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标题: 如何获取大分子体系的非溶剂环境下原子电荷？ [打印本页]

作者
Author: ZDcccA 时间: 2025-12-13 14:25
标题: 如何获取大分子体系的非溶剂环境下原子电荷？
希望探究蛋白小分子体系非溶剂环境下原子电荷与溶剂环境下原子电荷有多大区别。
通过sob老师的培训班了解到，AMBER03力场之后蛋白质体系的原子电荷是结合隐式溶剂模型用RESP方法拟合的（作为非极化力场，预先考虑了溶剂环境对原子电荷的影响），不是真空环境下的原子电荷。
对于2000+个原子的体系，使用Gaussian做真空下结构优化计算单点能得到波函数用Multiwfn做RESP电荷拟合似乎计算量较大。
这样的情况下，该如何获取该体系非溶剂环境下的原子电荷呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-13 21:37
说清楚具体是什么体系
如果是蛋白质，其整体的原子电荷是分子力场定义的各个残基的原子电荷拼接得到的，根本不需要自己算。只有存在非标准残基的情况下才需要自己算非标准残基部分的原子电荷，做法下文说了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: ZDcccA 时间: 2025-12-14 11:59
本帖最后由 ZDcccA 于 2025-12-14 12:03 编辑

sobereva 发表于 2025-12-13 21:37
说清楚具体是什么体系
如果是蛋白质，其整体的原子电荷是分子力场定义的各个残基的原子电荷拼接得到的，根 ...

谢谢sob老师！是气相蛋白质体系的原子电荷，分子力场的蛋白质原子电荷似乎是考虑了溶剂极化效应的（至少AMBER03及之后是）。如果不是要极化后的蛋白质原子电荷而是要气相条件下的，是需要自己重新算每种氨基酸的气相的RESP电荷吗？谢谢指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-14 21:38

ZDcccA 发表于 2025-12-14 11:59
谢谢sob老师！是气相蛋白质体系的原子电荷，分子力场的蛋白质原子电荷似乎是考虑了溶剂极化效应的（至少A ...

是

作者
Author: ZDcccA 时间: 2025-12-15 10:42

sobereva 发表于 2025-12-14 21:38
是

谢谢社长耐心解答！想再追问一下，如果用AMOEBA这样的可极化力场在不加水盒子的情况下赋予蛋白质体系原子电荷是不是也可以起到一样的效果，即得到气相条件下蛋白质原子电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-15 23:45

ZDcccA 发表于 2025-12-15 10:42
谢谢社长耐心解答！想再追问一下，如果用AMOEBA这样的可极化力场在不加水盒子的情况下赋予蛋白质体系原子 ...

看不懂你的意思
可极化力场完全不是用来算原子电荷的

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