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标题: 求助: Metadynamics中CV在反应物区和生成物区波动范围差别很大，如何选择sigma [打印本页]

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Author: MetalGear 时间: 2025-12-7 05:18
标题: 求助: Metadynamics中CV在反应物区和生成物区波动范围差别很大，如何选择sigma
本帖最后由 MetalGear 于 2025-12-7 07:46 编辑

各位老师好！

我最近在使用plumed中的元动力学模拟运行一个很简单的气相体系中的两个分子的结合反应。

我选择的一个CV就是结合反应中要结合的两个原子之间的距离。这两个原子成键大约在1.68angstrom左右。

反应物空间中，两原子的距离CV无偏采样波动范围是3 angstrom；生成物空间中，两原子的距离CV无偏采样波动范围是0.28 angstrom。

在这种情况下，我应该怎么选择sigma？

我想尝试把这个距离CV变成类似于配位数CV的形式来缩放波动范围，让其在反应物和生成物空间中的波动范围差不多。

两原子的距离d, 设置d0=1.9 angstrom.

新CV = (1-(d/d0)^3)/(1-(d/d0)^6)

这样新CV在反应物空间和生成物空间的波动范围就分别变成了 0.12和0.20，这样sigma比较好选择。这种方法是否可行呢？

谢谢！

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