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标题: amber的image功能出错 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-1 12:34
标题: amber的image功能出错
我看了论坛里面之前的一些帖子，了解到amber的md过程不会保持周期性，最后的轨迹出来的不是很方便看，采用image的方法，将盒子保持周期性，我看了官网上的介绍：
trajin md1.nc
image center
trajout ptraj.out
这样出来的结构会好看些。
但是我对我自己的轨迹md.mdcrd进行了image后，发现结构很奇怪，键都断裂了，完全断开了。不知道是怎么回事，是与md轨迹的后缀名有关系么。不知道大家有没有遇到这种情况？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-1 18:22
image之后跨越盒子的原子都会被弄到另一头，因此盒子会把分子截断，造成有很多跨过盒子的键。
轨迹文件后缀一般不用.out，用.out会令VMD没法自动识别轨迹格式，虽说你可以手动选。

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-1 18:36

sobereva 发表于 2017-5-1 18:22
image之后跨越盒子的原子都会被弄到另一头，因此盒子会把分子截断，造成有很多跨过盒子的键。
轨迹文件后 ...

那这个时候该怎么处理，我是想从amber的结构中截取一些部分溶剂去做QM/MM，但是不用image的结构溶剂很分散。image之后的结构又会出现键断裂的情况。

作者
Author: abdoman 时间: 2017-5-1 19:38
autoimage 试试
另外在计算的时候 iwarp=1 关键词看看是否是你需要的

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-5-1 22:10

abdoman 发表于 2017-5-1 19:38
autoimage 试试
另外在计算的时候 iwarp=1 关键词看看是否是你需要的

在ptraj.in里面用autoimage center么，我用了好像会报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-2 04:45

lujun 发表于 2017-5-1 18:36
那这个时候该怎么处理，我是想从amber的结构中截取一些部分溶剂去做QM/MM，但是不用image的结构溶剂很分 ...

把结构文件平移复制成为复晶胞再截取（ptraj是否自带这个功能我忘了，反正可以用gmx的genconf实现）

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-2 16:55

sobereva 发表于 2017-5-2 04:45
把结构文件平移复制成为复晶胞再截取（ptraj是否自带这个功能我忘了，反正可以用gmx的genconf实现）

gromacs有这个功能，我现在有结构文件pdb。不过我用gromacs的genconf的时候，总是需要用.gro的文件，而把pdb转换为gro，需要注明力场，残基，感觉又要弄一次很麻烦。我都是用amber做的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-2 20:05

lujun 发表于 2017-5-2 16:55
gromacs有这个功能，我现在有结构文件pdb。不过我用gromacs的genconf的时候，总是需要用.gro的文件，而把 ...

genconf可以直接用pdb文件作为输入

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-3 22:24

sobereva 发表于 2017-5-2 20:05
genconf可以直接用pdb文件作为输入

谢谢sob大神！
我感觉image之后的结构都会变化，我的是一个镧系配合物，对于最后一帧的结构，我没有image center之前，镧系金属上大致配位了两个NO3-，另一个NO3-比较远，而image center之后，镧系金属上配位了三个NO3-。很奇怪。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-4 11:32

lujun 发表于 2017-5-3 22:24
谢谢sob大神！
我感觉image之后的结构都会变化，我的是一个镧系配合物，对于最后一帧的结构，我没有imag ...

按说应该不会。
VMD里对pbctool插件也可以把非周期性轨迹搞成周期性，也可以用那个（pbc wrap -all可以把整个轨迹转换成pbc的）

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-4 15:04

sobereva 发表于 2017-5-4 11:32
按说应该不会。
VMD里对pbctool插件也可以把非周期性轨迹搞成周期性，也可以用那个（pbc wrap -all可 ...

