公社群聊Q&A整理：2016.11.30 00 ~ 2016.12.02 23 Concate - 计算化学公社

2016.11.29 23:20:02
Q:
[图片][图片]老师这个错误是？输入文件没有问题吧
有了这个文件怎么用Multiwfn做出光谱来
就是红外，我只能把chk转成fch，转不了fchk，难道他两是一样的？
A:
看此文，之前已经跟你明确说过了，不要做其它任何多余的事，何况本来就是初学者
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.11.29 23:25:04
Q:
纪念首例被 explorering 第三版坑的病例
A:
看exploring第二版，别被第三版毒害
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
第三版不是新修订的吗
我们导师让我看的第三版/难过
好坑
关于第三版可以看Sob之前的吐槽
A:
初学者看exploring第三版就是找死，这句话很明确地放在这里
对有些人真是怎么说也说不明白，还没完没了问~
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2016.11.29 23:47:41
Q:
老师用AOMix做EDA分析时，算单点的输入文件出现这些数据是怎么来的[图片]
A:
AOMix早没人用了，早过时了。它实现的EDA用Multiwfn完全能做，还做得更好，看手册4.100.8节
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2016.11.30 03:45:48
Q:
Sobereva老师，我在做小分子与DNA反应，但因为DNA空间位阻较大，有可能会影响反应的进行，不知道有什么计算方法可以验证反应是否能顺利进行@Sobereva
/冷汗不是在说我吧
A:
不是
Q:
[图片]
A:
可以用ONIOM，用amber力场考虑DNA的周围区域的位阻影响
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2016.11.30 03:49:15
Q:
老师，我换个问法，溶剂化效应中的能量校正中，有一个1.89kcal /mol，这个怎么用呢？反应中的每个分子都加吗？
@Sobereva
A:
仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
我看了
A:
1.89的含义已经解释得极为清楚了
Q:
那我没明白这么矫正的意义呢
我理解是矫正溶剂化能。。。因为标准态的不同
A:
[图片]
看不懂是自己的问题
Q:
但我想，一个反应体系，所有分子都矫正1.89，能垒不变呢
A:
什么叫没有找到？
[图片]
Q:
嗯嗯我的问题，所以求助老师
A:
按博文算出每个体系的自由能，然后过渡态和产物一相减不就完了
过渡态和反应物
Q:
对呀，反应物和过渡态都+1.89，能垒并不变
为什么矫正呢
A:
博文说的是算单个物质的溶剂下的自由能，算能垒是之后的事
博文里不是告诉你标准态的改变怎么影响势垒！
Q:
我知道博文的意思，我想和势垒联系到一起
因为看很多机理文献，都这么矫正，没想明白意义
所以想和老师确定是不是这是对溶剂化能的矫正，只要溶剂化，每个分子都需要矫正，并不会影响势垒。与反应体系有无气体生成无关。我担心自己理解错了。
A:
如果把反应复合物当做反应物，由于反应复合物和过渡态的摩尔数相同，所以考不考虑1.89对势垒完全无影响
如果对于双分子反应，你把反应物A、B无限远离的状态当做反应物（即A、B各自自由能加和作为反应物自由能），那么是否考虑1.89显然会影响势垒。
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2016.11.30 03:58:52
Q:
我在手册里面没有找到，我下载的是3.3.9这个版本
A:
什么叫没有找到？
[图片]
Q:
老师你的这个版本是哪个版本
A:
最新版multiwfn手册
你用3.3.9版程序难道不看3.3.9版手册？
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2016.11.30 04:00:12
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：用LQA，步长30走出的IRC如下图，很不光滑，这样合理吗？[图片]
A:
如果IRC轨迹大体没什么问题，而且你走IRC的目的是验证过渡态是否找对，当前这样无妨
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2016.11.30 04:00:27
Q:
sob老师，高斯计算没有给出电子态的，有没有关键词可以算出来呢[图片]
A:
如果有的占据轨道的不可约表示没判断出来，自行根据轨道图形判断，然后将占据轨道不可约表示进行直积自行得到电子态不可约表示
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2016.11.30 04:03:03
Q:
老师，请问算激发态的ts和irc的时候要加上td=(nstates=9,root=3)的关键字吗？
A:
当然得用root指定考察哪个激发态势能面上的TS和IRC
nstates默认才3，root=3时起码增大到6
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2016.11.30 04:16:00
Q:
sob老师，一个体系中，不同键的临界点处的电子密度能加和计算吗？有意义吗？
A:
加和无意义
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2016.11.30 04:28:18
Q:
拿到 fchk 文件了怎么在 view 里看HOMO 轨道图。。
这步已经做了
OA:
没有电子云图
[图片]
Q:
update在哪呢？
奥奥如果是可以按的就进去点update 就可以了吧
可能是 fchk 文件出问题了吧
OA:
嗯？
Q:
我生成的 chk 文件用 view 打不开
嗯嗯已经转了不过转过去
visualize 是灰色的
我可以用高斯打开 fchk
A:
本机必须装有高斯，而且gview必须能认出高斯安装路径才能用gview看轨道，否则gview无法调用高斯目录下的cubegen程序计算分子轨道格点数据
Q:
pop＝save 加到哪里
A:
根本不需要pop=save
Q:
我的本机装了高斯
A:
用multiwfn看轨道方便快捷得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
老师，怎么让 view 认出高斯的安装路径我的view 的任务每次都不能提交到高斯上去
A:
删了gview和高斯，重新装高斯，然后把gview安装到高斯的安装目录里头
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2016.11.30 04:45:02
Q:
老师例子中的这两个能量是在那个new.out 里面得到的吗
[图片]
A:
是
Q:
[图片]
类似这样的？
A:
这是last
要看1st用#P看第一次迭代输出的能量
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2016.11.30 04:45:14
Q:
[图片]针对这样的轨道我应该使用NTO吧，可是我用的wb97xd没加弥散是不是得重新加+算一下，如果我怕浪费时间是不是可以用cis来算？谢谢老师
A:
用CIS干嘛，谁还用这个
wB97XD算不动的CIS也算不动，CIS算得动的wB97XD一定算得动
除非里德堡激发，根本不需要弥散
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2016.11.30 04:51:40
