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标题: 计算羟肟酸和二价铁离子/镁离子螯合，两者结合能规律不对 [打印本页]

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Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-10 11:40
标题: 计算羟肟酸和二价铁离子/镁离子螯合，两者结合能规律不对
本帖最后由姑妈鱼丝于 2025-12-10 16:14 编辑

这分别是羟肟酸与Fe2+/Mg2+离子螯合的分子构型，Mg的自旋多重度设置的1，Fe的自旋多重度是5
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这是我的计算gjf文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
算出来药剂与镁离子结合能比二价铁离子大不少然后看了很多帖子有老师说要六配位金属要增加显式模型，因此加了水的配体如下
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然后通过单点能计算结合能还是不对这是单点能文件的关键词
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听同门说二价铁离子和羟肟酸和结合能力比镁离子更大一点，但是计算结果一直相反因此很苦恼基组泛函都换了个遍隐式显式模型都做了自旋多重度都是文献上给出的没招了各位老师

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Author: 18217265596 时间: 2025-12-10 15:57
铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-10 16:06
谢谢老师回复

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-10 16:07

18217265596 发表于 2025-12-10 15:57
铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

我当时是这样想的老师我在一篇文献看的说铁离子的最高自旋是5 所以我就设置的2 5 然后整个药剂-金属配合物（药剂是-1 1）的电荷自旋是 1 5

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-10 16:13

18217265596 发表于 2025-12-10 15:57
铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

哦对了老师这里算的是二价铁离子

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-12-10 16:47

姑妈鱼丝发表于 2025-12-10 16:13
哦对了老师这里算的是二价铁离子

首先考虑给氧加弥散，泛函换双杂化看看是不是精度问题
不是精度问题的话你去问问你同学他的结论哪来的靠什么实验的什么数据

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-10 16:54

18217265596 发表于 2025-12-10 16:47
首先考虑给氧加弥散，泛函换双杂化看看是不是精度问题
不是精度问题的话你去问问你同学他的结论哪来的 ...

好的好的非常感谢老师对我这个体系有推荐的双杂化泛函吗

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-12-11 13:52

姑妈鱼丝发表于 2025-12-10 16:54
好的好的非常感谢老师对我这个体系有推荐的双杂化泛函吗

参考泛函推荐博文。
实际上你这种只计算和酸根的完全可以只保留2~3个亚甲基然后上ccsd（t）
精度包高的

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-11 15:04

18217265596 发表于 2025-12-11 13:52
参考泛函推荐博文。
实际上你这种只计算和酸根的完全可以只保留2~3个亚甲基然后上ccsd（t）
精度包高 ...

谢谢老师答疑其实我想研究8C～18C 不同长度碳链之间的规律来着

作者
Author: Satoru 时间: 2025-12-11 16:28
只是确认一下，加显式水之后做几何优化了吗？

除了考虑泛函之外，考虑做构象搜索

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-12 10:11

Satoru 发表于 2025-12-11 16:28
只是确认一下，加显式水之后做几何优化了吗？

除了考虑泛函之外，考虑做构象搜索

对整体进行了几何优化（配体-金属-水模型）没有单独的对金属和水模型进行优化好的谢谢老师

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-12-12 11:11
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-12-12 11:20 编辑

姑妈鱼丝发表于 2025-12-12 10:11
对整体进行了几何优化（配体-金属-水模型）没有单独的对金属和水模型进行优化好的谢谢老师

难道你是只看“优化后整体的能量”这一个数值来确定结合能大小？化学组成都不一样的体系根本没法比较绝对能量，这样无法得到有意义的结论。

请先仔细阅读社长的文章http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html，然后看我在7楼的回复。达到比较的目的应当计算配体交换反应[M(H2O)6]2+(aq) + [RCONHO]-(aq) → [M(H2O)4(RCONHO)]+(aq) + 2H2O(aq)的自由能变，也就是要涉及至少四个结构的几何优化振动分析与单点能计算。RCONHO-是羟肟酸去质子的阴离子，末端长烷基链对反应的影响得靠构象搜索及加权平均才能体现出来（参考http://bbs.keinsci.com/thread-56962-1-1.html）。另外，如果有实验测定的配体交换能数据，必须考虑溶液pH对羟肟酸质子化状态的影响、长烷基链对羟肟酸水溶性的影响，因为二者都会改变有效浓度进而改变自由能变。

编辑：二价铁分明有6个d电子，按八面体配位的晶体场理论，高自旋状态的自旋多重度的确应当是5-1+1=5，不知道楼上是怎么说得出“铁离子是3d3”这种话的。

作者
Author: 姑妈鱼丝 时间: 2025-12-12 12:39

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-12 11:11
难道你是只看“优化后整体的能量”这一个数值来确定结合能大小？化学组成都不一样的体系根本没法比较绝对 ...

老师真是太厉害我仔细看了一下受益匪浅

感觉要重新考虑计算流程和方法了

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