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标题: 求助沸石吸附金属团簇体系CI-NEB计算极慢，设置是否有问题？ [打印本页]

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Author: MVK 时间: 2025-12-9 11:34
标题: 求助沸石吸附金属团簇体系CI-NEB计算极慢，设置是否有问题？
老师们好，我在用 CP2K（PBE-GD3BJ/DZVP-MOLOPT-SR-GTH、OT、64 核、mpirun -np 64）做沸石吸附金属合金团簇的 CI-NEB 任务，体系总共约600个原子，其中大部分是沸石框架的Si O原子，同样级别下体系本身做几何优化收敛大约需要100帧，只需约 2 小时，但我现在的 NEB 任务（NUMBER_OF_REPLICA=16, NPROC_REP=32）已经跑了 13 小时，总输出里 STEP NUMBER 才推进到 3，外层 band 优化几乎不动，直观感觉没有十天半个月算不完，明显比几何优化慢了好几个数量级。我不确定这是 NEB 本身就如此耗时，还是我的设置存在问题（如NEB设置、replica 设置、SCF/OT 参数等），目前任务非常紧急，只剩下一周时间了......因此想请教老师们如何判断是正常慢还是我设置不当。另外，我在考虑采用“GFN1-xTB 先跑 CI-NEB 找到大致 TS 初猜 → 再用 PBE-GD3BJ/ZVP-MOLOPT-SR-GTH 结合 dimer 精修 TS”这样的方案，不知道这种 workflow 在金属簇-沸石体系是否可靠，dimer 找 TS 的耗时相比普通几何优化会明显增加吗、能否显著加快整体进度。恳请老师们帮忙看看我的 NEB 思路与设置是否合理，有无更高效的策略，万分感谢！
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附件中Pt4-a2.zip、PtSn4-a2.zip为NEB任务包含除了后缀为wfn的文件外所有涉及计算的输入输出文件，输入文件均由multiwfn生成，replica的插值结构由sobNEB生成
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作者
Author: MVK 时间: 2025-12-9 11:47
老师们还有个问题，我发现用GFN1-xTB进行CI-NEB任务的时候会因为SCF不收敛导致任务终止(底物产物结构是已经用PBE优化过的)，请问针对CI-NEB任务可以开启IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE吗

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Author: sobereva 时间: 2025-12-9 14:16
改成NPROC_REP=4，让所有16个NEB image同时跑
NEB耗时显然比几何优化高一个数量级，得跑那么多image。如果参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP），把里面“过渡态搜索与反应路径的产生”那一节讲的NEB原理和CP2K的NEB相关的计算机制好好复习复习，讲得极其深入、全面、清楚。
workflow可以尝试。PBE-GD3BJ/ZVP-MOLOPT-SR-GTH必须写成PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，注意书写的严谨

作者
Author: MVK 时间: 2025-12-9 14:51
本帖最后由 MVK 于 2025-12-9 19:55 编辑

sobereva 发表于 2025-12-9 14:16
改成NPROC_REP=4，让所有16个NEB image同时跑
NEB耗时显然比几何优化高一个数量级，得跑那么多image。如果 ...

谢谢sob老师这个ddl只有一周了我姑且直接用GFN1-xTB跑了

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Author: sobereva 时间: 2025-12-9 16:43

MVK 发表于 2025-12-9 14:51
谢谢sob老师这个ddl只有一周了我姑且直接用xtb跑了

不要乱用xtb这个词，认真看下文“搞清楚xtb和GFN-xTB是什么” 部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: MVK 时间: 2025-12-9 19:55

sobereva 发表于 2025-12-9 16:43
不要乱用xtb这个词，认真看下文“搞清楚xtb和GFN-xTB是什么” 部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词 ...

抱歉老师已修改qwq

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