计算化学公社

标题: 求助生成TFSI离子的gaff参数或者oplsaa参数 [打印本页]
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Author: soyolalla    时间: 2025-12-14 18:38
标题: 求助生成TFSI离子的gaff参数或者oplsaa参数
我想模拟阳离子为li，阴离子为tfsi的一个聚合物体系，但是用sobtop生成的gaff力场的 itp文件会缺失二面角参数，我尝试使用ligpargen生成oplsaa参数也有缺失，想求助一下各位大佬还有什么方法可以得到呢？
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Author: 牧生    时间: 2025-12-14 20:52
本帖最后由 牧生 于 2025-12-15 11:07 编辑

sobtop生成的物质的itp一般是合理的。。。如果自己很介意那个参数，就去看看sobtop的例1




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Author: sobereva    时间: 2025-12-15 01:10
把你给sobtop用的输入文件上传，大概率输入文件本来就不合理（诸如mol2里是复合物而不是单个离子，或者连接关系本来就不对，这些问题在http://sobereva.com/soft/Sobtop教程里都明确强调了）
sobtop产生TFSI的拓扑文件毫无问题，产生的有问题只可能是用法不对。遇到问题先检查自己的用法试图解决，别上来就想着换程序，否则纯粹是绕弯路
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-15 09:58
本帖最后由 soyolalla 于 2025-12-15 10:03 编辑
sobereva 发表于 2025-12-15 01:10
把你给sobtop用的输入文件上传，大概率输入文件本来就不合理（诸如mol2里是复合物而不是单个离子，或者连接 ...

老师我已修改帖子上传了mol2文件，我的是有的二面角参数缺失，我可以使用m2seminario的方式生成参数吗
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-15 10:08
牧生 发表于 2025-12-14 20:52
sobtop生成的物质的itp一般是合理的。。。如果自己很介意那个参数，就去看看sobtop的例1

老师想问一下您是哪种方法计算的？我运用的是 opt freq=noraman B3LYP/6-31+g(d,p) em=GD3BJ，直接生成参数有的二面角参数缺失，目前想用sob老师的m2seminario方法
作者
Author: 牧生    时间: 2025-12-15 10:15
soyolalla 发表于 2025-12-15 10:08
老师想问一下您是哪种方法计算的？我运用的是 opt freq=noraman B3LYP/6-31+g(d,p) em=GD3BJ，直接生成参 ...

看这个例子

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex1
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Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-15 10:38
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-12-15 11:11 编辑
牧生 发表于 2025-12-14 20:52
sobtop生成的物质的itp一般是合理的。。。如果自己很介意那个参数，就去看看sobtop的例1

可以上传一下结构优化的输入输出文件以及给sobtop用的mol2文件么？这个拓扑文件感觉不太对劲，按对称性的话(F3CSO2)2N-应该每个元素都是一种原子吧，然而这里面O5和其他氧原子不是一种；本来N原子只与两个S原子成键的，但这键角项里有个N2-O5，又产生了由mSeminario确定的几个键角项O5-N2-S15、N2-O5-S10及几个二面角项C3-S15-N2-O5、O5-N2-S15-O6、O5-N2-S15-O14。

编辑：从chg文件看一开始几何优化就跑到别的不是TFSI-的结构去了，难怪会有N-O键（汗）这也提醒所有懒人脚本的用户，人工检查结构合理性很有必要。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 牧生    时间: 2025-12-15 10:54
本帖最后由 牧生 于 2025-12-15 11:25 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-15 10:38
可以上传一下结构优化的输入输出文件以及给sobtop用的mol2文件么？这个拓扑文件感觉不太对劲，按对称性的 ...

果然有问题。。我改改

应该是初始文件十分不合理导致的，而我当时没有认真去看。


这次好了

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(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-15 14:47
牧生 发表于 2025-12-15 10:54
果然有问题。。我改改

应该是初始文件十分不合理导致的，而我当时没有认真去看。

那些C-S-N-S或者O-S-N-S二面角是刚性的还是柔性的？总担心用mSeminario方法得到的谐振势描述会被质疑，可能还是得柔性扫描、拟合周期性旋转的势能曲线吧，这就比较复杂了。由于这个极小点的构象不对称，两个Tf基团上对应的原子电荷不同，这也不好解释。当然Cs对称性的构象在气相都有破坏对称性的振动虚频，不太确定能否拿非极小点的结构算原子电荷，但在溶液中跑MD并没局限于极小点附近，还是应该能采样到对称的瞬时构象才对，这样还是需要用柔性二面角描述旋转与用等价约束拟合原子电荷。
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-15 15:49
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-15 14:47
那些C-S-N-S或者O-S-N-S二面角是刚性的还是柔性的？总担心用mSeminario方法得到的谐振势描述会被质疑，可 ...

老师可以讲解一下如何进行柔性扫描、拟合周期性旋转的势能曲线吗，我有点不太理解
作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-15 23:43
soyolalla 发表于 2025-12-15 15:49
老师可以讲解一下如何进行柔性扫描、拟合周期性旋转的势能曲线吗，我有点不太理解

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）
对得到的扫描曲线，自己用Origin或其它方式拟合成扭转势
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-16 00:39
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-12-16 01:11 编辑
sobereva 发表于 2025-12-15 23:43
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.htm ...

