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标题: gmx能否用于做分子对接的模拟？ [打印本页]

作者
Author: 夜航星 时间: 2025-12-12 15:34
标题: gmx能否用于做分子对接的模拟？
我在研究过程中发现某个抗菌药物具有两个靶点，方法是使用AF3进行复合物结构预测，预测结果是蛋白质靶点的iptm大于0.8，另一个小分子靶点的iptm基本在0.7-0.8之间，现在就是对这个分子在不同环境下的稳定性有疑问，同时对到底哪个靶点起主要作用有疑问，比如和一个靶点结合后还能不能和另一个靶点结合。那能否使用gmx进行模拟？正确率如何？

作者
Author: 夜航星 时间: 2025-12-12 15:36
而我在课程里面也没有找到两个蛋白结合的例子，不知道能不能做

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-12 17:05

夜航星发表于 2025-12-12 15:36
而我在课程里面也没有找到两个蛋白结合的例子，不知道能不能做

如果你指的课程是北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX），培训里就已经有了明确的例子，钙调素的例子本身就是两条蛋白质链构成的

培训里还专门强调了
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