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标题: 使用Molclus中的genmer生成Sc原子内嵌C60的构型问题求助 [打印本页]

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Author: JTDJZS 时间: 2025-12-10 11:50
标题: 使用Molclus中的genmer生成Sc原子内嵌C60的构型问题求助
使用Molclus中的genmer生成Sc原子内嵌C60的构型时，我不太会如何把Sc原子限制在C60的内部，尝试如下方式，显示Sc单体不能被放置，我不知道如何修改，恳请各位老师解答
  ngen= 10 // The number of configurations expected to be generated. Default: 1
  ngenmust= 0  // The number of configurations must to be generated. Default: 0 (No requirement)
  step= 0.1  // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads to faster calculation but lower accuracy. Default: 0.1
  ishuffle= 0 // 0: Don't shuffle the sequence of monomer types  1: Shuffle the sequence. Default: 0
  imoveclust= 0 // 1: Move geometry center of the constructed clusters to (0,0,0)  0: Keep initial position. Default: 1
  irandom= 1 // 0: Result of each time of execution will be identical  1: Will be different to due use of different random seed in each run. Default: 1
  iradtype= 1 // 0: Use CSD covalent radii to detect contacts  1: Use Bondi vdW radii. Default: 1
  radscale= 1.0  // Scale factor of atomic covalent and vdW radii. Default: 1.0
  maxemit= 300  // The maximum number of attempts of emitting monomer. Default: 300
---- Below are number (may with options) and .xyz file of each type of monomer ----
1 norot
examples/C60.xyz
1  rmax 3.5
examples/Sc.xyz

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-12-10 18:28
如果是一个Sc原子放在C60内部，只有两种情况：要么Sc在C60中心，要么Sc结合在某一个C原子上（由于60个碳原子等价，随便放在内表面某一个C原子附近即可）。
如果是一个Sc掺杂，形成(C_59)Sc，那么同样由于60个碳原子等价，随便把一个C换成Sc就行。
无论是我说的哪一种，都用不到Molclus或genmer，我不是说它俩不好，而是它俩是大炮，不适合用来打蚊子，没看出来你的问题需要用到这些工具。

作者
Author: JTDJZS 时间: 2025-12-10 21:51

zjxitcc 发表于 2025-12-10 18:28
如果是一个Sc原子放在C60内部，只有两种情况：要么Sc在C60中心，要么Sc结合在某一个C原子上（由于60个碳原 ...

感谢您的回复，是这样的，因为我在优化过渡金属原子内嵌C60（放在C60内部）的过程中，同一种金属在某一自旋多重度下有优化出不同的两种位置（距离碳笼中心不同距离的两个位置），都没有虚频，我就担心我优化出来的位置不是全局最小点的位置，因此才想考虑这种方法，不知道有没有更好的建议呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-10 23:20
C60高对称，内部结构本来就比较简单，自己手动放几个位置都行
你不上传xyz文件，我没法测试

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-12-11 11:13
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-12-11 14:50 编辑

JTDJZS 发表于 2025-12-10 21:51
感谢您的回复，是这样的，因为我在优化过渡金属原子内嵌C60（放在C60内部）的过程中，同一种金属在某一 ...

（1）记得检验波函数稳定性，如果波函数不稳定，则虚频结论无意义，需要继续优化波函数至稳定，然后读取稳定波函数继续优化结构。
（2）由于C60所有C原子等价，根据小学/中学数学常识，球内的不等价位置只有一类情况：1号C原子与球心的连接构成的线段，Sc原子只能放置在这条线段的某一个点上（包括球心），因此如果你觉得Sc在球内可以位于不同的位置，那么它必须在这条半径线段上，你可以每隔0.2A间距试一下，这样就完成了构象搜索，而不需要专门的构象搜索程序。小刀有小刀的用法，大炮有大炮的用法，选用工具合适，计算事半功倍。

作者
Author: JTDJZS 时间: 2025-12-12 10:20

zjxitcc 发表于 2025-12-11 11:13
（1）记得检验波函数稳定性，如果波函数不稳定，则虚频结论无意义，需要继续优化波函数至稳定，然后读取 ...

好的，谢谢

作者
Author: JTDJZS 时间: 2025-12-12 10:20

sobereva 发表于 2025-12-10 23:20
C60高对称，内部结构本来就比较简单，自己手动放几个位置都行
你不上传xyz文件，我没法测试

好的，谢谢

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