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标题: 请教一下大家我对水系电解液做的aimd脚本有无问题 [打印本页]

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aipacino    时间: 2025-12-11 16:48
标题: 请教一下大家我对水系电解液做的aimd脚本有无问题
本帖最后由 aipacino 于 2025-12-11 17:16 编辑

请教一下大家,因为水的计算很多文章用revPBE,我想用这个做一下水系电解液的模拟,希望精度尽量高,写了以下脚本,想请教各位老师检查一下我的脚本有没有不合理的地方,谢谢!
Li原子因为没有TZV2P基组所以用的DZVP
以上是坐标


#   &VELOCITY #You can set initial atomic velocities in this section
#   &END VELOCITY
    &KIND Li
      ELEMENT Li
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q3
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q3
    &END KIND
    &KIND N
      ELEMENT N
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q5
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q5
    &END KIND
    &KIND S
      ELEMENT S
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q6
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
    &KIND O
      ELEMENT O
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q6
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
    &KIND C
      ELEMENT C
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q4
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q4
    &END KIND
    &KIND F
      ELEMENT F
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q7
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q7
    &END KIND
    &KIND H
      ELEMENT H
      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH-q1
      BASIS_SET AUX_FIT cFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q1
    &END KIND
  &END SUBSYS

  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_ADMM
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
#   WFN_RESTART_FILE_NAME aimd-RESTART.wfn
    CHARGE    0 #Net charge
    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-12 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
      EXTRAPOLATION ASPC #Extrapolation for wavefunction during e.g. MD. ASPC is default, PS can also be used
      EXTRAPOLATION_ORDER 3 #Order for PS or ASPC extrapolation. 3 is default
    &END QS
    &POISSON
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
      PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
    &END POISSON
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL
        &PBE
          PARAMETRIZATION REVPBE
          SCALE_X 0.75
          SCALE_C 1.0
        &END PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
      &XC_GRID
        XC_DERIV SPLINE2
      &END XC_GRID
      &HF
        FRACTION 0.25
        &SCREENING
          EPS_SCHWARZ 1.0E-6
          SCREEN_ON_INITIAL_P TRUE
        &END SCREENING
        &INTERACTION_POTENTIAL
          POTENTIAL_TYPE TRUNCATED
          CUTOFF_RADIUS 6.0
          T_C_G_DATA ./t_c_g.dat
        &END
        &HF_INFO
        &END HF_INFO
      &END
      &VDW_POTENTIAL
        POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
        &PAIR_POTENTIAL
          PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
          TYPE DFTD3
          REFERENCE_FUNCTIONAL revPBE
          #CALCULATE_C9_TERM T #Calculate C9-related three-body term, more accurate for large system
        &END PAIR_POTENTIAL
      &END VDW_POTENTIAL
    &END XC
    &AUXILIARY_DENSITY_MATRIX_METHOD
      METHOD BASIS_PROJECTION
      ADMM_PURIFICATION_METHOD MO_DIAG
    &END AUXILIARY_DENSITY_MATRIX_METHOD
    &MGRID
      CUTOFF  600
      REL_CUTOFF  70
      NGRIDS 5 #The number of multigrids to use. 5 is optimal for MOLOPT-GTH basis sets
    &END MGRID
    &SCF
      MAX_SCF 55 #Maximum number of steps of inner SCF
      EPS_SCF 3.0E-08 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
#     IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE #Continue calculation even if SCF not converged, works for version >= 2024.1
      &OT
        PRECONDITIONER FULL_ALL #Usually best but expensive for large system. Cheaper: FULL_SINGLE_INVERSE and FULL_KINETIC
        MINIMIZER DIIS #CG is worth to consider in difficult cases
        LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default. 3PNT is more expensive but may be better. GOLD is best but very expensive
        ALGORITHM STRICT #Algorithm of OT. Can be STRICT (default) or IRAC
      &END OT
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 50 #Maximum number of steps of outer SCF
        EPS_SCF 3.0E-08 #Convergence threshold of outer SCF
      &END OUTER_SCF
      &PRINT
        &RESTART OFF #Do not generate wfn file to suppress meaningless I/O cost
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NVT
    STEPS 1000 #Number of steps to run
    TIMESTEP 0.5 #Step size in fs. Decrease it properly for high temperature simulation
    TEMPERATURE 298.15 #Initial and maintained temperature (K)
#   COMVEL_TOL 0 #Uncomment this can remove translation motion of center-of-mass every step
    &THERMOSTAT
      TYPE CSVR
      &CSVR
        TIMECON 100 #Time constant in fs. Smaller/larger results in stronger/weaker temperature coupling
      &END CSVR
    &END THERMOSTAT
    &PRINT
      &PROGRAM_RUN_INFO
        &EACH
          MD     1 #Output frequency of MD information, 0 means never
        &END EACH
      &END PROGRAM_RUN_INFO
    &END PRINT
  &END MD
  &PRINT
    &TRAJECTORY
      &EACH
        MD   1 #Output frequency of coordinates, 0 means never
      &END EACH
      FORMAT xyz
    &END TRAJECTORY
    &VELOCITIES
      &EACH
        MD     1 #Output frequency of velocities, 0 means never
      &END EACH
    &END VELOCITIES
    &FORCES
      &EACH
        MD     1 #Output frequency of forces, 0 means never
      &END EACH
    &END FORCES
    &RESTART
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
      &EACH
        MD  1 #Frequency of updating last restart file, 0 means never
      &END EACH
    &END RESTART
    &RESTART_HISTORY OFF
    &END RESTART_HISTORY
  &END PRINT
&END MOTION

作者
Author:
sobereva    时间: 2025-12-11 17:47
这叫关键词(而且是Multiwfn产生的输入文件),不叫脚本,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

TZV2P-MOLOPT-GTH这么大基组做AIMD严重浪费,北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)里给的一大堆AIMD的例子没有一个用这么大基组的。DZVP-MOLOPT-SR-GTH通常足矣

revPBE是纯泛函,设&HF之类杂化泛函才用的字段做什么,不要在没有常识的情况下乱设、乱改Multiwfn产生的CP2K输入文件。



作者
Author:
aipacino    时间: 2025-12-11 18:12
本帖最后由 aipacino 于 2025-12-11 18:16 编辑
sobereva 发表于 2025-12-11 17:47
这叫关键词(而且是Multiwfn产生的输入文件),不叫脚本,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
ht ...

谢谢老师回复,我方法写错了,应该是revPBE0,然后像上面那样设&HF字段可以吗
目前我不是真的想跑AIMD任务,我就想试一下精度,希望精度尽量高,这个关键词如果做单点计算的话是不是精度足够了
作者
Author:
sobereva    时间: 2025-12-11 22:22
aipacino 发表于 2025-12-11 18:12
谢谢老师回复,我方法写错了,应该是revPBE0,然后像上面那样设&HF字段可以吗
目前我不是真的想跑AIMD任 ...

不要用非主流泛函。我从来不用这个

基组层面够
但ADMM辅助基组不建议用这种过时的





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