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：如果想看看溶剂校正的波函数稳定不稳定，关键词m06l/6-311++g**, stable=opt scrf=(smd,sovent=benzene) guess=read geom=check对吗？
A:
sovent拼错
只是检查不需要=opt
没有逗号
Q:
sob前辈能不能再麻烦您一下：进行上面稳定性计算，出现L502，可以加scf=xqc解决吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
还不如先把弥散去了
Q:
前辈您好！不收敛是不是说明不能在溶剂中进行稳定性检测？气相是可以的
A:
能啊，不收敛和稳定性检测又没直接关系
Q:
sob前辈您好！您的意思是不是说：波函数稳定性检测没有必要和溶剂校正用的基组一致？
A:
我没那么说
Q:
[表情]sob前辈！是不是我所有的溶剂校正都得用6-311g**刷一遍，在用6-311g**做稳定性检测？
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2016.11.30 05:04:19
Q:
td算激发能，基组加到aug-cc-pcdz/pvtzSCF就无法收敛了是什么原因呢？换较低基组也是可以的
A:
弥散函数越多越难收敛
能少用弥散就少用，能不用就不用，博文里也明确说了应对弥散函数导致不收敛的做法
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2016.11.30 05:05:42
Q:
[图片]请问老师，用mutiwfn和VMD做这种弱相互作用图时，两种不同的原子生成了很相似的颜色，能不能手动改变原子的颜色？
A:
coloring method用element，然后在graphics-color里调节不同元素的颜色
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2016.11.30 05:10:09
Q:
老师，我想问一下您，我算一个分子的紫外吸收发现跟实验差别很大，溶剂效应，不同的泛函都尝试了一遍，还是差很多，想问一下您有没有合适的解决方法呢？
A:
[图片]
除非阴离子体系，否则计算溶解自由能加弥散没有任何好处
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2016.11.30 05:11:30
Q:
[图片][图片]我把等值面值变化了之后成这样了，我主要对第一个图中的轨道不会看，区分也就会区分几种
A:
没特殊必要根本用不着做稳定性检测。
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2016.11.30 06:38:27
Q:
请问在Fock算符中，自变量用r和x表示有什么不同
好像也有很多说DFT是第一性原理的
A:
看你看的资料里的解释。比如可能r只用来代表空间坐标，但是x还把自旋坐标考虑进去
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2016.11.30 06:43:24
Q:
请问DFT为什么不算是第一性原理
好多文献说是第一性原理，但是DFT又不能算是第一性原理
最起码＋U计算肯定不是第一性原理
A:
DFT计算属于第一性原理计算
Q:
但记得您只把HF和后HF列入了ab initio里面
A:
怎么归属要分语境、分场合
“第一性原理计算”如果连DFT都不用，几乎就废了
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2016.11.30 06:55:36
Q:
我想请教一下各位前辈，金属蛋白如果要发生电子转移，该怎么处理金属及其周围残基的电荷啊
我是做分子内的电子转移
化学反应的电子转移？
还是啥？
A:
怎么处理必须说得极为具体，什么程序、分子力场还是量化、想考察什么等等
Q:
如果马库斯电子转移之类的也做不了..
OA:
marcus
Q:
就是macus电子转移反应
还casscf
或者其他能指定电子占据的程序
还casscf方法
OA:
换
高加力搞了一个新方法来研究电子转移..貌似很有效果..但是不知道用到那个程序了..
前两年才听过他的报告
用的是极化力场，macus理论，考察分子内的电子转移反应
Q:
力场方法能研究marcus 电子转移吗？
OA:
我不知道额...问问社长大人..
A:
顶多也就用可极化力场跑个结构，然后再用其它额外方式计算
Q:
[图片]
极化力场比非极化力场算电子转移反应的重组能精确度更高吧
这个是marcus 理论..
起码得上DFT吧..
A:
是的，要么QMMM
光靠个可极化力场能搞什么
Q:
我是准备用qm+mm
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2016.11.30 07:14:26
Q:
这是我做的甲醛拉曼光谱，怎么还是在Multiwfn做不出来拉曼光谱图[表情]
A:
仔细看博文
博文里根本没告诉你用.fch能绘制出光谱图！
Q:
我用的关键词是freq=raman，为什么在Multifwn输入11，2再回车就闪退了[表情]
A:
你用的什么输入文件？
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2016.11.30 07:54:19
Q:
各位老师，请问[图片]这个公式中，分子[图片]是轨旋偶合，是不是里面的第一单重激发态S1的振子强度越大，荧光速率常数越大？
A:
虽然是这样，但和你的这个式子无关
Q:
请问Sobereva老师，请问从哪儿可得到第一单重激发态S1的振子强度越大，荧光速率常数越大的信息？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
看里面2.3节寿命的公式
Q:
我理解错了，以为是从上面公式看出的。但我一直苦于找不到第一单重激发态S1的振子强度与荧光速率常数关系的贴子，请老师帮我。
谢谢两位老师
老师们，“寿命τ=3/(2*f*ΔE^2)，第一单重激发态S1的振子强度f越大，激发态寿命越短，辐射速率常数越大。”打算这样回复，不知是否对？
A:
对
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2016.11.30 17:32:31
Q:
各位老师，请问有没有关于RMSD衡量两个结构间的几何偏差的参考文献，最好含有理论基础，谢谢大家
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2016.11.30 19:25:34
Q:
想问一下，MP2/aug-cc-pVTZ 跟 ωB97X-D/cc-pVTZ 哪种计算水平高一些？@Sobereva
A:
根本没有可比性，起码要么理论方法一样，要么基组一样，俩都不同怎么比
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2016.11.30 23:28:27
Q:
请问老师，M062x/6-311g（d,P）下做频率分析时校正因子是多少？
[图片]是不是意味着不用校正呀？
A:
那两个校正因子当成1.0就完了，ZPE或者基频振动的校正因子不能忽略
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2016.12.01 00:05:08
Q:
是不是用z-matrix，扫描三个二面角，计算n^3，得到多维的势能面，然后最低能量对应三个二面角的值？
计算量大，用pm6半经验，这样可以么？构像搜索要跑md，对于这个分子有点无头苍蝇的感觉，结构乱变。
OA:
6的3次方次优化计算？
总共216次还是很快的。柔性扫描pm6速度估计一个小时差不多
md的结构一点对称性都没有，从中取一个结构，qm很快就算到局部最低点去了，频率往往都是正的。
Q:
我担心高斯扫描时，两条链打架会不会报错？
OA:
其实重叠就给个无穷大能量就可以[表情]
A:
每一条链考虑三个可旋转的键，每个键120度扫一步，总共不到20000个点，力场优化可以接受，筛下来最低的不重复的几百个再用PM6-D3H4筛，再筛下来剩几十个再用量化准确计算自由能
