计算化学公社

标题: 大型聚合物体系无法生成合理结构 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-12-11 17:04
标题: 大型聚合物体系无法生成合理结构
本帖最后由 wanzongliang 于 2025-12-12 09:07 编辑

想请教各位老师关于聚合物使用gromacs跑动力学的有关问题，我的聚合物单体通过两端连接的方式进行组合，因为无法直接构建所以选择了手动连接，以图片形式给出，我clean之后使用sobtop生成力场，但因为有不合理结构的原因体系会直接崩掉，想请教各位老师有没有什么好的方法解决这种问题，或者有什么方法可以优化这种大分子结构的（原子数为1883）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-11 17:44
不要用gview的clean，那极其粗糙，至少也用MMFF94哪怕UFF力场做优化
说具体sobtop怎么用的

“有不合理结构的原因” 不要擅自下定论，拿出判断的证据。拓扑文件有问题的概率大得多

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-12-11 20:30

sobereva 发表于 2025-12-11 17:44
不要用gview的clean，那极其粗糙，至少也用MMFF94哪怕UFF力场做优化
说具体sobtop怎么用的

您好sob老师，我是使用MS建立的模型，得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲，所以我判断结构合理性有一定的问题，我是将这样一条链使用sobtop给的例5去生成的itp，top以及gro文件，其中电荷使用mmff94计算的。希望可以得到进一步指导

作者
Author: yuechenghua 时间: 2025-12-11 21:20
你说的崩掉是指中间酯基的部分没有连起来吗？
如果是的，那么问题就在于经典分子动力学模拟中的化学键是不会断裂的，所以社长的意思是在你的拓扑文件中，描述中间用来交联的那部分可能有问题，比如相应的连接点间没有成键，所以才会导致你跑MD的时候结构散架。你最好把你生成的文件贴上来这样其他人才好做进一步判断。如果涉及个人科研成果，那可以更加详细的描述一下你生成拓扑文件的全过程。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-11 22:27

wanzongliang 发表于 2025-12-11 20:30
您好sob老师，我是使用MS建立的模型，得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲，所以我判断 ...

我是使用MS建立的模型，得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲

指代不确切。是M$建的模型本来就有苯的六元环的明显扭曲，还是gromacs做能量极小化之后才出现的扭曲，需要交代清楚
记得给sobtop提供的mol2文件里必须连接关系正确

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-12-12 08:33

sobereva 发表于 2025-12-11 22:27
指代不确切。是M$建的模型本来就有苯的六元环的明显扭曲，还是gromacs做能量极小化之后才出现的扭曲， ...

sob老师您好，因为我的聚合物无法通过ms的聚合物生成程序直接生成的（因为每个单元有两个连接位点），所以我是手动连接，这样不可避免出现不合理键连的情况，于是我是用MS的clear之后单元出现了扭曲，我思考mol2会根据MS的键连关系来建立文件，想的是生成itp后跑动力学使构型变得更加合理，但可能因为MSclear之后的构型实在太差了，能量最小化算一步之后出现了无穷力，不知道后续步骤该如何进行

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-12-12 08:37

wanzongliang 发表于 2025-12-11 20:30
您好sob老师，我是使用MS建立的模型，得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲，所以我判断 ...

您好，我上传了我的gro文件，请您参考，因为itp文件太大了无法上传，我的gro文件从vmd观察键连关系很差，我的希望是寄于mol2的键连关系来实现我想要的itp后续通过模拟来使结构规范

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-13 04:09

wanzongliang 发表于 2025-12-12 08:33
sob老师您好，因为我的聚合物无法通过ms的聚合物生成程序直接生成的（因为每个单元有两个连接位点），所 ...

确保gview里看到的连接关系正确的情况下，用Gaussian通过UFF力场做优化。或者gview保存出mol2文件，用openbabel或avogadro在力场下做优化

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-12-13 16:56

sobereva 发表于 2025-12-13 04:09
确保gview里看到的连接关系正确的情况下，用Gaussian通过UFF力场做优化。或者gview保存出mol2文件，用ope ...

感谢sob老师我已经解决了我的问题，原先因为周期性导致了一点乌龙，初始结构不太好的情况下使用sobtop依然可以生成正确的itp太牛了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)