我做了一下，和image center的功能一样，最终的结构也是不太吻合。我附了几个附件，一个是我的top，一个是我最后一帧的结构，还有就是转换的pdb结构，am_cro_md2.pdb是经过image center之后的结构，前面就是没有周期性的结构，结果相差很大。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-4 19:44
最后的情况，应当就是结合三个NO3
建议看看原始的轨迹，看看NO3是怎么运动的，我怀疑可能有个NO3中途和体系分开了，后来又结合上去了。

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-4 23:30

sobereva 发表于 2017-5-4 19:44
最后的情况，应当就是结合三个NO3
建议看看原始的轨迹，看看NO3是怎么运动的，我怀疑可能有个NO3中途和体 ...

从原始轨迹来看，最后的几步仍然是与2个NO3-结合，NO3-并没有结合上去

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-6 16:04

sobereva 发表于 2017-5-2 20:05
genconf可以直接用pdb文件作为输入

sob大神，我采用gromacs的genconf功能，得到了复晶胞，但是现在有一个问题是，即使在边界处的碎片连接起来了，但是它们还是属于不同的residue的，这样我在选择某一个活性点处的residue的时候还是存在问题的。如何让合并在一起的碎片组成一个新的residue？要重新创建连接么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-6 16:56

lujun 发表于 2017-5-6 16:04
sob大神，我采用gromacs的genconf功能，得到了复晶胞，但是现在有一个问题是，即使在边界处的碎片连接起 ...

边界处该成键的应该成键了吧，VMD是按照原子距离判断成键的，如果没判断成键，说明平移复制过程有问题。如果已经成键了，可以按照fragment来进行选择，所有键连的片段会被程序认为是一个fragment

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-6 17:10

sobereva 发表于 2017-5-6 16:56
边界处该成键的应该成键了吧，VMD是按照原子距离判断成键的，如果没判断成键，说明平移复制过程有问题。 ...

从图像上看，genconf的结构基本上是把边界处的碎片结合在一块了，但是这只是图像上的结果，在pdb文件中，这些碎片属于不同的残基，实际上这些碎片应该是完整的一个分子，这时候如果保存结构的话，会把这些已经结合在一块的分子保存成一个新的残基么。或者说如何选择出这些新的残基。

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-8 21:16

sobereva 发表于 2017-5-6 16:56
边界处该成键的应该成键了吧，VMD是按照原子距离判断成键的，如果没判断成键，说明平移复制过程有问题。 ...

sob大神，再次向你请教一下。我按照fragment选取结构后，得到的结构很合理，没有边界处的断键了。但是在保存得到的pdb文件中有的属于一个的fragment的原子，往往在不同的residue中，由于要做qmmm，我要用amber的top，在tleap中，load结构时，会有warning：
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6236>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6239>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6361>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6429>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6480>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6553>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6947>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7150>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7151>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7165>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7211>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7241>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7284>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7297>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7324>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7355>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7370>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7373>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7379>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7385>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7393>.A<O 1>
  total atoms in file: 3520
  Leap added 63 missing atoms according to residue templates:
   21 Heavy
   42 H / lone pairs
这个就是不同的residue造成的。不过最后tleap没有报错。不知道这个会不会有影响。原子我已经都在lib中定义好了的。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-8 21:18

lujun 发表于 2017-5-8 21:16
sob大神，再次向你请教一下。我按照fragment选取结构后，得到的结构很合理，没有边界处的断键了。但是在 ...

可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出什么毛病就行了

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-8 21:25

sobereva 发表于 2017-5-8 21:18
可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出 ...

谢谢sob大神，这次好像就ok了，我先desc，然后保存为pdb。用新的pdb，没有warning。

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-10 01:09

sobereva 发表于 2017-5-8 21:18
可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出 ...

sob大神，好像还是有问题。在leap中savepdb出来的结构有问题。我用vmd根据碎片来截取结构，有的碎片属于不同的残基，保留下来后，在leap里面savepdb的时候，会把碎片补齐，最终的结构往往很奇怪。比方说有两个水挨的很近。这个该怎么处理比较好。感觉还是需要有程序根据碎片来保存好结构。不会把结构书写乱

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