Q:
好的，谢谢！如果角度选择太小，原子重叠就会报错吧
A:
molclus的gentor通过扫描产生初始结构时会自动去除那些位阻很大的结构
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2016.12.01 01:50:23
Q:
请教各位老师关于能垒计算的问题、对于A+B和A+C两个反应，虽然反应物不同，是不是也可以通过比较两个反应的能垒来判断反应活性？能垒的计算方法用过渡态算出来的自由能减去反应物自由能的和？看了几篇文献都是相同的反应物，不同的反应路径之间比较能垒；我这个反应物不同，计算出来的基态自由能差别较大，不知道是不是也可以用能垒比较反应活性？
A:
可
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2016.12.01 03:05:20
Q:
各位前辈请问在超算平台上保存的.chk文件，使用Windows版的gview能打开吗？能使用Windows版的gaussian将其转换为.fchk文件吗？
A:
不能
Q:
谢谢老师。
老师，请问吸附前后的吉布斯自由能变能表示吸附的强弱吗？
A:
能表示
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2016.12.01 03:25:24
Q:
谢谢老师回复。
老师，使用gaussian计算热力学参数时需要分别计算不同校正因子下的零点能、焓、熵，也就是说如果不用freqchk需要进行三次频率计算，如果不用freqchk，能否在进行一次频率分析后只是计算不同校正因子下的热里学量而不进行频率分析。
A:
不可能跳过频率计算，没有频率就没法计算热力学数据。想要省时的话就guess=read freq=readfc
windows下装个linux虚拟机，用相同版本的高斯里的freqchk就能处理超算上算出来的chk
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2016.12.01 04:36:55
Q:
请问用sobMECP计算得到geom文件中的结构就是MECP结构，那么MECP处的能量呢？是直接看JOBS中的最后一步的B.log文件中的能量吗？
A:
汇总信息里有啊
Q:
没看到呢？那个文件里面呢
[图片]是这个吗
A:
[图片]
Q:
两个都是吗？还有一个问题是我用同一个结构计算了两次，结果怎么不一样了呢？
A:
到最后两个态能量相同了，当然用哪个都一样
两次结果不一样仔细查看输出文件、比较输入文件试图搞懂原因
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2016.12.01 04:43:10
Q:
势能面上的皱纹什么样子呢，类似于IRC上的[图片]这个吗
A:
这是IRC算法所致，而不是势能面本身特征所致
[图片]
这叫皱纹
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2016.12.01 04:51:13
Q:
老师想问一下：Step number 103 out of a maximum of 180是什么意思？最大走180，那我maxcyc=300还有用吗？
A:
当前到了103步
没事别随便加大步数上限
Q:
我有些计算没收敛但是走到180，就不走了，加大上限也没有用
A:
99.9%的情况加大了只会浪费更多时间！
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
还有对过渡态进行TS计算结果 log 文件是不是转化成 gjf 格式在进行IRC路径跟踪？
A:
是
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2016.12.01 04:56:46
Q:
[图片]怎么调节横坐标的宽度@Sobereva
A:
如果调刻度标尺，后处理菜单有选项
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2016.12.01 04:57:57
Q:
老师我想问一下。在gaussian进行优化后，收敛标准出现四个YES。但是进行FREQ后位移收敛判断为NO。这种情况freq 和opt的结果有没有意义。
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.12.01 04:58:18
Q:
老师，两个部分的结合能E是不是直接可以从BSSE读出来？这样的话是不是不需要给出自由能了？
A:
完全不一码事
Q:
另外，老师，您寄的发票收到了。购买Molclus的，谢谢！
A:
BSSE修正的是基于电子能量算的相互作用能，和自由能有什么关系
Q:
BSSE给出的是Delta E 的修正，可以这样理解吗？
A:
是
Q:
谢谢老师
老师，优化使用6-311G**，单点使用6-311+G**会不会太低？
A:
不会
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2016.12.01 05:27:52
Q:
老师，我用opt=tight in=ultrafine重新优化后进行freq后，虚频从20降到9左右，我想问您一下虚频一般在那个范围内就可以接受，还是需要把所有的虚频都去掉优化结果才有说服力。
A:
把虚频都去掉
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2016.12.01 05:56:09
Q:
大宝博士，有空写一篇综述，把波函数的一些分析方法总结一下呗，或者Multiwfn的新版本的文章
A:
每次加入新功能都会更新这个博文
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
分析方法总结起来就不是一篇文章，而是一本书了
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2016.12.01 05:56:57
Q:
请问老师，如何判断金属配合物中金属的化合价啊，比如下图中Fe的化合价怎么判断啊[图片]
A:
multiwfn最新版本支持LOBA方法判断化合价，在最新版手册里搜LOBA
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2016.12.01 06:00:00
Q:
请问在哪里可以看到系统的PMF方法的介绍包括公式原理等
A:
PMF不是方法而是概念
just google
Q:
谢谢sob老师，请问哪本教材里可以看到PMF 伞形取样和WHAM
A:
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
WHAM：
J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3713–3720
Computer Physics Communications 91 (1995) 275-282
Journal of Computational Chemistry, Vol. 13, No. 8, 1011-1021 (1992)
例子：
Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 3536 –3539
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2016.12.01 06:02:04
Q:
大宝博士，分子模拟那本书我看到了构象搜索，不知道够不够去听动力学培训的了
A:
什么都不会去了也能听懂
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2016.12.01 06:35:30
Q:
大家好！想聊几个硬件问题，眼看硬件资源有些告急了，赶紧想出路：1)大家课题组是自己买计算机还是租用HPC? 2)两万块钱能买个做计算的不？5万呢？
A:
1 自买
2 能
3 能买两台双路
