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标题: 铁卟啉生成拓扑文件前需要进行结构优化吗 [打印本页]

作者
Author: Yaohong 时间: 2025-12-9 09:13
标题: 铁卟啉生成拓扑文件前需要进行结构优化吗
各位老师好，近期在进行P450酶的相关研究，想用GROMACS进行分子动力学模拟，在进行拓扑文件的生成过程中对流程产生了一定疑惑。
在用sobtop对重要的辅基铁卟啉进行拓扑文件的生成前需要先用ORCA（并没有购买Gaussian）对铁卟啉的结构进行优化吗。这个铁卟啉是从PDB网站上下载到的文件中自带的，从文件上扣下来后已经用Avogadro进行了加氢处理。

很多文章都叙述他们对铁卟啉的处理参照了这篇文献“Quantum mechanically derived AMBER‐compatible heme parameters for various states of the cytochrome P450 catalytic cycle”，文中用Gaussian对铁卟啉进行了结构优化，但我看它进行结构优化的目的好像是为了后续对接的准确性，我PDB下载的文件其实已经对接好了，是不是无需再进行优化了。

亟待各位老师的解答

作者
Author: Huschein 时间: 2025-12-9 10:08
你直接用他的参数不行吗？他这篇本来就是为AMBER力场适配的heme参数你就算自己做做出来合理性还不一定如他的而且他这篇我记得不只是对接吧？MD也用的是这套参数

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-9 13:53
是否需要优化完全取决于你要用sobtop以何种方式产生拓扑文件，不说清楚这点没法回答。本来sobtop有的产生拓扑文件的方式就完全不依赖于几何结构而只依赖于连接关系

作者
Author: Yaohong 时间: 2025-12-9 14:45

sobereva 发表于 2025-12-9 13:53
是否需要优化完全取决于你要用sobtop以何种方式产生拓扑文件，不说清楚这点没法回答。本来sobtop有的产生拓 ...

我是参考您sobtop网站上的“例4：产生过渡金属配合物的拓扑文件”流程进行拓扑文件的生成的

作者
Author: Yaohong 时间: 2025-12-9 14:51

Huschein 发表于 2025-12-9 10:08
你直接用他的参数不行吗？他这篇本来就是为AMBER力场适配的heme参数你就算自己做做出来合理性还不一定如 ...

是的，他文章后续也进行了md。我优化结构所使用的参数和他文中建立铁卟啉结构用的参数是一样的，只是他用高斯我用orca。
我的个人理解是pdb文件中下载到的自带铁卟啉结构是存在问题的，所以要先按照他的文章参数对铁卟啉进行优化后才有更高的准确性，在优化结构后再用sobtop生成拓扑文件，以及用Multiwfn进行电荷的计算，最后在进行MD的计算。
因为在这方面完全是初学者，不知道我个人理解的操作步骤是不是存在一些问题。。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-9 20:02

Yaohong 发表于 2025-12-9 14:45
我是参考您sobtop网站上的“例4：产生过渡金属配合物的拓扑文件”流程进行拓扑文件的生成的

如果晶体结构解析度高，是否优化无所谓，但最好把氢优化一下，看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

否则应当所有原子都优化

作者
Author: Huschein 时间: 2025-12-10 02:32

Yaohong 发表于 2025-12-9 14:51
是的，他文章后续也进行了md。我优化结构所使用的参数和他文中建立铁卟啉结构用的参数是一样的，只是他用 ...

你这纯粹就是不懂MD 合理构型是为了得到合理的参数你现在有了合理的参数放进去min完再MD 他自己会恢复到合理的构型根本不需要你自己去优化你想自己做力场参数也没问题但是根据我的经验 amber的heme都是用他的

作者
Author: Yaohong 时间: 2025-12-10 08:51

sobereva 发表于 2025-12-9 20:02
如果晶体结构解析度高，是否优化无所谓，但最好把氢优化一下，看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验 ...

收到，谢谢社长

作者
Author: Yaohong 时间: 2025-12-10 09:01

Huschein 发表于 2025-12-10 02:32
你这纯粹就是不懂MD 合理构型是为了得到合理的参数你现在有了合理的参数放进去min完再MD 他自己会恢复 ...

好的，谢谢老师。
基本上都是用他的，我之前看也有少量几篇用的是别的方法

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