计算化学公社

标题: 石墨烯-离子液体-乙腈体系分子动力学模拟求助 [打印本页]

作者
Author: asss 时间: 2025-12-4 13:16
标题: 石墨烯-离子液体-乙腈体系分子动力学模拟求助
已经找到离子液体OPLS2009IL/OPLSVSIL力场，石墨烯使用CAFF力场，因为计算的离子液体含B所以第一时间没考虑CAFF力场，后来在看到sob老师说可以用UFF力场计算B，其他用CAFF。想请问1.如何得到石墨烯用OPLS力场参数，2.OPLSAA与OPLSVSIL及OPLS2009IL之间可以混用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-4 14:49
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件，B用UFF原子类型，离子液体也同样用sobtop创建GAFF拓扑文件描述，是十分理想的。GAFF描述离子液体足够好在J. Phys. Chem. B, 119, 18, 5882–5895 (2015)充分证明了。

作者
Author: asss 时间: 2025-12-4 15:51

sobereva 发表于 2025-12-4 14:49
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件，B用UFF原子类型，离子液体也同样用sobtop创建GA ...

谢谢sob老师纠正。对于离子液体使用GAFF，B单独使用UFF的合理性似乎缺少充分的证明。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-5 11:29

asss 发表于 2025-12-4 15:51
谢谢sob老师纠正。对于离子液体使用GAFF，B单独使用UFF的合理性似乎缺少充分的证明。

B就区区一个原子，UFF又是广为使用的力场，没什么可质疑的

作者
Author: sj12138 时间: 2025-12-10 20:41

sobereva 发表于 2025-12-4 14:49
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件，B用UFF原子类型，离子液体也同样用sobtop创建GA ...

sob老师，我想问一下sobtio创建的小分子的GAFF力场和oplsaa中的tip3p力场兼容吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-10 21:54

sj12138 发表于 2025-12-10 20:41
sob老师，我想问一下sobtio创建的小分子的GAFF力场和oplsaa中的tip3p力场兼容吗？

没有叫sobtio的东西

TIP3P是独立的水模型，不是OPLS-AA定义的。如果你是指OPLS-AA目录下的TIP3P的拓扑文件，显然不兼容，而应该用AMBER目录下的TIP3P拓扑文件

作者
Author: sj12138 时间: 2025-12-10 22:09

sobereva 发表于 2025-12-10 21:54
没有叫sobtio的东西

TIP3P是独立的水模型，不是OPLS-AA定义的。如果你是指OPLS-AA目录下的TIP3P的拓扑 ...

不好意思sob老师，打错了是sobtop，明白了，谢谢sob老师

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