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2016.12.01 06:55:44
Q:
大家有可用的谷歌学术搜索吗？上次在群里发的现在不能用了
https://d.ssl.guge.jp/scholar/这个又不行了
A:
【链接】学术搜索
http://dir.scmor.com/google/
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2016.12.01 07:03:08
Q:
内转换和系间穿越一般需要通过势能面交叉点吧？但有没可能通过量子隧穿效应直接从一个激发态的稳定最低振动能级转换到另一个激发态或基态最低振动能级？
A:
不是一码事。计算跃迁概率时本身已经体现了量子效应了。
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2016.12.01 16:25:38
Q:
[图片]这是计算单点能的输入文件[图片]这是单点能的输出文件，什么叫不符合收敛标准呢？是我的输入文件输错了吗？SCF=Vshift=300是因为此前一直收敛失败而加的关键词请教各位老师指点
就是从这里看来的关键词呢 SCFcon=6 SCF=noincfock guess=INDO 这些都试过了依然收敛失败
实在要不知道哪里出了问题
好的
我想请教老师们做单点能计算输入文件加上SCF=maxcycle=100是什么意思呢？有需要加上吗？
OA:
oo
Q:
对啊
[图片][图片] 不写上外迭代作业都交不上去啊？
A:
博文里说了一堆方法，诸如int=ultrafine居然不试
垃圾关键词太多，用什么外迭代
博文里明确批判用maxcyc，居然还用
不用外迭代交不上去是你写了多余的东西，写dovaccum干嘛，写read干嘛。不懂干什么的关键词一律不许写
还有，给氢用弥散完全是白浪费时间，还有碍SCF收敛
Q:
谢谢sob,但是改了之后还是交不进去啊？ [图片][图片]
A:
电子态高斯算完了直接就给出来了，何必这么折腾
写个莫名其妙的TABS干嘛
而且def2也根本不是这么用的
Q:
不是要设定温度吗？
啊？
A:
设什么温度？
Q:
前辈说的
咳咳
A:
以讹传讹
Q:
[图片]这是指过渡态优化的LOG里已经有了是吗？
单点能不是要更精确吗？所以用了def2
A:
是
格式根本不对！
Q:
..
A:
用lanl2TZ(f)或者SDD
格式自己看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.12.01 17:26:27
Q:
各位老师好，我想请教一下Gamess能量分解的问题，为什么我算出的MP2是个正值？[图片]
是因为排斥能很大的原因？
还有一个问题是，色散能是正值是因为什么问题呢？
A:
先确认结构已经在MP2下、和能量分解相同的基组下优化过。而且能量分解设定无误
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2016.12.01 18:13:18
Q:
大家能否给推荐一种linux系统，看了下很多软件在不同系统有不同版本，有的只有部分系统有，小白刚入门不知道该咋办了
A:
CentOS 6.5或7.2
切勿用ubuntu
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2016.12.01 18:57:47
Q:
老师，计算谐波频率时需要用因子校正零点能，如果计算的是非谐波频率还需要用因子校正码？
A:
那叫谐振不叫谐波
如果你直接做非谐振计算来得到真实基频频率就不用校正因子
----------------------------------------------------
2016.12.01 18:59:18
Q:
各位老师请教大家一个问题，我使用TDDFT计算完的分子，我想知道分子轨道的对称性符号是什么？分子轨道能级是多少eV？我是在输出文件中就可以找到吗？我找到的是某个激发态的对应的激发能量，应该不是分子的轨道能级吧？所以现在有点混乱，请各位老师指点一下，谢谢
A:
高斯只要识别出了体系点群，一般都能直接判断出轨道不可约表示，连同轨道能量，在输出文件仔细一看就能找到
激发能跟轨道能量没直接关系
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2016.12.01 19:21:06
Q:
请教一下各位老师，用gaussian跑Rb或者Cs与其他有机物质的相互作用力，用什么样的方法和基组比较合适呢？@Sobereva
A:
magic 看具体问题。一般M062X或B3LYP-D3就行，基组SDD或Lanl08或def2系列
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2016.12.01 19:29:16
Q:
[图片]老师我想问一下，每次运算后会出现这种setLPE的提示是因为什么原因呢，需要修改那些设置语句吗。谢谢
A:
不用管。不用linda设定也许就不会出现提示
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2016.12.01 19:35:51
Q:
老师你好，我想请教一个问题，最近在分析分子成键，想得到ELF图，我做了些尝试，想通过Multiwfn 软件得到如下这种类型的图[图片]，这个该怎么操作呢？做了一些尝试，但是始终不得其法。
[表情]恩我看手册得到[图片] 这种图，以及填色图。但是上述这种图实在不知如何得到
A:
手册4.5节
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2016.12.01 19:47:30
Q:
还发现用linux一定要把alias学会,可以省好多事
A:
是
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2016.12.01 20:10:11
Q:
请问杂化泛函计算是size extensity 和 size consistency的方法吗@Sobereva
A:
是
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2016.12.01 20:58:58
Q:
计算吸附体系的时候，水溶液是溶剂，考不考虑溶剂作用对吸附能的影响大吗？
我模拟的是，水溶液条件下，催化剂表面对硫酸根的吸附
在这个体系里面，溶剂对吸附能的影响大不大呀
A:
且不说影响大不大，使用隐式溶剂模型没什么害处，耗时也就增加百分二十左右，用了就完了
一般对吸附能影响不小
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2016.12.01 21:12:10
Q:
请教一下，有砷元素的有机化合物，算能量，优化结构，至少用什么级别才不会被审稿人质疑
A:
6-311G*优化，def2-TZVP单点精度已经绰绰有余。用的泛函看你具体算什么问题，一般都用M06-2X没问题
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2016.12.01 21:42:54
Q:
谢谢老师！我是用MP2/aug-cc-pvdz在高斯优化的，然后在Gamess做能量分解[图片]
A:
你直接在GAMESS里用MP2通过整体减片段方式算个相互作用能，看是否合理。如果合理，为负值，那就是LMOEDA设定问题
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2016.12.01 22:01:38
Q:
http://www.qch.fns.uniba.sk/Baslib/
这个网站一直打不开，不知是何原因
想用这个基组 Sadlej POL
我还是到EMSL上去找吧
A:
各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义
http://sobereva.com/345
Q:
[图片]
[图片]
下面的是不是缺个p?
