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标题: 关于离子液体的itp文件与对应的pdb文件原子不匹配问题 [打印本页]

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Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-12-3 14:29
标题: 关于离子液体的itp文件与对应的pdb文件原子不匹配问题
就含有离子液体的体系当中，我按照了sob老师在Sobtop一帖子当中FAQ 4里提到的“对阳离子和阴离子部分分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去”。由于我在Packmol中加入的离子液体是按整个分子的形式加入的，pdb文件中也是按照一个整个分子含有的原子重复排列。然而，top文件中include的是阴离子、阳离子各自的itp文件。那么top文件展开的时候，是先把全部的阴离子展开后才到阳离子（当然这种说法可能不对，大体意思就是先把阴离子的全部原子重复，直到次数和底下的[ molecules ]提到的次数相同为止），在能量最小化的时候就会遇到以下问题，想问问大佬们有什么解决的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-4 15:50
此时[molecules]里顺序必须是
阳离子 1
阴离子 1
阳离子 1
阴离子 1
...

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-12-4 21:24

看来这样了社长，感谢感谢

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