinate 1
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_dim       = N Y N
pull_coord1_vec       = 0 1 0
pull_coord1_start    = yes
pull_coord1_rate       = 0.01
pull_coord1_k          = 1000

freezegrps             = freeze_atoms
freezedim             = Y Y Y

; ===================================================

nstlist       = 10我现在想要固定chainA，拉动chainB，我这个mdp对吗？

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-12-3 14:47
freeze_atoms在index.ndx中指代的是Chain_A吗？一般group1是拉动的，group2当做参照组

作者
Author: wyw1 时间: 2025-12-3 18:15

FrancisCho 发表于 2025-12-3 14:47
freeze_atoms在index.ndx中指代的是Chain_A吗？一般group1是拉动的，group2当做参照组

freeze_atoms是我设置冻结的另一个组，属于chainA的部分原子，
我是想把chainA的底部分子冻结住，然后拉chainB

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-4 12:52
冻结不要和控压一起用，属于基本常识。要固定用位置限制势
并且拉伸这种非平衡过程不要用PR压浴，也是基本常识。用Berendsen或C-rescale

不要用constraints = all-bonds这样糟糕的设置

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