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标题: gaussian计算小分子结合蛋白质过程中去溶剂化能是否需要结构优化？ [打印本页]

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Author: ZDcccA 时间: 2025-12-10 10:51
标题: gaussian计算小分子结合蛋白质过程中去溶剂化能是否需要结构优化？
本帖最后由 ZDcccA 于 2025-12-10 11:00 编辑

最近在学习如何将QM应用于端点法下蛋白质配体结合自由能计算。除了QM-MM/PB(GB)SA外，有一种QM计算真空结合自由能再加上配体去溶剂化项的估算方法：

溶剂环境下小分子结合蛋白质后，与蛋白质口袋直接接触部分经历去溶剂化。
在文献中这部分去溶剂化能可根据以下方式进行估算：
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首先要计算小分子（配体）溶解自由能。
使用的结构是PDB复合物晶体结构使用AMBER10+EHT做0.5A原子位置约束的GB/VI隐式溶剂环境下的限制性结构优化之后的结构，SASA与真空结合自由能均基于此结构直接计算得到。

问题是：
该结构下小分子结合蛋白有特定的pose，在计算小分子溶解自由能时，是否应该再次B3LYP/6-311G*下单独结构优化（之后M05-2X/6-31g*下计算真空与SMD溶剂模型下能量差），还是可以直接M05-2X/6-31g*下计算单点能（真空与SMD溶剂模型下单点能的差）？
若再次单独对小分子进行结构优化，担心可能与其原pose下的能量有差别；若不进行结构优化，直接单点能部分配体会出现SCF不收敛的情况（因为结构不够合理？）

希望各路大神不吝赐教

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