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标题: 关于微秒级的模拟能否捕捉到金属离子和蛋白质的离子键 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-12 14:55
标题: 关于微秒级的模拟能否捕捉到金属离子和蛋白质的离子键
如题所示，我现在想在一个蛋白质周围放很多金属离子，然后跑微秒级的模拟，能否观测到蛋白质哪个氨基酸可能会和金属离子生成离子键，或者说能否捕捉到到金属离子进入蛋白质核心的构象，探寻潜在的结合位点？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-12 18:01
先试试看无妨。

就是要注意先跑几个短的测试一下，离子浓度太高可能会因为力场精度问题未到饱和就artificially自己结晶了，浓度太低少量离子粘在表面进不去。

也可以用些特殊方法，如拿掉离子间的作用只保留和蛋白的作用或者一些增强采样方法等。

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-12 20:26

student0618 发表于 2025-12-12 18:01
先试试看无妨。

就是要注意先跑几个短的测试一下，离子浓度太高可能会因为力场精度问题未到饱和就artifi ...

感谢您，请问您说的拿掉离子间的作用只保留和蛋白的作用或者一些增强采样方法具体是什么意思呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-13 04:34
微秒级别的可能性很高
盒子别太大，否则溶液区域尺寸太大，离子和蛋白质接触的机会就相对较少了

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-15 14:18

sobereva 发表于 2025-12-13 04:34
微秒级别的可能性很高
盒子别太大，否则溶液区域尺寸太大，离子和蛋白质接触的机会就相对较少了

好的，谢谢老师我试一下

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