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标题: 聚合物_水界面拉伸动力学.mdp文件设置问题(constant-force or umbrella) [打印本页]

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Author: Hell0FM 时间: 2025-12-9 22:00
标题: 聚合物_水界面拉伸动力学.mdp文件设置问题(constant-force or umbrella)
本帖最后由 Hell0FM 于 2025-12-12 15:03 编辑

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预期过程描述：蓝色为水团簇，黄色为聚合物（表活剂）分子团簇，整个盒子中填充第三种溶剂分子，模拟水团簇融合过程（长轴为Z轴）。
（之前在群中已请教了卢老师可以在模拟过程中使用pull加快过程实现）

老师好，针对上述模拟过程，我自己做了如下尝试：
参考gmx讲义"金属棒的模拟"的拉伸.mdp的部分，对上述体系进行能量最小化，短时间的npt（控压、控温）后，设定2个拉伸组（水球1、水球2），以constant-force方式进行拉伸。发现两个水球能够相向移动，发生融合，然而随着模拟时间增加，由于constant-force一直存在，两个水球又被扯开继续移动，以至于跨过pbc盒子出现在另一侧。
以下是我进行上述过程中有关.mdp中pull部分的设置：
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对此我有以下想法/疑问:
1.就目前上述我自己使用constant-force方式尝试的有不够理想的模拟过程来说：
1.1 是否在.mdp中有设定可以根据分子团簇的质心作为限制，以此实现譬如质心距离小于某值，受力消失等目的？
1.2 上述.mdp设置无法预判多少时间尺度下，两水球能够发生碰撞（自己实际是通过固定模拟时间不断调节“pull-coordX-k”项数值来控制在一定时间内水球实现碰撞），是否有设置可以类似定量实现多少步或者多少距离，受力多大能够实现两个拉力组相遇
1.3 如果盒子Z=0与Z=max处加入了WALL（互斥墙，LJ12-6式），上述两个水球在充足的模拟时间下最终是否会被“拍扁”在WALL处？或者就直接报错了
1.4 综合自己1.1,1.2疑问，如果能够实现更改.mdp中设置，能够预判在多少模拟时间时，两个水球相遇，受力若是无法通过设置修改自动衰减为0，可否在水球相遇的这一刻切断模拟，拆分成为两个模拟过程，前一段受力，后一段去掉pull继续模拟，最后拼轨迹？

2.自己查阅一些文献发现也可以使用 umbrella sampling simulations来实现类似过程，对此：
2.1 查阅gmx2025版手册，发现在 “COM pulling”节——“pull-coordX-type”中发现有关 umbrella 的说明，自己目前也有在油管找到相关umbrella的介绍（还在学习中），针对上述模拟过程，又该选择哪种type呢？
2.2 能否简单给个大致模拟思路我自己再去具体的学习一下如何实现上述过程呢？，或者各位老师能否给一个有关使用umbrella进行类似拉伸目的的.mdp设置，我去参考完善自己的.mdp

感谢各位老师，感谢大家

2025.12.09

结合博文http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html，以及自己理解到的信息，对于上述问题自己的回复：
1.1/1.2先进行一段时间模拟后，观看轨迹，发现水球能够碰撞，以此时刻断开模拟，修改.mdp去掉pull相关控制，继续完成后续模拟过程
1.3 自己尝试了一下发现会被拍在WALL处
1.4对

2.1上面博文已经有比较相近的阐述，这里在附上自己找到的gmx 2025.2版手册有关的原文
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