我在看这篇博文
A:
直接用我提供好的就完了
Q:
恩，在下载
A:
是缺个p
Q:
恩
大神果然厉害，要是没有这个，我还自己手输格式了
SOB老师，哪个关键字能将第一超极化率和第二超极化率同时输出来？
A:
polar=gamma
Q:
我学习下先
谢谢
polar=gamma包含polar=(DCSHG)这个关键字的用途吗？也就是两者计算出来的第一超极化率一致吗？
A:
用水分子试一下呗
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2016.12.01 22:28:11
Q:
还有个问题，GROMACS动力学班什么时候开啊，最好先展示下课表，好有所准备，谢谢
A:
预计1月18日
课表待定
不用做任何准备，0基础无压力
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2016.12.01 22:32:15
Q:
恩，如果可以，请安排些蛋白与金属/金属团簇/碳管等的相关作用课程，谢谢
A:
蛋白与金属相互作用的实例未必有，但金属团簇、碳管是肯定有的
Q:
恩，谢谢诶SOB老师，这个只是我的个人意愿，我感兴趣的点，不出意外，我应该会参加培训额
上次初步做了下一个蛋白与C60的相互作用，其实是学习摸索，不知道是不是合理，但是对接过程，C60就坍塌了，我不确定是不是本身活性口袋没有那么大的原因或者是其他原因@Sobereva
A:
不知怎么个塌法，不应当如此，对接时候C60是当做刚性的
优化或MD时候塌的话要么初始结构烂要么力场不合理
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2016.12.01 22:38:06
Q:
sob老师，能不能花钱买你的ppt的pdf版，可以加水印，保证不传播
A:
不能
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2016.12.01 22:43:33
Q:
请问大家知不知道什么方法可以计算开壳层体系的吸收光谱比如含有二价铜离子的配合物
A:
TDDFT就可以
Q:
tddft不是适用于闭壳层的吗
A:
对接不涉及力场，主要因素是打分函数
开壳层可以用
Q:
嗯好的谢谢
A:
TDDFT算自由基例子
Chemical Physics Letters 302, 375–382
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2016.12.01 22:48:54
Q:
[图片] 老师，请问这个分子优化和算频率用什么基组呀？因为用了好多都优化不了
A:
B3LYP/6-31G*，铅用lanl08
Q:
[表情]
/呲牙
嗯，老师。用混合基组吗？
A:
y
Q:
老师是钯，用的lanl08是赝式基组吗？
谢谢各位老师
A:
看错了，看成是Pb了。用Lanl2TZ，更好点可以用lanl2TZ(f)或SDD
Q:
恩，好的。谢谢老师
老师，lanl2dz和lanl2TZ都是赝式基组吗？
A:
y
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2016.12.01 22:59:04
Q:
老师：您好！请问在结构优化的时候，如果虚频不能被去除，大概多大的虚频可以被忽略呢？我看到有一篇文章中说是50i.会不会太大了，谢谢！
用的是高斯
A:
不存在去除不了的虚频
而且要看虚频牵扯的原子，诸如距离反应位点很远处某个甲基旋转的虚频，无视也无妨。但是牵扯到感兴趣区域的虚频，多小都要搞掉
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2016.12.01 23:07:17
Q:
请问老师，单点能使用cc-pVTZ和6-311+g(2df) 那个基组更高级些
A:
没可比性
前者没弥散
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2016.12.01 23:14:10
Q:
老师好我在用高斯ONIOM做蛋白酶体系的优化的是时候出现这样的错误：[图片]体系的输入:[图片]，想请教老师是什么情况导致的错误产生，如何去改进呢？
A:
用E.01
----------------------------------------------------
2016.12.01 23:20:14
Q:
老师，您好！计算好结合能后，BSSE使用同级别再进行单点计算吗？
A:
你用counterpoise的时候直接就给出了结合能，何必先算结合能再用counterpoise
----------------------------------------------------
2016.12.01 23:21:46
Q:
请问各位，gauss输出文件里面哪个是关于键的力常数的数据啊？
A:
#P freq任务给出力常数矩阵，仔细一看就能找到
多原子分子并没有严格对应于键的力常数的项，除非用额外程序诸如GenA
Q:
哦哦，您的意思是需要用GenA
进一步处理gauss获得的数据？
A:
y
Q:
好吧，谢谢
A:
[图片]
Q:
额[表情]
A:
[图片]
Q:
/尴尬
/惊恐
吓得我不敢说话了
A:
仔细看规章制度
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2016.12.01 23:34:32
