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标题: 如何寻找针对双层膜的离子参数 [打印本页]

作者
Author: cuicuishark 时间: 2025-12-4 11:21
标题: 如何寻找针对双层膜的离子参数
用charmm力场做了脂肪酸双层，但是加入金属阳离子以后双层结构没有变化，实验中加入以后双层囊泡会破裂，该过程模拟不出，我猜测可能需要更适合双层膜的离子参数，目前还没有找到求助

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-4 11:29
据我所知没有专门给双层膜体系定义的离子参数。但可以看看是否有文献算过类似问题，先试图重复它们的模拟结果
可用的离子参数很多，Merz、Madrid-2019、KBFF等，可以选择和当前力场兼容的尝试。
另外也尝试用sobtop产生非常主流的GAFF或GAFF2力场结合RESP电荷的拓扑文件描述脂肪酸。本身CHARMM就不是专门描述有机小分子体系的（除非指的是磷脂）。

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