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标题: 请教Molclus结合xtb如何得到SDF文件 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-12-10 10:45
标题: 请教Molclus结合xtb如何得到SDF文件
我在学习老师的帖子步骤
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)

在做完第三步：用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化
得到的是XYZ文件。但是我想获得的是SDF文件，可以提供原子之间的化学键以及分子内的拓扑结构信息。
用于图神经网络处理图结构数据时的输入。
请问可以直接得到SDF文件吗？还是只能后续将XYZ到SDF转换（主要担心缺失的化学键信息）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-10 23:17
没法直接得到
用openbabel转换格式

作者
Author: wxyhgk 时间: 2025-12-11 15:05
xyz 转成 sdf 文件，原理是就是不可行的，尤其是在立体结构较强的时候，很多时候只能通过特定体系去做调整，做投影什么的，得自己手动写算法。

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