Q:
请问社长大人，算弱相互作用，一定要是稳定构型吗？对过渡态优化然后分析弱相互作用，有意义吗？
A:
有意义
不要求非得是极小点构型，也不要求必须是驻点
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2016.12.01 23:37:45
Q:
老师，请问，如果几何构型优化的级别较低的话，是否有的稳定构型就不太容易得到？
碳基模型吸附阴离子，我先用B3LYP/6-31G**优化，几步之后结构就跑了。
A:
必须看体系
好优化的体系用半经验也妥妥的
像那种问题用M062X或B3LYP-D3结合6-311G*肯定够用
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2016.12.01 23:43:09
Q:
老师，我要根据算出来的主组态电子数写出这个分子的主组态呢可能这个问题描述的不清楚就是我要怎么把比如d0,d2+,d2-这一类的表示对应成σg ，πu， πg， δu， δg写出来呢
[图片]
A:
σg ，πu， πg， δu， δg都是线型分子电子态符号，d0,d2+,d2-之类是球谐型基函数符号
这二者之间没有什么直接关系
不清楚你的目的。实际计算个分子，考察各个分子轨道中那些球谐型基函数的成份就完了
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2016.12.01 23:46:51
Q:
老师：您好！我们一般知道芳香性可以衡量稳定性，芳香性又分为很多种，请问哪种芳香性对稳定性的贡献大呢？这个是根据具体的体系而言的吗？还是有共性，例如：西格玛芳香性和π芳香性那个对稳定性贡献大呢?或者是多重芳香性和和只存在π芳香性的体系，可以说多重芳香性的体系比只存在π的要强吗?谢谢`@Sobereva
A:
可以说多重芳香性的体系比只存在π的对稳定化作用更强，当然前提是前者的总芳香性更强
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2016.12.01 23:48:14
Q:
老师，我用Multiwfn计算时调用Gaussian程序计算B、Al原子波函数时总是出现这样的错误。[图片]
如果在输入计算条件这里直接敲回车，则可以采用默认方法和基组顺利完成，
A:
就用默认的呗
要么自行看输出文件，看怎么不收敛法，用适当的关键词试图解决
Q:
[图片]直接敲回车，就是这样
谢谢@Sobereva老师，我想用计算分子的计算条件，这样算出来的波函数更具可比性吧？
A:
你打算算什么？
Q:
Shannon熵，
A:
你先摸索出个关键词，能直接用高斯把Multiwfn自动产生的Al.gjf正常算完
可尝试的关键词都在这里
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.12.02 00:06:05
Q:
sob老师，请教下，如果测定的荧光有两个值(300多和500多都有发射峰)的时候在计算的时候应该如何处理？
A:
考虑从S1以外的激发态发荧光
以及考虑是否从S1上不同极小点发荧光
Q:
那我就找哪个态对应的计算值和实验值吻合接近就说是哪哪一个态到S0的发射？
A:
结合振子强度考虑
Q:
老师，我的计算f最大的那个态与实验值不吻合
A:
根据kasha规则，本身就没有从f最大的态发荧光的必然性
Q:
嗯嗯，老师，那用不同泛函计算的时候与实验值相接近的那个态不一样应该如何选择？
比如用一个泛函s3接近，另外的泛函s5接近
而且同一泛函nstates设置不一样大小与实验值接近的那个态也不一样！
A:
本来理论计算值和实验就有系统性偏差，靠激发能和实验峰对比来判断从哪个态发射完全不靠谱
考虑kasha规则和违背kasha规则的可能性，以及振子强度去判断
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2016.12.02 00:09:41
Q:
谁知道怎么证明波函数是三重态吗[图片]
A:
都不用证，这是纯态属于常识
原理看szabo的modern quantum chemistry
Q:
这是个题目，要证明他是个三重态 sob老师
A:
看szabo书
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2016.12.02 00:09:41
Q:
老师，我用 M062X/6-311++g(d,p) SCRF=(Solvent=water) TD=(nstates=10,root=1) opt 优化激发态，一直超过循环次数都没有结果，请问我这个输入可以怎么改进呢？
A:
说清楚是SCF还是优化不收敛
Q:
scf
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
氢的弥散几乎总是多余的，先砍了再说
不清再试博文中其它的
Q:
哦，好的
A:
不行再试博文中其它的
Q:
老师在用lanl2TZ(f)时交不进去而用SDD就能交进去这是什么原因呢？
“交不进去”是什么鬼
对啊作业交不进去
A:
原因：没仔细看博文
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2016.12.02 00:29:54
Q:
[图片]
请问下。用高斯算拉曼出现这错误2070。是?