社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑文件，但是其中二面角的functype全是3，这样的拓扑文件可以和sobtop生成的其他functype为2或9的拓扑文件共用于同一体系吗？如何把这种Ryckaert-Bellemans形式的参数等价地换算成普通周期性形式呢？

编辑：该作者的另一篇文章Mater. Adv., 2021,2, 7691-7700的附录除NTf2-外还有OTf-的拓扑文件
作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-16 00:46
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 00:39
社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑 ...

不同形式的二面角项可以混用，不用转换
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-16 14:31
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 00:39
社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑 ...

老师我刚看了这个参数文件，tfsi离子不是一个对称的离子吗，怎么硫的原子类型还能出现两种啊？这种结果可靠吗，而且比如说s-c，s-n键长也不相等
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-16 15:07
soyolalla 发表于 2025-12-16 14:31
老师我刚看了这个参数文件，tfsi离子不是一个对称的离子吗，怎么硫的原子类型还能出现两种啊？这种结果可 ...

Tf2N-结构里两边的三氟甲磺酰基确实会有排斥，用量子化学方法优化出来的能量最低构象并不是镜面对称的，而对称的构象并不是能量极小点；如果原文作者是基于优化后的结构制作的拓扑文件，当然不能保证完全对称嘛，这种细节就不是问我了。在补充材料里有完整拓扑文件的文献不见得很容易找，实在要获得对称的参数还得多花些功夫（当然找到了也欢迎贴出doi供其他人参考），要么就仍然自己制作。

虽然sy和s6看起来是两种原子类型，但具体有什么差别还得检查文件里的原子电荷、质量以及力场定义里的L-J参数等。视研究目的与精度，直接把比较相近的参数值取平均也未尝不可接受。
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-16 17:23
本帖最后由 soyolalla 于 2025-12-16 17:25 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 15:07
Tf2N-结构里两边的三氟甲磺酰基确实会有排斥，用量子化学方法优化出来的能量最低构象并不是镜面对称的， ...

好的感谢老师的回复，我用到了文献中所用的参数，因为有的原子类型相同，但lj不相同，为避免被重复定义，我就在top文件中更改了原子类型，（如o改为o1,c3改为c31)然后导出来了itp文件，参数都依照老师您发的文献，手动更改，想问一下老师我大概思路正确吗 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-16 17:32
本帖最后由 soyolalla 于 2025-12-17 21:13 编辑
sobereva 发表于 2025-12-16 00:46
不同形式的二面角项可以混用，不用转换

sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图所示
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
，
并不像functype=9的形式那样（含有phase (Deg.)  kd (kJ/mol)  pn），因此我想只用functype=3的形式，比较我用sobtop导出的二面角参数和文献所用的，根据构成二面角的四个序号，手动修改填补，最后得出图2， (, 下载次数 Times of downloads: 2)
想请教一下sob老师我的方法可行吗?


作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-17 02:44
soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图一所示，并不像functype=9那样（ ...

我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴
作者
Author: yongyouhe    时间: 2025-12-17 15:18
本帖最后由 yongyouhe 于 2025-12-17 15:25 编辑

TFSILi的力场参数应该已经有挺多相关的文献了，而且可极化力场也已经有开发了（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.4c00791）。对于聚合物如果不需要太精确的力场直接再拟合二聚体的二面角参数就可以了。
作者
Author: soyolalla    时间: 2025-12-17 21:14
sobereva 发表于 2025-12-17 02:44
我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴

好的不好意思sob老师，我已手动进行修改编辑，麻烦老师帮我看一眼，谢谢老师！
作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-18 04:35
soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图所示

，

完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-24 17:08
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-12-24 17:12 编辑
sobereva 发表于 2025-12-18 04:35
完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROM ...

社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数二面角部分与functype=9的普通周期性形式一致（除了幻灯片里的1/2的系数在文献的公式与GROMACS文档的公式里都没有之外），但是同一个二面角有3~5个周期性与势垒均不同的项来描述。如果要将该参数写到GROMACS的拓扑文件里，看GROMACS文档里注释说"Multiple, consecutive parameter entries will generate multiple dihedral potentials"，这个意思是把定义同一组原子内functype=9形式的二面角项的行复制几次再分别改即可在描述扭转时起叠加效果吗？
  1. [ dihedrals ] ; propers
  2. ; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype  phase (Deg.)  kd (kJ/mol) pn     ; Case of functype=9
  3.     1       2       3       4         9         0.000       0.16381    1     ; O1-S2-C3-F4, literature
  4.     1       2       3       4         9         0.000       1.26033    2     ; O1-S2-C3-F4, literature
  5.     1       2       3       4         9         0.000       0.05536    3     ; O1-S2-C3-F4, literature
复制代码
作者
Author: sobereva    时间: 2025-12-25 05:33
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-24 17:08
社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数 ...

是



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