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标题: 求助想替换掉环状DNA中心通道中的金属离子如何替换才是正确操作 [打印本页]

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Author: 新人计算 时间: 2025-12-4 19:33
标题: 求助想替换掉环状DNA中心通道中的金属离子如何替换才是正确操作
本帖最后由新人计算于 2025-12-4 19:35 编辑

想把结构中的位于环状DNA通道中心的金属离子换成其它金属离子来做动力学模拟读了一些文献也没有具体提及该如何替换自己尝试了一些操作感觉替换的方式都不准确，希望各位老师能够提供一下解决的思路或建议，谢谢
pdb也已上传

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Author: student0618 时间: 2025-12-4 19:47
文本编辑器打开pdb，找金属离子那一行，改原子名，储存。

实际MD还要看具体程序及离子是什么，选用力场有没有参数等。不能一概而论。

作者
Author: 新人计算 时间: 2025-12-4 20:07

student0618 发表于 2025-12-4 19:47
文本编辑器打开pdb，找金属离子那一行，改原子名，储存。

实际MD还要看具体程序及离子是什么，选用力场 ...

谢谢您的解答我使用的程序是gromacs 具体离子是把通道中心的K离子替换成别的一价金属离子类似于NA、LI 使用的是charmm36.ff这个立场其实编辑pdb这个方法我也尝试过在编辑完金属离子名称后对于pdb当中的ANISOU的参数还存在疑问我不知道是保留还是删除

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-5 12:04

新人计算发表于 2025-12-4 20:07
谢谢您的解答我使用的程序是gromacs 具体离子是把通道中心的K离子替换成别的一价金属离子类似于NA、LI ...

ANISOU对pdb2gmx产生的拓扑文件没任何影响，跟你完全没关系
并且推荐改用描述DNA最理想的AMBER力场（结合OL21或OL24参数）

作者
Author: 新人计算 时间: 2025-12-5 15:48

sobereva 发表于 2025-12-5 12:04
ANISOU对pdb2gmx产生的拓扑文件没任何影响，跟你完全没关系
并且推荐改用描述DNA最理想的AMBER力场（结 ...

好的非常感谢老师的解答

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