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标题: 求助xtb仅有.out文件，无其他输出文件，怎么解决？ [打印本页]
作者
Author: 15990618    时间: 2025-12-6 10:41
标题: 求助xtb仅有.out文件，无其他输出文件，怎么解决？
xtb版本：* xtb version 6.7.1pre (5071a88) compiled by 'Marcel@Raven' on 2024-07-23
命令：xtb cluster_bap_16_min.pdb --gfn 2 --opt --namespace cluster_bap_16_min尝试了xtb cluster_bap_16_min.pdb --gfn 2 --opt、xtb cluster_bap_16_min.pdb --gfn 2 --sp，等好多命令，均不行。

目前想得到：类似于这样的数据结果
           -------------------------------------------------
          | TOTAL ENERGY             -289.756349151908 Eh   |
          | GRADIENT NORM               0.000108437948 Eh/α |
          | HOMO-LUMO GAP               1.898972762079 eV   |
           -------------------------------------------------
作者
Author: wal    时间: 2025-12-6 11:26
内存不够，进程炸了
作者
Author: 15990618    时间: 2025-12-6 11:32
wal 发表于 2025-12-6 11:26
内存不够，进程炸了

您好，请问怎么解决？因为运行其他文件都正常，唯独这个文件不行
作者
Author: wal    时间: 2025-12-6 11:33
15990618 发表于 2025-12-6 11:32
您好，请问怎么解决？因为运行其他文件都正常，唯独这个文件不行

你说内存不够怎么解决 当然是加内存
作者
Author: wal    时间: 2025-12-6 11:47
帮你跑了一下
作者
Author: 15990618    时间: 2025-12-6 11:53
wal 发表于 2025-12-6 11:47
帮你跑了一下

谢谢指点，万分感谢
作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-6 11:57
用Linux版。Windows版很不稳定
跟内存没什么关系。本来体系不大，而且GFN-xTB计算不怎么耗内存
作者
Author: wal    时间: 2025-12-6 12:04
本帖最后由 wal 于 2025-12-6 12:15 编辑
sobereva 发表于 2025-12-6 11:57
用Linux版。Windows版很不稳定
跟内存没什么关系。本来体系不大，而且GFN-xTB计算不怎么耗内存

我测试了，无论是win还是linux，若取默认内存进行gfn系列计算(GFNFF除外)，均与主楼描述的情况一致，SCF跑完就停了，区别是win静默退出，而Linux会有分段错误报错。增加内存后，此报错消失。附Linux报错
  1. iter      E             dE          RMSdq      gap      omega  full diag
  2.    1   -565.5401945 -0.565540E+03  0.408E-06    1.63       0.0  T
  3.    2   -565.5401945 -0.204636E-11  0.353E-06    1.63    1523.4  T
  4.    3   -565.5401945 -0.113687E-11  0.120E-06    1.63    4482.6  T

  6.    *** convergence criteria satisfied after 3 iterations ***
  7. forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
  8. Image              PC                Routine            Line        Source            
  9. libifcore.so.5     00002B66C3E58309  for__signal_handl     Unknown  Unknown
  10. libpthread-2.17.s  00002B66CD7C55D0  Unknown               Unknown  Unknown
  11. libifcore.so.5     00002B66C3ED44A9  _f90_reduction_in     Unknown  Unknown
  12. libifcore.so.5     00002B66C3ED4084  _f90_reduction_in     Unknown  Unknown
  13. xtb                0000000000B7C802  xtb_coulomb_klopm         508  klopmanohno.f90
  14. libiomp5.so        00002B66CD4DB1A3  __kmp_invoke_micr     Unknown  Unknown
  15. libiomp5.so        00002B66CD4599C3  Unknown               Unknown  Unknown
  16. libiomp5.so        00002B66CD458A22  Unknown               Unknown  Unknown
  17. libiomp5.so        00002B66CD4DBE2C  Unknown               Unknown  Unknown
  18. libpthread-2.17.s  00002B66CD7BDDD5  Unknown               Unknown  Unknown
  19. libc-2.17.so       00002B66CDACFEAD  clone                 Unknown  Unknown

复制代码
正常运行的计算使用参数：
  1. export OMP_NUM_THREADS=1
  2. export MKL_NUM_THREADS=1
  3. export OMP_STACKSIZE=24000m
  4. ulimit -s unlimited
复制代码


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Author: sobereva    时间: 2025-12-6 14:40
wal 发表于 2025-12-6 12:04
我测试了，无论是win还是linux，若取默认内存进行gfn系列计算(GFNFF除外)，均与主楼描述的情况一致，SCF ...

按照下文说的安装，export OMP_STACKSIZE=1000M就可以顺利跑完。没想到楼主连最最最基本的配置都没做。1000M理应视为最基本的默认的配置
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）



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