A:
贴这种图毫无意义，上传输出文件
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2016.12.02 00:33:08
Q:
[图片]请教一下，这个图是用什么软件绘制的？
红色和蓝色是代表鬼原子，大小是表示NICS值
A:
还不如绘制ICSS平面图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
Q:
谢谢老师。
我主要是想表示出鬼原子位置以及NICS值正负
有类似的表达方式的软件嘛？
A:
ICSS平面图可以提现正负
100%没有现成程序做你贴的图里的那种图，必须自己写程序或者ps
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2016.12.02 00:37:20
Q:
老师，您好。
我使用BSSE直接读出的能量不一样，更加低。complexation energy = - *** kcal/mole (corrected)
比我把A-B复合物分开后使用单点计算的能量要低，分开的单点使用了SCRF=smd。
那到底取哪一个值合适？
A:
“使用BSSE”是不良用词
BSSE是效应，counterpoise才是考虑BSSE问题的方法
一个带溶剂模型一个没带根本没可比性
Q:
谢谢老师提醒。使用的是counterpoise关键词。
那就使用BSSE校正后的能量来分析，没加smd效应的，没问题吧？
A:
是否考虑溶剂看实际情况
----------------------------------------------------
2016.12.02 00:40:22
Q:
6-31g**和cc-pvdz好像差不多大啊。
A:
y
Q:
算了个H2S，基组个数一样
他俩哪一个更划算一些
貌似6-31g**用的比cc-pvdz多
A:
DFT用6-31G**，后HF用cc-pVDZ
----------------------------------------------------
2016.12.02 00:41:01
Q:
sci-hub现在的网址是？
A:
群共享里的群规中的sci-hub网址总是能用的
----------------------------------------------------
2016.12.02 00:44:18
Q:
谢谢老师回复，再问下考虑是否从S1上不同极小点发荧光应该如何计算？有没有博文指导啊？谢谢老师！
A:
得根据实际情况来估计是否有这种可能性，有多个极小点可能的话就摆成相应初猜优化。
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2016.12.02 02:39:48
Q:
[图片]请问老师，高斯计算频率得到的偶极矩导数是偶极矩关于笛卡尔坐标的导数还是偶极矩关于简振坐标的导数？请老师推荐相关的文章
A:
笛卡尔坐标
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
Q:
请问老师，我想得到偶极矩关于简正坐标的导数，高斯可以直接实现吗？还是需要自己写脚本？
A:
自己写脚本
----------------------------------------------------
2016.12.02 02:40:00
Q:
老师为何我DFT方法加int=ultrafine和不加结果不一样呢？
A:
DFT积分格点不同，结果注定不同
----------------------------------------------------
2016.12.02 03:07:52
Q:
[图片][图片] 从EMSL找到了所需自定义的基组但是有两种数据是该用哪个呢？还是两个都用？
求教SOB 老师
[图片]计算单点能的时候找不到这个DeltaGl了这说明输出结果是错的嘛？
[表情]
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.12.02 03:20:45
Q:
我优化了一个分子，输出文件是正常结束的，看到了4个yes,为什么还有虚频？
[图片]
这是输入文件
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.12.02 04:17:41
Q:
[图片]老师，linux下生成47文件是这种输入格式吗？
A:
是
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2016.12.02 04:48:11
Q:
[图片]
请Sob老师，NBO12轨道是怎么选择的，为什么选12帖子中没有涉及，求解答
NBO作图，想看电荷转移情况，有没有相关的资料，有的分享一下谢谢啦
A:
12号NBO轨道
Q:
老师，为什么选12号，log输出文件里面很多轨道
A:
就是为了举例啊
----------------------------------------------------
2016.12.02 05:30:01
Q:
请问下电荷密度图用Multiwfn.能做吗
怎么做啊
是在输入文件里加上什么命令吗@李香♀
A:
曲线图、平面图、等值图分别用multiwfn主功能3、4、5绘制，例子看手册4.3、4.4、4.5节。
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2016.12.02 05:58:40
Q:
老师请问一下molpro中那些计算方法下可以输出单电子密度的cube文件，最精确的是哪种方法，我知道casscf方法可以，ccsd(t)方法可以么？
A:
没有“密度文件”这种说法
ELF跟电子密度没有任何直接联系
当然作图看
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2016.12.02 06:03:59
Q:
def2tzvp和def2tzvpp差距多大呢，用第二个基函数数量就超过700了，要计算基本无望，用def2tzvp才600多，还有希望计算..谢谢指点
A:
对于非过渡金属，只是差在氢上
----------------------------------------------------
2016.12.02 06:12:58
Q:
请问，在multiwfn中计算分子一个平面上的fukui函数等值面，意外地得到了一个减错位的图，这怎么解决呢？[图片]
A:
两个波函数文件里坐标不对应
Q:
那应该怎么使其对应呢？是同一个分子。
A:
用nosymm，这里明确说了
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
请问两个原子间的ELF值是怎么看出来的？是从图上看还是从密度文件里面看呢？
哦，那我可能理解错了，我看文献里讲到ELF=0.35，有的可能等于0.6，但是这个值从图里怎么看出来啊
A:
不能
看图啊
曲线图、平面图中肯定有刻度标尺
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
不靠谱
看这里的讨论
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
何况不说具体是哪个点就讨论ELF值毫无意义
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2016.12.02 06:21:45
Q:
社长大人，[图片]用CCSD(T)优化行吗？
A:
CCSD(T)没戏
用DFT足矣
Q:
社长大人..请教一个问题，在一个稍微大点体系里计算CCSD(T)单点，不重要的原子用小基组，重要的部分用好基组，这样可行不，虽然这样子会基组不匹配...
A:
可
----------------------------------------------------
2016.12.02 06:41:15
Q:
有人说大于0.5的是共价键，小于0.5的是离子键，有这种说法吗？
A:
不靠谱
Q:
Angew上有人计算，发现了个新的三卤素阴离子
[图片]
[图片]社长可否详细一点，有点雾水..
A:
[图片]
Q:
并且做了实验
这个..好的.。明白了..
对了，我根据Bader电荷分析的数值算出来的原子化学价，跟正常的化学价差很多啊，譬如H，有时算出的bader电荷是0.85左右，失去了约0.15个电子，可以通常情况下，H不应该是+1价吗？
[图片]
A:
原子电荷跟价根本没有直接联系
Q:
这个人整出来的
A:
原子价纯属人为造出来的概念，根本没有物理实景。算原子价有多种方法，Multiwfn里的LOBA方法是其中一种
Q:
一作是个中国人，这是boss？
正常情况下，价电子数减去Bader电荷，得到不是得失电子数吗？这个不是化学价吗？
A:
完全没这种说法
Q:
这个是她的老板，上次来做报告的时候提到的，他们是做核化学的
不知道说的对不对
OA:
我咋只看到两个卤素呢
现在好些做实验的，做材料都是拿bader电荷来说价态.. 怎么说他们都不听..
Q:
没法办了..
A:
没救
Q:
哦，我low了/呲牙
A:
殊不知Bader电荷（正规叫做AIM电荷）还是最烂的一种电荷计算方法之一
Q:
这个东西有什么应用
OA:
要是问应用的话，可以把整本的JACS，Angew，Nature，Science全都扔了
现在好些好文章，nature 子刊的.。做实验的人搞的...那些计算好神奇啊.。
Q:
现在用什么方法算得失电荷比较合理？
那为什么还有发nature子刊?
