计算化学公社

标题: 计算锂离子msd时msd出现了降低的现象 [打印本页]

作者
Author: huangzi 时间: 2025-12-8 00:30
标题: 计算锂离子msd时msd出现了降低的现象
老师们，我模拟的是锂离子在固态聚合物电解质中的迁移机制，但我在计算锂离子的msd时（如图所示），发现msd在升高之后突然下降，想问老师这是什么原因啊？下面是我用的一些文件，感谢老师指导！ (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 02:04
如果你要算扩散系数，MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大

作者
Author: huangzi 时间: 2025-12-8 10:47

sobereva 发表于 2025-12-8 02:04
如果你要算扩散系数，MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大

老师的意思是这可能误差导致的吗？我能接着算别的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 13:06

huangzi 发表于 2025-12-8 10:47
老师的意思是这可能误差导致的吗？我能接着算别的吗？

MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题

作者
Author: huangzi 时间: 2025-12-8 16:51

sobereva 发表于 2025-12-8 13:06
MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题

十分感谢老师指导，sob老师，我接着又统计了较短时间段的，发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分也会在较短时间段模拟中出现峰值然后下降，想问问老师这是什么原因啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 17:45

huangzi 发表于 2025-12-8 16:51
十分感谢老师指导，sob老师，我接着又统计了较短时间段的，发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分 ...

前面说了

MSD曲线越往后统计误差越大

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片的讲解：
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: Hyi 时间: 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级这是什么原因呢？
下面是我的INCAR设置：
###inital ###
SYSTEM = interface-MD
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 1
#IVDW = 12
IWAVPR =11
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LVTOT = .FALSE.
LVHAR = .FALSE.
LELF = .FALSE.
###Electronic Relaxatio###
ISMEAR =  0          (Fermi(-Dirac) distribution,)
SIGMA  =  0.2       (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM =  100          (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  5          (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-5    (SCF energy convergence; in eV)
GGA = PE
LREAL = Auto
ENCUT = 400
#PREC = Normal
ALGO = Fast
###Ionic Relaxation###
IBRION =  0          (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi)
ISIF = 2
EDIFFG = -0.03
###MD###
NSW =  5000    (steps)
POTIM = 2          (time step)
IALGO = 48 (the number of atoms > 50, use it)
NBLOCK = 1
KBLOCK =50
SMASS = 0
MDALGO= 2
TEBEG = 1000
TEEND = 1000
###Magnetic paraments###

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-24 05:12

Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级这是什么原因呢？
下 ...

我拒绝使用VA$P，不做评论

作者
Author: yuzc 时间: 2025-12-24 10:48

Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级这是什么原因呢？
下 ...

你单位搞错了吧。

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