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标题: CP2K计算得到的ESP1.cub和density1.cub文件可以结合VESTA绘制静电势图吗 [打印本页]

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Author: 2429783189 时间: 2025-12-8 22:40
标题: CP2K计算得到的ESP1.cub和density1.cub文件可以结合VESTA绘制静电势图吗
我在绘制一款材料的表面静电势图，已经参考sob老师的做法在VMD中成功绘制 (, 下载次数 Times of downloads: 4) ，但VMD对于周期性大体系绘制的效果看上去比较杂乱，看很多文章VESTA绘制的效果比较好，我想使用VESTA来绘制，google了一圈VESTA做静电势的教程全是VASP的，没找到有CP2K的，但找到一个老帖子提及了一下VESTA绘制CP2K静电势， (, 下载次数 Times of downloads: 1) http://bbs.keinsci.com/thread-5476-1-1.html。请问各位老师，VESTA能绘制出CP2K计算的静电势图吗？如果有我未能找到的教程也劳请老师指路。

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-12-8 23:24
当然可以，简单讲下思路：
1. File - Open打开电子密度的格点文件；
2. 确认Edit - Edit Data - Volumetric Data的上半部分Isosurfaces里面有电子密度的格点文件，然后在下半部分Surface coloring点右边Import加载静电势或者Hartree势的格点文件，加载完点Apply；
3. Objects - Volumetric Data勾选Show Isosurfaces和Surfaces Coloring；
4. Objects - Properties - Isosurfaces选中唯一的1号，在中间Isosurfaces栏设置显示Positive、Isosurface level为0.001，在下面Surface coloring栏设Saturation level的上下限为-0.01到0.01、视情况点Inverse color反转颜色刻度。Objects - Properties - Sections的左上角可以修改渐变色风格。（至于颜色标尺啥的应该得自己另外画。）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 23:47
VMD并不会杂乱，杂乱几乎一定是设置不当

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Author: 2429783189 时间: 2025-12-10 16:07

sobereva 发表于 2025-12-8 23:47
VMD并不会杂乱，杂乱几乎一定是设置不当

确实老师，调整之后得到了相对看着比较舒服的结构，但是有一个问题，我这是二维slab，slab底部（z方向）的静电势超出盒子底部于是跑到盒子的头顶了，所以导致必须拉近视角才能不让头顶的静电势妨碍观看。

作者
Author: 2429783189 时间: 2025-12-10 16:13

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-8 23:24
当然可以，简单讲下思路：
1. File - Open打开电子密度的格点文件；
2. 确认Edit - Edit Data - Volumetr ...

十分感谢老师的解答，我尝试了您给出的步骤，使用VESTA-win64进行，进行到Import静电势文件时发生闪退，搜了一圈也排查不出原因，电子密度和静电势格点文件已上传至百度网盘，如能获得解答不甚感激。通过网盘分享的文件：Question.zip
链接: https://pan.baidu.com/s/1nPBvHbTcWWd1mxs8w-MuQQ?pwd=JPCL 提取码: JPCL

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-12-10 17:38

2429783189 发表于 2025-12-10 16:13
十分感谢老师的解答，我尝试了您给出的步骤，使用VESTA-win64进行，进行到Import静电势文件时发生闪退， ...

我这的VESTA能正常显示这个单原子Cd在大盒子里的结构及静电势着色的电子密度等值面，无法复现你说的问题。倒是32位的VMD 1.9.3没法同时加载两个庞大的格点数据文件。

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

顺便说一句，VESTA要求电子密度和静电势的格点数量一致，所以CP2K直接输出格点数据文件（最多再加上multiwfn的格点数据操作）可以载入并显示，但是像http://sobereva.com/443说的“ESPiso.txt里面的命令对应于计算电子密度和静电势格点数据时分别用high quality grid和low quality grid（后者低于前者是为了节约静电势计算时间）”所得文件就会在载入时报错Number of data grids in the 3D data sets do not match each other而无法载入。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-10 21:55

2429783189 发表于 2025-12-10 16:07
确实老师，调整之后得到了相对看着比较舒服的结构，但是有一个问题，我这是二维slab，slab底部（z方向） ...

平移就能解决
Multiwfn的格点数据平移功能介绍
http://sobereva.com/754（http://bbs.keinsci.com/thread-56990-1-1.html）

作者
Author: 2429783189 时间: 2025-12-10 22:56

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-10 17:38
我这的VESTA能正常显示这个单原子Cd在大盒子里的结构及静电势着色的电子密度等值面，无法复现你说的问题 ...

感谢两位老师的不吝赐教 @sobereva

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