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标题: 分子动力学模拟晶体结构，通过sobtop构件itp文件，进行动力学模拟失败，不知原因 [打印本页]

作者
Author: 故1996 时间: 2025-12-11 17:36
标题: 分子动力学模拟晶体结构，通过sobtop构件itp文件，进行动力学模拟失败，不知原因
老师，你好，我通过sobtop软件构建了Fe3O4的itp文件，在设计的时候，assign_AT.dat文件里从新定义了Fe3O4中的氧原子，把O改成MO，但是gro文件里还是没改，但是itp文件里的[atoms]文件顺序和gro文件是一致的，但后面的角度和键长相也都是MO，这会影响后续的模拟无法识别键角等参数这个问题吗？

我通过gro，还有md_PBC.mdp文件进行模拟的时候出现报错，mdp文件来自于sobtop里的例子文件，就是不知为何会报错，我理解是原子type名字改变导致无法识别键长参数吗？我该如何改正呢，还是说我盒子尺寸有问题？（看上去盒子并没有包裹住所有的原子）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-11 22:03
原子顺序对应就行，原子名无所谓

gro文件只记录原子名，不记录原子类型。只要gro和拓扑文件的原子顺序对应正确，则各个原子的原子类型自然就是正确的

cutoff哪能用那么小

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8调试、排查

当前并没报错，warning和error完全是两码事。VMD看轨迹等方式判断模拟是否正常

作者
Author: 故1996 时间: 2025-12-12 20:51
本帖最后由故1996 于 2025-12-12 20:52 编辑

sobereva 发表于 2025-12-11 22:03
原子顺序对应就行，原子名无所谓

gro文件只记录原子名，不记录原子类型。只要gro和拓扑文件的原子顺序对 ...

好的，老师，我在群里问过，我现在怀疑是Fe3O4的LJ参数有问题，这是我在文献中查到的参数
我也查阅了别的晶体之间LJ参数，文献中的epsilon非常小，数量级达到了10-6，我看别的物质都在10-1左右，是不是文献有问题呢，看公式也没什么问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-13 03:56

故1996 发表于 2025-12-12 20:51
好的，老师，我在群里问过，我现在怀疑是Fe3O4的LJ参数有问题，这是我在文献中查到的参数
我也查阅了别 ...

看其它文章的
至少UFF的没这么小

作者
Author: 故1996 时间: 2025-12-15 08:58

sobereva 发表于 2025-12-13 03:56
看其它文章的
至少UFF的没这么小

老师，我可以直接采用UFF的LJ数据吗，我查了一下，还没看见别的文章有研究Fe3O4的，但是在clayFF力场里有很多引用，可以参考其中的LJ参数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-15 09:25

故1996 发表于 2025-12-15 08:58
老师，我可以直接采用UFF的LJ数据吗，我查了一下，还没看见别的文章有研究Fe3O4的，但是在clayFF力场里有 ...

可以

作者
Author: 故1996 时间: 2025-12-15 16:07

sobereva 发表于 2025-12-15 09:25
可以

老师你好，
刚才的回答，没理解是可以使用UFF力数据是可以，还是使用clayFF力场中的LJ参数可以。
我查了clayFF力场，在力场里面，Fe3O4的参数就是O有LJ参数，Fe的参数为0
那我还是直接使用UFF力场里的Fe和O的数据，是这样可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-15 23:49

故1996 发表于 2025-12-15 16:07
老师你好，
刚才的回答，没理解是可以使用UFF力数据是可以，还是使用clayFF力场中的LJ参数可以。
我查 ...

有专门的高质量、被文献用得普遍的参数，就用专门的参数；没有专门的就用UFF凑合

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