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标题: 膜体系comm-grps设置问题 [打印本页]

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Author: 雷阵雨 时间: 2025-12-9 21:32
标题: 膜体系comm-grps设置问题
本帖最后由雷阵雨于 2025-12-9 21:32 编辑

最近在做一个膜+水+小分子溶剂的体系，想要研究溶剂在水中及孔道内的扩散和分布。根据sob老师之前的回帖用的是pbc = xyz，在不对膜加任何位置约束/冻结，comm-grps = system时发现膜会跑，即原本膜的孔道是在盒子正中间的会跑偏，尽管可能对于水的分布来说可能并不会导致影响？但是在分析的时候变得很麻烦。看到GROMACS论坛上开发者对于膜体系的回复见图2。按他的说法膜体系应该都用comm-grps=SOL_MEMB SOL，但是不太明白其中的原理，开发者也并没有给出具体的解释。我疑惑的是对膜和溶剂进行质心消除是否会影响溶质的运动和分布？还请各位老师不吝赐教

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-12-15 14:06
最近看了一些关于有类似膜体系的多层体系的模拟相关研究，总结了一下跑NPT系综时的.mdp的设置：
integrator             = md
dt                      = 0.002 ;ps
nsteps                = 25000000  ;50 ns
comm-grps             = MEM SOL
nstlist                = 10
pbc                   = xyz
periodic_molecules    = yes
rlist                   = 1.2
cutoff-scheme          = Verlet
verlet-buffer-tolerance  = 0.002
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
vdwtype                = cut-off
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                   = 1.2
DispCorr                = EnerPres
tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = system
tau-t                   = 0.1
ref-t                   = 293
pcoupl                = C-rescale
pcoupltype             = semiisotropic
tau-p                   = 5
compressibility       = 0 4.5e-5
ref-p                   = 1.0 1.0
constraints =  hbonds

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