计算化学公社

标题: 请教多肽小分子结合能用xtb或者amber/gromacs的区别 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-12-8 22:40
标题: 请教多肽小分子结合能用xtb或者amber/gromacs的区别
本人想得到大量的低精度多肽和小分子结合能，目前是参考老师的帖子
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
最近和生物专业的同学沟通，发现他们用的是amber/gromacs进行结构优化之类的。
请问我使用xtb方法是否合理呢？如果改用amber/gromacs得到一个结合能数据大概是多久呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 23:50
“xtb方法”有严重歧义，仔细看下文xtb部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

假设你指xtb在GFN2-xTB级别下优化，对这种复合物结构没问题，并且精度>经典力场。比你那些同学的做法更好，操作还更容易，都用不着创建拓扑文件。

作者
Author: 王涛 时间: 2025-12-9 09:45

sobereva 发表于 2025-12-8 23:50
“xtb方法”有严重歧义，仔细看下文xtb部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/29 ...

感谢老师。我用的就是xtb在GFN2-xTB级别下优化。我会改正错误用法的。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-12-9 13:35
首先你要分清楚分子力场/半经验/dft的区别
再搞明白采样充分对你的体系是否可以实现
如果可以，是dft级别的充分，还是力场级别的充分
以及你对精度的要求有多高

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