OA:
NPA吧
A:
一些菜鸟还总拿一些高IF期刊文章说事
Q:
是的，说的没错
A:
仔细看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
Q:
这么说化学价的说法应该舍弃了？
A:
对于化合物归类、比较的时候还算有些用处
Q:
好像XPS可以测原子价态
A:
根本不是可观测量，原子电荷也如此
----------------------------------------------------
2016.12.02 07:15:08
Q:
老师，请问做甲醛激发态结构优化时，初始的金字塔结构是如何获得的？树上说平面结构的结果是因为没有使用冗余内坐标，能否加入冗余内坐标，优化结构？
A:
根本和冗余内坐标没任何直接关系
随便扭一下二面角破坏它的平面结构就完了
----------------------------------------------------
2016.12.02 07:39:24
Q:
请问一般计算h-BN用哪个泛函比较好呢
A:
B3LYP
Q:
好的，谢谢sobereva 老师
sobereva 老师，在计算h-BN的同时我还想计算van der waals, B3LYP对于弱相互作用怎么样呢，谢谢您的回答~
A:
用B3LYP-D3
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2016.12.02 08:16:19
Q:
Sob社长，同种原子使用不同基组，这样方法在ADF程序里有，在高斯里不知道有没有呢.. 翻看你的博文没找到呢..
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
用原子编号指定范围即可
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2016.12.02 08:29:23
Q:
在预测实验观测到的吸收或发射强度时，振子强度和跃迁电偶级矩哪个更合适？
A:
振子强度
----------------------------------------------------
2016.12.02 17:37:58
Q:
请教一个问题，在高斯计算两个态的----振动分辨的电子光谱----的计算时，为什么只输出一个态频率，而另一个态不输出，这个不输出态的频率如何得到呢？谢谢~
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7015860&fpage=1&target=blank
如果我做的电子振动光谱是 S0 和 S1 间的 log文件只有S0态的我想用S1态的频率有没有什么角度可以自己计算呢
A:
那两个态的振动频率都是自己算的啊。S1的频率也得自己用freq算
不要去小毒虫上看文章，要看到这里看
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
Q:
嗯这个http://sobereva.com/223可行，我比较过，电子振动光谱中给出的频率与自己计算的不相同，如，自己计算的基态的一个频率为2.1。。。，电子振动光谱中给出的频率为2.3.。。。，有变化的，但是我却找不到这个变化后的激发态频率我想用这个变化后的激发态频率或者还有一种可能性，电子振动光谱的log文件中输出的频率不是单纯的基态频率
A:
相同结构下做振动分析，并且用相同级别，频率结果不可能不同
一定是比较方式不对
Q:
我做的时基态和T1态的
[图片]
给出基态和基态态的fchk文件
利用shift vector 求黄里斯因子之后想算knr 这时用到两个态的频率确定不了频率来自哪个文件
A:
S0和T1态，各自有一套振动频率
Sobereva(190258442) 15:04:49
相同结构下做振动分析，并且用相同级别，频率结果不可能不同
----------------------------------------------------
2016.12.02 18:36:40
Q:
请问社长，[图片]这里的PAB代表啥
A:
密度矩阵的A,B矩阵元
----------------------------------------------------
2016.12.02 18:47:28
Q:
，您好，请问，使用m062x/6-311G**优化的结构，想使用Multiwfn分析其RDG，采用相同级别得到波函数文件.wfn合适吗？
A:
m062x/6-311G**合适
----------------------------------------------------
2016.12.02 19:17:16
Q:
问一下M062X属于哪种计算方法，怎么在gaussview里找不到
在custom里自己写？
A:
APFD比M062X差远了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2016.12.02 19:18:04
Q:
应该是化学吸附吧，一种方式是把氢分子放在离团簇较近的地方，一种是用高斯里面add valence 那种方法加两个氢原子在团簇上，之前大概试了一下吸附能有1-2eV的样子
谢谢米豆豆。还有就是，我算的这种，加极化和弥散的话是只给重原子加还是给氢原子也加呢？
A:
@ 铁线莲、属于，加
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2016.12.02 19:48:11
Q:
请教个问题 cc-pvtz, aug-cc-pvtz，和def2-pvtz哪个好？def2-pvtz是不是没弥散
看博文里写的较好级别: cc-pVTZ ≈ def2-TZVPP （3-zeta基组
cc-pvtz用过，还可以，但是加上弥散aug就慢了
OA:
[图片]
Q:
def2-tzvppd是和def2-tzvp一个东西吗？
OA:
def2-tzvpp比def2-tzvp区别是H原子增加了１０倍基函数。
Q:
那是不是def2-tzvp ~= cc-pvtz，但是略快一些。
OA:
def2-tzvpp ~= aug-cc-pvtz
Q:
请问G09 E版用这个关键词对吗 b3lyp-d3(bj)/def2-pvtz
OA:
看博文是用这个 B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
请问是不是用D3同时,最好用aug-cc-pvdz 和 def2-tzvpp 这种具有弥散的基组呢?
A:
直接写b3lyp-d3(bj)显然不行
不建议用BJ阻尼优化
def2-tzvpp 根本没有弥散
aug-cc-pvdz 对DFT完全不划算
看
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.12.02 20:11:32
Q:
sob老师，你的optDFTw文件怎么被win10的windows defender查出病毒来了？
A:
我博客上所有东西皆无病毒
哪个程序报有病毒一定是那个程序弱智
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2016.12.02 21:52:15
Q:
你好/微笑请问有没有比较详细介绍量子化学积分的书？
A:
Molecular Electronic-Structure Theory(Helgaker)
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2016.12.02 22:59:32
Q:
请教一下各位大神，[图片]这两个值分别对应BCP的哪一项数值啊？
[图片]
A:
[图片]
屏幕上提示得很明确，如果还看不懂，看手册2.6节的公式
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