计算化学公社

标题: 求助拟合DFT得到的LJ势参数在GROMACS中的使用 [打印本页]

作者
Author: Feynman_nur 时间: 2025-12-15 15:28
标题: 求助拟合DFT得到的LJ势参数在GROMACS中的使用
各位老师好，我想复现一篇MD模拟分子自组装的工作。其中分子与衬底之间的相互作用，通过下图中拟合分子与衬底间不同间距的DFT单点能获得的LJ势参数来刻画。但实际操作GROMACS貌似需要将参数精确到原子与原子之间，而非将分子当做一个整体，学生初学GROMACS，请各位老师批评指教。(引文：http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.5b02147)

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Author: student0618 时间: 2025-12-15 17:01
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始，重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ，直至fit到reference上。

力场开发的人通常有In-house脚本自动化这种很 routine 的 fitting。

作者
Author: Feynman_nur 时间: 2025-12-15 18:10

student0618 发表于 2025-12-15 17:01
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始，重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ，直至f ...

谢谢老师回复，看文献的意思应该是直接用公式拟合得到的参数，况且gromacs不是可以通过nonbond_params直接读LJ势参数嘛

作者
Author: Feynman_nur 时间: 2025-12-15 18:12

student0618 发表于 2025-12-15 17:01
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始，重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ，直至f ...

其实我现在考虑的主要问题不是如何得到参数，而是怎么把拟合得到的参数按格式写入进去，试着跑一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-16 00:24

Feynman_nur 发表于 2025-12-15 18:12
其实我现在考虑的主要问题不是如何得到参数，而是怎么把拟合得到的参数按格式写入进去，试着跑一下

改[atomtypes]里相应原子类型的LJ参数就完了

作者
Author: Feynman_nur 时间: 2025-12-16 10:10

sobereva 发表于 2025-12-16 00:24
改[atomtypes]里相应原子类型的LJ参数就完了

谢谢sob老师回复，那意思是分子中的所有原子与衬底原子间都用同一套参数吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-17 02:28

Feynman_nur 发表于 2025-12-16 10:10
谢谢sob老师回复，那意思是分子中的所有原子与衬底原子间都用同一套参数吗

语义不明，我说的和你说的八竿子打不着
当前被吸附的分子和基底的元素都不同，原子类型更不可能相同，何谓用同一套参数

你要么拟合每种原子类型的LJ参数，让程序通过混合规则自动确定原子类型间的LJ参数；要么拟合原子类型间的参数，并直接用[nonbond_params]字段指定

作者
Author: Feynman_nur 时间: 2025-12-19 18:58

sobereva 发表于 2025-12-17 02:28
语义不明，我说的和你说的八竿子打不着
当前被吸附的分子和基底的元素都不同，原子类型更不可能相同，何 ...

好的非常感谢sob老师

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